Во время начавшегося наступления немцев в феврале 1918 года он входил в состав двух экстренно созданных органов — Всероссийского чрезвычайного штаба и бюро Комитета революционной обороны Петрограда. Его избирают членом революционного парламента — ВЦИК, а по партийной линии — уполномоченным ЦК левых эсеров. После ратификации Брестского мира и ухода левоэсеровских наркомов из ленинского Совнаркома, Фишман в составе южной делегации ЦК отправился на Украину для того, чтобы склонить местные Советы к продолжению войны с Германией. Совершив связанный с массой опасностей тур по маршруту Харьков — Екатеринослав — Таганрог — Ростов-на-Дону — Екатеринодар (в дни наступления Корнилова) — Москва, он вынес из этой поездки много впечатлений и разнообразных связей.
После возвращения в новую столицу, каковой теперь стала Москва, Фишман возглавил боевую дружину ЦК левых эсеров. К этому времени из-за ратификации Брестского мира у партии, к которой он принадлежал, резко обострились отношения с вчерашними союзниками — большевиками. Как вспоминал один из руководителей ПЛСР Владимир Карелин, в апреле 1918 года, «во время II съезда партии состоялось закрытое заседание, в котором был поставлен вопрос о терроре в международном масштабе. Было решено направить террор против виднейших представителей обеих враждовавших между собою империалистических коалиций, а именно: против Вильсона, Ллойд Джорджа, Клемансо и Вильгельма II. Это решение не осталось на словах. В Англию и Германию были посланы члены партии для организации покушения; им было поручено войти в сношения с соответствующими партийными группами этих стран. Встретив со стороны последних возражения, ЦК отказался от своего намерения... Они вошли в сношения с К. Либкнехтом и Ф. Мерингом. И тот, и другой высказались против покушения на Вильгельма, указывая, что оно может быть неправильно понято. В нем могут увидеть национальную месть побежденного русского народа победителю. Зато именно спартаковцы подали мысль об организации покушения на Мирбаха и Эйхгорна». Граф Вильгельм фон Мирбах являлся послом Германии в Москве, а фельдмаршал Герман фон Эйхгорн — командующим группой армий «Киев». Оба они стали мишенью террористов в июле 1918 года.
Участвовавший в съезде Фишман принял деятельное участие в подготовке покушения на Мирбаха. Он поселился на нелегальной даче левых эсеров на подмосковной станции Ухтомская. На ней находился склад оружия и формировались террористические группы для отправки в оккупированные австро-германскими войсками Украину, Белоруссию и Прибалтику. На этой даче магистр химии и изготовил ручные бомбы, которыми был затем убит посол. Этот теракт эсеры приурочили к V Всероссийскому съезду Советов, открывшемуся в Большом театре в Москве 4 июля. Одним из двух секретарей партийной фракции на съезде, кстати, был Фишман. Первоначально боевики планировали осуществить убийство Мирбаха прямо в дипломатической ложе Большого театра, но потом отказались от этого плана.
В день открытия съезда на заседание ЦК ПЛСР был вызван заведующий отделом Всероссийской чрезвычайной комиссии (ВЧК) по борьбе с немецким шпионажем 20-летний член партии Яков Блюмкин. От него потребовали схему комнат немецкого посольства. В ответ чекист предложил свои услуги в деле покушения. (Кстати, очень похоже на то, что партийная карьера этого молодого честолюбца не обошлась без протекции Фишмана и его младшего брата, находившегося тогда в Одессе, откуда и прибыл Блюмкин в Москву, хотя прямых указаний на это пока не обнаружено.) Непосредственной проработкой теракта и предварительной репетицией с его исполнителями занялись опытные террористы, проведшие долгие годы на каторге, — Мария Спиридонова, Анастасия Биценко и Прош Прошьян. 6 июля в гостинице «Националь» на Тверской улице Фишман вручил бомбы кураторам покушения. Затем за ними явились Блюмкин и еще один террорист (одессит Николай Андреев), отправившиеся затем на автомобиле в район Арбата...
Пока они расправлялись с Мирбахом в доме по адресу: Веснина, 5, в котором сейчас расположено посольство Италии, — Фишман вместе с другими заговорщиками находился в так называемом «штабе обороны партии», опорным пунктом для коего был выбран особняк Морозова в Трехсвятительском переулке. Там дислоцировался Боевой отряд ВЧК под командованием матроса Попова. Непосредственно Фишман участвовал в не вполне удачных попытках разагитировать солдат соседних полков. Но его партийные друзья так и не решились на настоящий путч с захватом Кремля. Они ограничились самообороной и были обречены на поражение. Большевики перехватили инициативу, арестовав для начала в Большом театре фракцию левых эсеров и подтянув верные латышские части. Последовал артиллерийский обстрел прямой наводкой позиций отряда Попова, после чего Фишман и прочие руководители «недоворота» были вынуждены бежать из Москвы.