Об управлении Патриаршей епархией Павел Алеппский сообщает, что у патриарха Никона было семь приказов, «то есть диванов552 и судов, в коих заседают семь судей со многими писцами». Из этих приказов он особо отмечает приказ для монахов и монастырей, приказ по делам белого духовенства, приказ по делам ставленников, приказ «для наследств». Архидиакон Павел называет еще тюрьму и казну, и можно предположить, что это были также особые приказы, ведавшие судом, следствием и финансами Патриаршей епархии.
В своей епархии патриарх Никон был полным хозяином, ведая всеми, не только духовными, но и гражданскими делами духовенства, своих служилых людей и крестьян патриарших и монастырских вотчин. Ежедневно все семь начальников его приказов докладывали ему о делах и получали распоряжение. Все челобитные, поданные ему от народа в церкви, он читал в своих кельях. Из служилых людей патриарха архидиакон Павел выделяет «множество бояр», то есть высших чиновников епархии, и сообщает очень важные сведения о том, что «большую часть» этих бояр «он (патриарх Никон) делает теперь правителями областей, каков, например, воевода Путивля и другие». Это значит, что, пользуясь доверием и согласием царя, патриарх Никон ставил своих людей на государственные должности, в чем проявляется еще один яркий пример взаимодействия государственной и церковной власти.
У патриарха имелось множество самых различных мастеров и художников. Павел Алеппский подчеркивает еще раз, что патриарх, как и все архиереи, получает доходы не от паствы, а «от пожалованных имений и от сбора с каждого священника». Он также говорит, что в то время, то есть в 1655 году, за патриархом числилось 25 тысяч крестьянских дворов553. По данным митрополита Макария (Булгакова), в том году за патриархом было 6432 крестьянских двора554. Можно предположить, что Павлу Алеппскому умышленно сообщили преувеличенную цифру. Но вот что интересно: архидиакон Павел при этом пишет как о заслуге патриарха Никона, что он довел имения патриарха до столь большого числа дворов, ибо раньше их было значительно меньше. И поясняет, что, пользуясь «большим влиянием на царя», патриарх, как только умрет кто-либо из бояр, «является к царю и выпрашивает себе часть крестьян и имений умершего». И по данным митрополита Макария получается, что с 1655 по 1667 год число крестьянских дворов за патриархом действительно увеличилось555, хотя и не так значительно, как показано у Павла Алеппского.
Из этого следует, что «Уложение» 1649 года, запрещавшее увеличивать церковные вотчины, могло практически и не соблюдаться. В церковных делах все зависело не столько от различных «уложений» и «указов», сколько от личных взаимоотношений царя и патриарха.
Павел Алеппский сообщает здесь же, что царь выдал некий «хризовул» (греч.), то есть грамоту, патриарху Никону, согласно которой патриарх становился наследником имений всякого умершего в своей епархии боярина, который не имел наследника. Так, патриарх приобрел соляные озера, приносившие большой доход. Кроме того, патриарх Никон взял себе половину доходов Троице-Сергиевой лавры от пошлин, собиравшихся в стране в пользу этого монастыря556. Ибо, как неоднократно указывает Павел Алеппский, из торговых и других пошлин, собиравшихся государством, две части шли в царскую казну, а одна часть непременно - монастырю Святой Троицы. Так что доход Троице-Сергиевой лавры равнялся одной трети государственного дохода557.
Архидиакон Павел Алеппский несколько раз повторяет, что все доходы архиереев и монастырей считались принадлежавшими царю, но это не совсем точно. Какой смысл имело бы тогда держать эти доходы в монастырских и епархиальных сундуках вместо того, чтобы сразу забрать их в казну? Если о земельных вотчинах еще можно сказать, что они, как и вся земля, считались собственностью государства, данной в вечное пользование церквам, монастырям и епархиальным управлениям, то никак нельзя сказать этого о доходах с этих земель и прочих доходах. Нет, в том-то и дело, что доходы епархий и монастырей, хотя и находившиеся под наблюдением государевых «надсмотрщиков», были именно доходами церковными. Из них духовные власти, хотя и с ведома государства, тратили на церковные нужды сколько нужно. Но и государство считало естественным в чрезвычайных случаях брать дополнительные средства из церковных доходов, помимо определенных традиционных сборов. Эти взаимоотношения казались настолько органичными, что не возникало необходимости определить правовую принадлежность церковных доходов.