Здание строилось по указанию царя Федора Алексеевича, и, возможно, его чертеж составлялся под личным наблюдением государя. Вход снаружи был только в храмы Благовещения Пресвятой Богородицы и святителя Алексия. Вход в Андреевскую церковь был только из внутренних помещений. В XVIII веке Андреевскую церковь сделали больничной, так как часть здания келий стали использовать под больницу. Тогда же храм был переименован в Крестовоздвиженский. В 1814 г., после нашествия Наполеона, монастырь возобновлялся, но храм был упразднен. В середине XIX века митрополит Московский и Коломенский Макарий устроил себе в монастырском здании покои и вновь открыл храм во имя апостола Андрея Первозванного, как свою домовую церковь (митрополичьи покои примыкали к ней с запада). В 1893–1894 гг. при ремонте монастырской ризницы все хранящееся в ней святыни временно перенесли в помещение Андреевского храма. Церковные службы в нем проходили только в престольный праздник или в каких-либо особых случаях. В 1929 г. весь Чудов монастырь был снесен, погибли все его храмы.
Андрея Стратилата, мученика, в бывшем Андреевском монастыре церковь (Андреевская набережная, дом № 2).
Согласно преданию, монастырь находился в этой местности еще в XIII в. В 1547 г. обитель сгорела. В 1591 г. здесь был построен деревянный храм во имя Андрея Стратилата, основанный в честь избавления Москвы от нашествия крымского хана Казы-Гирея в день памяти этого святого. В 1648 г. монастырь был возобновлен, и здесь по инициативе видного деятеля просвещения Федора Михайловича Ртищева была создана одна из первых в Москве школ (Ртищевское братство). Ртищев пригласил сюда украинских монахов, они переводили книги и обучали русское духовенство языкам, грамматике и другим наукам. Деятельность Андреевской школы постепенно сходит на нет в 1660-е гг., а после смерти Ртищева в 1674 г. она была закрыта. В 1675 г. Андреевскую церковь перестроили в камне над восточными воротами обители. Вероятно, строительство началось еще при Ртищеве, и поэтому первоначально (до 1764 г.) в храме был придел во имя святого Феодора Стратилата, святого покровителя Ртищева. В 1765 г. монастырь был упразднен, а его храмы обращены в приходские. В XIX веке к Андреевскому храму пристроили богадельню, которая заслонила собой большую часть церковного фасада.
Храм закрыли в 1918 г., и постепенно начали перестраивать. В 1960-е гг. здание было отреставрировано, установили крест. В 1991 г. при храме было образовано Патриаршее подворье, после чего начались реставрационные работы. Вскоре весь комплекс Андреевского подворья был возвращен Русской Православной Церкви, и здесь расположилась Синодальная библиотека.
Андрея Стратилата, мученика, при Учительском институте церковь (улица Большая Полянка, дом № 50).
Учительскими институтами до революции назывались средние учебные заведения, готовившие учителей для начальных школ. В Москве Учительский институт располагался в арендуемом старинном здании на Большой Полянке. Домовый храм в нем был освящен 4 декабря 1892 г. в присутствии благотворительницы В.А. Алексеевой, пожертвовавшей на его устройство крупную сумму денег. В резном, выкрашенном белой краской иконостасе находились иконы Спасителя, мученика Андрея Стратилата, великомученицы Варвары, архангела Михаила и другие. На стенах было еще более тридцати икон, в том числе несколько на металле. Церковь была снабжена достаточным количеством богослужебных сосудов и другой утвари. В 1903 г. для Учительского института на месте старого здания построили более просторное, тоже двухэтажное новое (архитектор А.А. Никифоров), и домовую церковь перенесли в одно из помещений его верхнего этажа. Весной 1922 г. домовый храм был закрыт. В 1941 г. часть здания, в котором находился храм, была разрушена бомбой. Впоследствии она была восстановлена, уже без храмового помещения. Ныне в здании размещается Академия боевых искусств.
Анны, пророчицы, в Доме призрения бедных имени семьи Мазуриных церковь (уничтожена).
Дом призрения был основан в 1887 г. известным благотворителем купцом Николаем Алексеевичем Мазуриным (1823–1904). Сюда принимали на полное содержание «не имеющих средств к жизни вдов и девиц купеческого и мещанского сословий, требующих особого ухода». В купеческом и мещанском отделениях в 1900 г. проживало 105 женщин. Церковь, пристроенную к центральной части здания, освятили 18 ноября 1887 г. В 1919 г. богадельню закрыли, а иконы и церковную утварь передали в храм села Петровского Рузского района Московской губернии. В 1930-е гг. дом призрения с храмом перестроили, превратив их в безликий жилой дом (на углу Котельнической набережной и 1-го Котельнического переулка).