На первой по времени карте Москвы, о которой идет речь в пушкинской трагедии и которая получила название «Годунова чертежа», на Пятницкой улице обозначены три церкви. И хотя названия их не определены, расположение достаточно точно соответствует поныне существующим церквям: Черниговских чудотворцев Федора и Михаила в Черниговском переулке, Троицы в Вишнякове и Климента папы Римского. Замученные в Орде черниговский князь Михаил и его боярин Федор оставались живой памятью вековой неволи. Церковь Троицы стояла в стрелецкой слободе приказа Матвея Вишнякова — отсюда идет сохраняющееся до наших дней название Вишняковского переулка. Климентовская церковь была посадской.
Кругом селились торговые люди, тянулись харчевни и лавки. На луг пригоняли татары для продажи табуны коней, и торгу помогали специальные переводчики, жившие по соседству с Климентом — в Толмачах.
Правильность данных автора «Годунова чертежа», составленного до 1605 г. и изданного четырнадцатью годами позже в Амстердаме, в географическом атласе Герарда Меркатора, автора известной картографической проекции, подтверждает следующий по времени «Петров чертеж». В 1650-х гг. его автор корректирует своего предшественника на натуре и издает свой труд во втором томе «Географии» Блавиана в том же Амстердаме в 1663 г. Климентовская церковь помечена на том же месте. Факт ее существования подтверждается и многочисленными документами. Здесь любопытно отметить само по себе ее посвящение Клименту, папе Римскому. Климентовские церкви — не редкость в Новгороде Великом и Пскове, где к его покровительству особенно охотно прибегали жители «концов» — улиц, вскладчину возводившие свои храмы и для молитвы, и для сбережения всем скопом своих непросто нажитых богатств. В Москве посвящение Клименту встречалось редко, и то кончая первой третью XVII в. В 1621—1625 гг. были выстроены Климентовская церковь за Петровскими воротами, у стрельцов приказа Михаила Рчинова, в 1628—1639 гг. еще две: на Трубе у Яру в Стрелецкой слободе и в «Михайлове приказе у Баскакова». Почти во всех случаях это были стрелецкие церкви.
Среди приходных и расходных книг Патриаршего Казенного приказа ружная книга 7133—7144 гг. содержит записи о постоянном взносе причтом Климентовской церкви оклада, что дает основание считать — крупнейшие московские пожары 1626 и 1629 гг. ее не коснулись, и она сохранялась в неизменном виде до сороковых годов XVII столетия. Именно на это время приходится важный поворот в ее истории. Если раньше оклад вносился за церковь Климента, то теперь один и тот же причт вносит деньги то за Климентовскую, то за Знаменскую церкви. В некоторых случаях название совмещается, хотя нетрудно проверить, что нового Знаменского придела в старом храме не появилось.
В пятидесятых годах очередной климентовский поп Варфоломей Леонтьев хлопочет о «патрахельной» грамоте, разрешавшей совершать богослужение вдовым священникам. Брак в жизни попа значил многое. Без жены его не полагали в священнический сан, со смертью жены церковные власти начинали сомневаться в его нравственности. «Патрахельные» грамоты на основании свидетельства прихожан о добропорядочном поведении пастыря полагалось выправлять раз в год, а то и в полгода. Правда, Варфоломей Леонтьев отправляется на «службу с государем» — уходит в Ливонский поход Алексея Михайловича, закончившийся после осады Риги перемирием 24 октября 1656 г. Но никакие «служебные» заслуги не избавляют отца Варфоломея от необходимости по возвращении в Москву снова хлопотать о грамоте на свой былой климентовский приход.
К следующему году относится землемерная — Строельная книга церковных земель, уточнявшая размеры «монастыря», или собственно приписанной к церкви земли. Ее при Клименте числилось, соотносясь с единицами измерения наших дней, около двенадцати соток: двенадцать сажен по Климентовскому и четырнадцать по отходящему от него Голиковскому переулкам. Именно от тех далеких лет и пришел замысловатый изгиб Голиковского переулка, и ширина Климентовского, и расстояние от церкви до ближайших домов. Конечно, дома с тех пор успели измениться, и все же сохраненные их расположением элементы градостроительной структуры необходимо сохранить. Рассуждения проектировщиков будущей пешеходной зоны о целесообразности «открыть» памятник архитектуры для широкого обзора равносильны приговору для неповторимого в своем колорите уголка Москвы. Можно ли предположить, что на таком небольшом «монастыре» помещались две церкви или что одна из них осталась неописанной? И в том и в другом случае ответ будет только отрицательным. Разгадка двойного названия прихода крылась в одной из хранившихся у Климента икон.