Замѣчательнѣйшая святыня Преображенскаго собора есть древній чудотворный образъ Нерукотвореннаго Спаса. Этотъ образъ, прославленный чудесами исцѣленій, перенесенъ былъ изъ Вятки въ Москву 14-го января 1647 года и встрѣченъ былъ за Яузскими воротами самимъ Алексѣемъ Михайловичемъ. Въ 1670 году святыня эта была отпущена съ полкомъ боярина воеводы князя Ю. Долгорукова противъ бунтовщика Стеньки Разина. Въ 1812 году непріятель святотатственно снялъ съ чудотворной иконы половину серебряной ризы и вѣнецъ съ драгоцѣнными каменьями. Впослѣдствіи, образъ сей украшенъ былъ серебряною позолоченою ризою съ брилліантами въ вѣнцѣ. Съ 1837 года теплится передъ нею неугасаемая лампада — даръ нынѣ царствующаго Государя.
Въ югозаподной части Преображенскаго собора находится церковь во имя Покрова Божіей Матери. Она построена въ 1673 году Алексѣемъ Михайловичемъ въ память избавленія Москвы отъ нашествія непріятеля въ 1618 году въ воспоминаніе дня кончины дѣда царя, патріарха Филарета Никитича. У восточной стѣны Покровской церкви находится богатый кіотъ, куда въ зимнее время поставляется чудотворный образъ Спаса на поклоненіе. Церковь эта теплая съ тремя придѣлами: одинъ во имя св. Димитрія митрополита, другой — во имя св. Великомученицы Варвары и третій — во имя преподобнаго Саввы Освященнаго.
Икона Знаменія Божіей Матери была родовою иконою бояръ Романовыхъ-Юрьевыхъ. Въ честь ея основана Знаменская церковь въ Новоспасскомъ монастырѣ и находилась, по преданію, надъ могилами Романовыхъ, пострадавшихъ при Годуновѣ. Но эта церковь обвѣтшала и вмѣсто ея въ 1793 году воздвигнутъ новый каменный храмъ, усердіемъ графа Николая Шереметева, надъ могилами его предковъ.
Въ сѣверозападномъ углу братскихъ келій находится церковь во имя св. Николая чудотворца, съ больничными кельями. Она построена въ 1652 году княземъ Николаемъ Черкасскимъ. Въ 1812 году внутренность этого храма пострадала отъ огня, но послѣ была возобновлена и украшена многими новыми и древними иконами въ богатыхъ ризахъ.
На мѣстѣ прежней колокольни, построенной въ 1616 году, и разобранной по ветхости въ 1781 году, построена новая великолѣпная колокольня въ пять ярусовъ. Куполъ ея позолоченъ. Въ среднемъ ярусѣ колокольни находится церковь во имя проподобнаго Сергія Радонежскаго. Высота колокольни, кромѣ главы и креста, около 34 сажень.
Въ 1571 году монастырь былъ укрѣпленъ деревянною оградою съ бойницами и валомъ. При нашествіи на Москву полчищь крымскаго хана Казы-Гирея (1591 г.), Новоспасская обитель, подобно другимъ монастырямъ, была обращена въ крѣпость. Въ царствованіе Михаила Ѳеодоровича эта обитель была снабжена огненнымъ боемъ — пищалями мѣдными и желѣзными, двумя бочками пороху, желѣзными ядрами и свинцомъ. Такія мѣры дали поводъ къ народной поговоркѣ: У Спаса все въ запасѣ. Съ 1640 по 1644 годъ монастырь окруженъ былъ каменною крѣпостною оградою съ лучными, мушкетными и пушечными въ ней боями, съ башнями и. стрѣльницами, и построены каменныя кельи.
Великія испытанія выпали на долю' этой обители въ тяжкое время 1812 года. Предъ нашествіемъ враговъ большая часть драгоцѣнностей монастырскихъ была увезена въ Спасокаменскій монастырь на Кубенскомъ озерѣ. Серебряныя же ризы ея образовъ были скрыты здѣсь подъ сводами. Сюда же нѣкоторые изъ купцовъ свезли на храненіе свои дорогіе пожитки. Въ монастырѣ, по распоряженію начальства, остались только намѣстникъ, отецъ Никодимъ, и десять монаховъ съ послушниками. Въ самый день вступленія въ Москву непріятеля, поляки принялись грабить беззащитный монастырь; на другой день, 3-го сентября, пришли сюда и французы, и стали грабить церкви и кельи. Намѣстникъ, желая умилостивить грабителей, предложилъ имъ угощенье, но они начали требовать отъ него денегъ, били его, и избитаго привели съ послушниками въ соборъ. Здѣсь, поставивъ ихъ среди храма на колѣни и приставивъ къ груди ружья, велѣли исповѣдываться другъ передъ другомъ какъ передъ смертію; потомъ, грозя разстрѣлять, спрашивали, гдѣ скрыты монастырскія драгоцѣнности. При ѳтомъ они нанесли старцу нѣсколько ранъ саблями и, не вынудивъ у него никакого признанія, ни угрозами ни истязаніями, отпустили едва шиваго. Между тѣмъ, во время грабежа, буйства и насилія враговъ, въ тотъ же день вечеромъ загорѣлся монастырь. Пожаръ уничтожилъ между прочимъ колокольню съ находившеюся въ ней церковью св. Сергія Радонежскаго. Въ уцѣлѣвшихъ частяхъ монастыря и въ церквахъ; Преображенской, Покровской и Знаменской поселились французы и грабили въ нихъ все, что находили. Непріятель, въ своемъ безсильномъ гнѣвѣ, пытался было, передъ выходомъ изъ монастыря, взорвать его, но Провидѣнію угодно было отвести эту бѣду отъ древней обители. Послѣ изгнанія враговъ, Новоспасскій монастырь былъ вскорѣ возобновленъ въ своемъ прежнемъ блескѣ.
Еще съ давняго времени Новоспасская обитель сдѣлалась родовою усыпальницею знаменитыхъ боярскихъ родовъ, находившихся въ родствѣ съ царствовавшими домами. Такъ здѣсь погребенъ былъ Василій Юрьевичъ Захарьинъ, одинъ изъ предковъ бояръ Романовыхъ. Здѣсь погребены были при царѣ Борисѣ Годуновѣ: Василій, Александръ, Михаилъ и Ивант Романовы. В^. усыпальницѣ бояръ Романовыхъ многіе гробницы въ настоящее время неизвѣстно кому принадлежатъ, такъ какъ надписи на нихъ невозможно разобрать. Извѣстныхъ гробницъ осталось въ настоящее время всего двадцать восемь. Государь Императоръ Александръ Николаевичъ, благоговѣя къ памяти предковъ своихъ, повелѣлъ въ 1857 году возобновить эти гробницы. Во исполненіе благочестивой воли Монарха, гробницы обдѣланы со всѣхъ сторонъ плитами изъ бѣлаго камня. На воѣ гробницы сдѣланы новые покровы и поставлены иконы святыхъ съ неугасаемыми предъ ними лампадами. Кромѣ родоначальника дома Романовыхъ, Романа Юрьевича Захарьина и его ближайшихъ потомковъ боярскаго рода, въ этой же усыпальницѣ покоится прахъ родственниковъ и свойственниковъ бояръ Романовыхъ — князей Сицкихъ, Ярославскихъ, Оболенскихъ, Троекуровыхъ, Трубецкихъ, Кошыревьіхъ, Шестуновыхъ, Гагариныхъ, Куракиныхъ Щербатовыхъ, Нарышкиныхъ и другихъ. Здѣсь же погребены и два сибирскіе царевича. Подъ алтаремъ находится усыпальница іерарховъ московскихъ, изъ которыхъ многіе принимали большое участіе въ судьбахъ нашего отечества.
Какъ теперь, такъ и прежде, государи россійскіе постоянно покровительствовали Новоспасской обители. Такъ первый русскій царь Іоаннъ Васильевичъ Грозный, въ 1514 году, льготною грамотою освободилъ монастырскія села, деревни и дворы отъ всѣхъ податей и пошлинъ, срокомъ на два года; жаловалъ два перевоза на Москвѣ рѣкѣ. На поминъ дяди своего Юрія Ивановича Глинскаго онъ пожаловалъ въ Дмитровскомъ уѣздѣ се ло Друево съ деревнями и селищами. По указу царя Михаила Ѳеодоровича, въ 1625 году, приписанъ былъ къ Новоспасскому монастырю Троицкій Ураевскій монастырь въ казанскомъ уѣздѣ; а въ 1635 году московскій патріархъ Іосафъ пожаловалъ Новоспасскому архимандриту Іосифу I, Симеоновскій монастырь близь Александровской слободы; такъ что до преобразованія монастырей, Новоспасскій монастырь считался однимъ изъ самыхъ богатыхъ. Онъ владѣлъ болѣе нежели 14,000 душъ крестьянъ. По возобновленіи Преображенскаго собора, Алексѣй Михайловичъ пожаловалъ въ него болѣе двухсотъ иконъ греческой и московской живописи, а также иконы для иконотаса — работы царскихъ иконописцевъ.
Еще въ самое древнее время Спасская обитель имѣла большое значеніе въ исторіи нашего отечества. Она служила не только огражденіемъ отъ непріятельскаго нашествія, но въ то же время и давала пріютъ бѣднымъ, лишеннымъ крова и пропитанія. Здѣсь Калита положилъ первое основаніе призрѣнію нищихъ и убогихъ-первой богадѣльнѣ. Эта обитель была свидѣтельницей обѣтовъ государей Россійсскихъ и ихъ молитвъ среди несчастій отечества, среди бѣдствій, грозившихъ ему 'отъ Орды и Литвы. Въ ней въ 1612 году, во время польскаго нашествія, князь Пожарскій съ дружиною своею цѣловали крестъ спасти Москву, или положить за нее свои головы. Спасскіе настоятели были духовниками и свидѣтелями духовныхъ завѣщаній великихъ князей. Но самая важная заслуга ея для отечества, и особенно для Москвы, относится къ тому времени, когда она находилась еще въ Кремлѣ. Святительский дворъ и монастырь вмѣстѣ съ велико-княжескимъ дворцемъ, послужили основаніемъ новой столицѣ, потому что здѣсь сосредоточены были, какъ свѣтская, такъ и духовная власти, которыя понятно что вліяли на всѣ части русской земли. Это было причиной распространенія, дотолѣ еще мало извѣстной, Москвы и первенства юной Москвы надъ другими старѣйшими городами земли Русской. Здѣсь православная вѣра насадила сѣмена городской и государственной жизни. Эта жизнь широко разрослась потомъ на Залѣсской Москвѣ, по имени которой все царство называлось иностранцами Московiею Спасская же обитель, какъ первый монастырь города Москвы, былъ разсадникомъ іерарховъ, принимавшихъ столь благотворное участіе въ дѣлахъ отечества.