В последние два десятилетия XVII века в монастыре заканчивалось создание всего ансамбля каменных зданий. В начале 1685 года в торжественной обстановке в присутствии царского двора был освящен Воскресенский собор. К этому событию приурочены были многие земельные и вещевые вклады в Новый Иерусалим членов царской семьи.
Завершив постройку грандиозного Воскресенского собора, монастырь приступает к сооружению большого корпуса Трапезных палат на старых, построенных еще при патриархе Никоне каменных службах, и теплой трапезной церкви Рождества Христова. Освящение церкви при Трапезных палатах в 1692 году превратилось в настоящий праздник поэзии, на котором читали свои стихи придворные и монастырские поэты.
Архитектурный ансамбль монастыря окончательно сложился после возведения в 1690 - 1697 годах при архимандрите Никаноре каменной крепостной ограды. Ее строительство было поручено одному из самых известных и плодовитых зодчих конца XVII века Якову Григорьевичу Бухвостову. В истории русской архитектуры он известен как создатель этапных памятников архитектуры, таких, как Успенский собор Рязанского кремля, храмы в Троице-Лыкове и Уборах под Москвой.
Монастырская ограда, построенная в традициях русского крепостного зодчества, никогда не предназначалась и не использовалась для боевых действий. Единственное сражение, произошедшее под стенами Нового Иерусалима в конце XVII века, не затронуло монастырь: это был разгром в 1698 году последнего в истории России стрелецкого восстания. На берегу Истры встретились в бою полки мятежных стрельцов, которые шли с северо-западной границы в Москву, и регулярные царские войска, снабженные артиллерией. Многие стрельцы были взяты в плен, 57 из них повешены под Воскресенским монастырем. Остальные участники восстания погибли при пытках и казнях, которые начались после возвращения Петра I из «Великого посольства» за границу осенью 1698 года.
Новый Иерусалим был не только крупнейшим строительным и ремесленно-художественным центром своего времени. Крупная монастырская библиотека, своеобразная школа поэзии, сложившаяся в монастыре, достижения в области музыки - все это создавало Воскресенскому монастырю славу культурного центра, имевшего влияние на всю духовную жизнь России второй половины XVII века.
Деятельность патриарха Никона оставила заметный след в истории русской культуры. Привлечение им разнообразных культурных сил для осуществления своих грандиозных целей определило своеобразный архитектурный, художественный и духовный облик Нового Иерусалима.
О духовной жизни монастыря можно судить прежде всего по его книжному собранию. Библиотека Нового Иерусалима возникла, как и сам монастырь, в очень короткие сроки. Вслед уехавшему из Москвы Никону были отправлены его личные вещи и книги, а также уникальный фонд греческих рукописей, привезенных из афонских монастырей, содержащих редкие тексты античных и раннехристианских авторов. В 1661 году патриарх Никон передал свою личную библиотеку в монастырь.
В монастырском собрании были представлены уникальные рукописи, такие, как знаменитый «Изборник Святослава 1073 года», «Юрьевское евангелие» начала XII века, несколько списков летописей, один из томов «Лицевого свода» XVI века, хронографы, родословные книги. Иностранных изданий было немного: книги по архитектуре, лексиконы, травники, географическая литература. Гораздо больше места занимала переводная литература: философские, филологические, исторические сочинения. В библиотеке монастыря были книги, созданные в среде украинских переводчиков, возглавляемых Епифанием Славинецким. Отношения между патриархом Никоном и украинскими монахами-переводчиками, которые сотрудничали с ним в ходе церковной реформы, не прерывались и после его удаления из Москвы. В Воскресенский монастырь регулярно присылались новые переводы.