Лица, которые могли подтвердить или опровергнуть показания Собенникова о его невиновности, не были установлены и допрошены. Документы, подтверждающие или опровергающие виновность осужденного в содеянном, к материалам уголовного дела не приобщены и судом не исследовались.
Надо сказать, что и расследование дела проводилось с существенными нарушениями закона. В частности, арест Собенникова был произведен 16 октября 1941 года, а с постановлением об избрании меры пресечения в виде содержания под стражей арестованный был ознакомлен только 8 ноября.
При этом, согласно протоколам, имеющимся в уголовном деле, допросы Собенникова проводились еще до возбуждения уголовного дела — 10, 13 октября 1941 года. Допрос по существу обвинения не проводился, Собенников был допрошен только лишь о своей биографии, круге знакомых и характере взаимоотношений с ними. В период с 8 ноября по 31 декабря 1941 года по делу не проведено ни одного следственного действия.
Изучая уголовное дело генерала Собенникова, становишься свидетелем того, с каким достоинством и честью он вел себя во время следствия.
Генерал Собенников отверг обвинение в участии в антисоветском военном заговоре и проведении вредительской работы, направленной на поражение Красной армии в войне, признав лишь, что «благодаря его преступной деятельности противнику удалось рассеять части 43-й армии и совершить прорыв». В судебном заседании 6 февраля 1942 года Собенников пояснял, что как командующий Северо-западным фронтом, а затем 43-й армией он ответственен за все поражения, которые понесли его части, что в ходе следствия ему пришлось «воевать» со следователем за каждую формулировку в своих показаниях. Все недостатки в управлении войсками Северо-западного фронта и 43-й армии, по его словам, имели место, но не были вызваны предательством и трусостью с его стороны или кого-либо из его подчиненных, а явились результатом наступления превосходящих сил немецких войск, беспрерывной бомбежки авиации противника.
Приговором суда Петр Петрович был оправдан в части его обвинения в совершении контрреволюционных преступлений и признан виновным по п. «б» ст. 193–21 УК РСФСР. Его осудили на 5 лет лишения свободы с лишением государственных наград: ордена Красного Знамени и юбилейной медали «XX лет РККА», а также воинского звания генерал-майор.
На следующий после вынесения приговора день, рассмотрев ходатайство осужденного о помиловании, Президиум Верховного Совета СССР счел возможным освободить Собенникова от отбывания наказания со снятием судимости. Он был лишен вышеуказанных наград, понижен в воинском звании до полковника и направлен на фронт с формулировкой «для использования на низшей военной работе».
С апреля по сентябрь 1942 года Собенников был прикомандирован к группе Маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова, а затем вплоть до 1945 года воевал в составе Брянского, Центрального, Белорусского и 2-го Белорусского фронтов. В апреле 1943 года восстановлен в звании генерал-майора, а в феврале 1944 года стал генерал-лейтенантом. Завершил войну в Берлине в должности заместителя командующего 3-й армией 2-го Белорусского фронта. За мужество и воинское искусство его наградили орденами Ленина, Суворова II степени, Кутузова II степени, Богдана Хмельницкого I степени, Отечественной войны I степени, двумя орденами Красного Знамени, медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией».
После войны генерал-лейтенант П.П. Собенников командовал объединением, был заместителем командующего войсками военного округа. Затем сначала заместителем начальника, а в 1955–1959 годах — начальником Высших офицерских курсов «Выстрел». Умер 14 августа 1960 года, так и не дожив до официальной реабилитации.
Рассмотрев материалы дела П.П. Собенникова по надзорному представлению заместителя Генерального прокурора Российской Федерации — Главного военного прокурора С.Н. Фридинского, Президиум Верховного суда Российской Федерации нашел вынесенное в 1942 году судебное решение подлежащим отмене ввиду несоответствия выводов суда, изложенных в приговоре, фактическим обстоятельствам уголовного дела, установленным судом первой инстанции, и отменил неправосудный приговор Военной коллегии Верховного суда СССР от 6 февраля 1942 года в отношении Собенникова, а уголовное дело прекратил за отсутствием в деянии состава преступления. Петр Петрович Собенников реабилитирован. Спустя 68 лет.