Главная цель посольства не была достигнута, так как Европа решительно отказалась помогать России в войне с Турцией. Зато русский царь употребил время пребывания в Голландии и в Англии для приобретения новых знаний, а посольство занималось закупками оружия и всевозможных корабельных припасов, наймом моряков, ремесленников и т. п.
В его отсутствие опять началось брожение среди стрельцов, тайно сносившихся с царевной Софьей, некоторые из полков, квартировавших в провинциальных городах, двинулись на Москву – побить бояр и иноземцев и посадить на царский престол вместо пропавшего в Европе Петра царевну Софью. Под Воскресенским монастырем у реки Истры мятежники были разбиты правительственными войсками под предводительством боярина А. С. Шеина и генерала П. Гордона.
Узнав о бунтовщиках, Петр спешно вернулся в Москву 25 августа 1698 года и подверг стрельцов новым пыткам и казням, после чего стрелецкие слободы в Москве были навсегда ликвидированы. Несколько стрельцов было повешено под окнами кельи царевны Софьи в Новодевичьем монастыре.
Петр заставил постричься Софью и ее сестру Марфу в монахини. Этим же моментом он воспользовался, чтобы насильственно постричь и свою жену.
После подавления заговора Цыклера 1697 года и стрелецкого восстания 1698 года боярская оппозиция притихла. Продолжал раздаваться лишь негодующий голос высшего духовенства в связи с наступлением светской власти на огромные церковные владения землей и крестьянами. Но со смертью в 1700 году патриарха Адриана первого иерарха Русской Православной Церкви больше не избирали, и постепенно управление церковными делами и имуществом стало переходить в руки государства.
Петр много времени проводил в Немецкой слободе у своего друга Франца Лефорта. Он скончался 12 марта 1699 года на сорок шестом году жизни и сохранил веселость и присутствие духа до конца жизни. Чувствуя приближение последней минуты, велел играть тихую мелодию и читать вслух оду Горация к Делию, где беспечный поэт и философ, вспоминая смерть, говорит шутя:
Торжественные похороны первого русского адмирала состоялись в Москве 21 марта. На них присутствовали в траурных одеждах царь, иностранные послы, бояре и войска. Печальная музыка во время шествия, пушечная пальба при опускании гроба в могилу изумили москвичей. Петр I рыдал неутешно. Но многие бояре не могли скрыть своей радости, видя царского любимца мертвым.
Лефорт был похоронен в Немецкой слободе, на кладбище лютеранской церкви. На его могилу по повелению Петра I положили мраморную плиту со словами: «На опасной высоте счастья стоял непоколебим, был Зопир в отечестве и Цинеас вне его, покровитель наук, Меценат ученых, друг своего Государя, любимый им, как Эфестион Александром. Все, чему он научил Россию своею жизнью, трудом и мужеством, будет незабвенно. Остерегись, прохожий, не попирай ногами сего камня: он омочен слезами Великого Монарха!»
Петр I в келье царевны Софьи
Петр I вернулся из Европы в иноземном платье и вскоре принялся вводить новшества в старозаветный быт москвичей. Лишь крестьяне и духовенство избегли этой участи. Историк первых десятилетий XIX века А. Ф. Малиновский отмечал: «Брить бороды и носить европейское платье государь Петр I повелел при наступлении XVIII века, 1700 [года] генваря 4-го. Чрез двенадцать дней появились на всех городских воротах развешенные для образца кафтаны, и жители московские, исполняя волю царскую, чрез одни сутки преобразились. Скоро дошло дело и до женских нарядов; московские щеголихи должны были расстаться со старинными русскими нарядами и носить по образцам чепцы, кунтуши, бостроги, юбки немецкого покроя и черевики. Кто не успел или не хотел сделать себе иностранного платья или выбрить бороды, тех останавливали на улицах и брали денежную пеню, с пеших по 40 копеек, а с экипажных по 2 рубля. Фельдшеры, портные и сапожники богатели, а пристрастные к старине горевали. Кому жаль было расстаться с бородою и усами своими, на таких упрямщиков наложена была ежегожная в казну подать: первостатейные купцы платили за право оставаться бородатыми сто рублей, приказные и служащие шестьдесят рублей, прочие ж все состояния по тридцати рублей. Для свободного им везде пропуска давалась медная монета величиною в грош с изображенною на одной стороне бородою и с подписью на обороте: “Деньги взяты”. При Екатерине I сей знак переменен».
В Москве появляются новые лавки для продажи иноземного платья. Была открыта также продажа еще недавно запрещенного табака.