В феврале 1905 г. невдалеке от Чудова монастыря террористом был убит великий князь Сергей Александрович. Его останки захоронили под Алексеевским собором, а год спустя в усыпальнице была устроена новая церковь преподобного Сергия Радонежского с иконостасом из белого мрамора, куда были помещены иконы, принадлежавшие великому князю. В 1995 г. его останки были перенесены в Новоспасский монастырь.
Собор закрыли в 1918 г., а снесли в 1930–1931 гг. Мощи святителя Алексия перенесли в Архангельский собор Кремля, а в 1947 г. передали в кафедральный Богоявленский собор в Елохове, где они почивают и поныне.
Алексия, митрополита Московского, и Иннокентия, епископа Иркутского, святителей, в Черкизове церковь (уничтожена).
В селе Черкизове, приналежавшем московским иерархам, невдалеке от церкви пророка Илии, в 1760-х годах выстроили архиерейский дом – дачу с крестовой церковью. Кроме икон в домовом храме находился старинный портрет патриарха Филарета (Романова). В 1820 и 1868 гг. церковь перестраивали. Освящение обновленной церкви состоялось в 1877 г. Незадолго до 1917 г. архиерейскую дачу капитально отремонтировали. В 1918 г. ее помещения заняла коммуна «Красный Луч». Все церковное имущество было передано в черкизовский Введенский храм. Позже архиерейскую дачу отдали под жилье и под конторы. Весной 1992 г. здание сильно пострадало от пожара.
Алексия, человека Божия, преподобного, в колокольне Страстного монастыря (уничтожена).
Монастырь был основан в 1654 г. за стенами Белого города в честь Страстной иконы Божией Матери. В 1937 г. монастырский комплекс снесли. Теперь на его месте – памятник А.С. Пушкину, фонтаны и кинотеатр «Россия». Первое упоминание о церкви, устроенной в монастырской колокольне, относится к 1702 г. В 1773 г. она сильно пострадала от пожара и была вновь освящена после восстановления 19 октября 1781 г. В середине XIX века старую звонницу снесли и в новой надвратной колокольне 24 октября 1855 г. освятили небольшую церковь преподобного Алексия. Ряд икон в ее иконостасе исполнил известный художник В.В. Пукирев, стены расписал художник Чернов. Колокольню с храмом уничтожили, как и всю обитель, в 1937 г.
Алексия, человека Божия, преподобного, и Воздвижения Креста Господня в Красном селе церковь (2-й Красносельский переулок, дом № 3, строение 1).
Церковь была выстроена в Ново-Алексеевском монастыре в 1853–1858 гг., и имела приделы Грузинской иконы Божией Матери и преподобного Павла Латрийского.
Автор проекта – знаменитый архитектор М.Д. Быковский. Храм входил в комплекс Ново-Алексеевского женского монастыря, перенесенного в эту местность с Чертолья в 1837 г. в связи со строительством Храма Христа Спасителя, и находился рядом с кладбищем обители.
Среди его святынь значились список с чудотворной Грузинской иконы Божией Матери, украшенный серебряной ризой с жемчугами, образ преподобного Алексия, человека Божия, с житием середины XVI века, еще более тридцати икон XVII–XVIII веков. Храм закрыли в конце 1924 г. и перестроили. Богослужения возобновлены в 1991 г.
Амвросия Медиоланского, святителя, в Новодевичьем монастыре церковь (Новодевичий проезд, дом № 1).
Является частью комплекса зданий XVI–XVII веков у южной стены обители, включающего в себя еще трапезную, хлебодарню и двухэтажные жилые палаты.
В XVI веке Новодевичий монастырь находился под покровительством царя Ивана IV Грозного, по приказанию которого в нем были возведены палаты для царевой невестки – княгини Ульяны, вдовы князя Юрия Васильевича Углицкого. В 1598 г. для вдовы его сына царицы Ирины Федоровны Годуновой, постриженной в Новодевичий монастырь под именем Александры, соорудили новые Ирининские палаты (на старом основании Ульяниных палат), к которым была пристроена церковь. В середине XVII века церковь полностью перестроили и освятили во имя Иоанна Предтечи. В 1680-е гг. Ирининские палаты отстраиваются заново на старых фундаментах. Последние изменения в облике храма и его переосвящение связано с Чумным бунтом 1771 г. Тогда жертвой безумной толпы стал архиепископ Московский Амвросий (Зертис-Каменский), в память о мученической смерти которого храм был переименован в честь его святого покровителя Амвросия Медиоланского. После Октябрьской революции 1917 г. в церкви еще долго шла служба. С 1930-х по 1990-е гг. церковь, как и весь монастырь, находилась в ведении Государственного Исторического музея. Храм отреставрировали, и к 1990 г. в нем разместили Отдел оружия Исторического музея. В 1994 г. в Новодевичьем монастыре возобновилась монашеская жизнь. Храм святителя Амвросия Медиоланского передали верующим одним из первых. В нем поставили новый иконостас, но со старинными иконами, переданными из фондов Исторического музея; здесь проводятся уставные монастырские богослужения.