Вид старой Москвы
Смерть А.С. Дурова в 1671 г. положила конец заботам этой семьи о Знаменской церкви, которая оказывается на попечении прихода. Новый обмер земель, производившийся в 1679—1681 гг., ничего нового не дает, из чего можно заключить, что никаких коренных переделок обе церкви за это время не претерпели. Не пострадали они и от большого пожара 1688 г., сохранив свой первоначальный вид, насколько можно судить по регистрации антиминсов, до 1710 г. Расположение их было оговорено в несохранившейся летописи Климентовской церкви. Знаменская находилась на месте позднейшего придела Знамения в нынешнем Преображенском храме, то есть слева от главного престола, Климентовская — на месте позднейшего придела Климента, то есть в правой части трапезной. Та же летопись прямо указывала, что основное богослужение совершалось в Знаменской церкви, тогда как Климентовская использовалась исключительно как кладбищенская — следы древнего погоста и надгробий со стороны Пятницкой улицы сохранялись вплоть до конца 1940-х гг.
1714 г. принес указ Петра I о запрещении строить в Москве, как и повсюду в русском государстве, всякое каменное строение. Нарушение указа каралось возведением виновным в принудительном порядке постройки такого же размера в Петербурге. В действительности Патриаршьим Казенным приказом не было зарегистрировано ни одного нового церковного строительства уже с 1712 г. Исключение составляют несколько церквей, начатых, по-видимому, ранее и потому пользовавшихся правом достройки. Это церковь Казанской Божьей Матери Вознесенского девичьего монастыря, Нерукотворенного Спаса на дворе Строгановых, Благовещения на Тверской и церковь Петра и Павла на Новой Басманной, начатая по благословению митрополита Стефана и указу Петра I в 1705 г. и в 1714 г. близкая к окончанию. Климент в делах Казенного приказа не упоминался.
Отмена петровского запрета последовала только в конце января 1728 г.: «Его императорское величество указал впредь с сего указа в Москве всякое каменное строение, как в Кремле, в Китае, так и в Белом и в Земляном городах, кто как похочет, делать позволить». Прихожане и причт климентовского прихода сразу же стали перед необходимостью немедленного ремонта и перестройки своей обветшалой Знаменской церкви, свод которой грозил падением, а внутреннее устройство было почему-то неудобно для богослужения. В ответ на их прошение Патриарший Казенный приказ запечатал 27 мая 1730 г. указ «О строении Замоскворецкого сорока церкви Знамения Пресвятой Богородицы и Климента папы Римского, что на Ордынцах, попа Симеона Васильева с прихожаны, велено: в той настоящей Знаменской церкви старый свод разобрав поднять в вышину и построить вновь, также и престол в той же церкви сделать посредине алтаря понеже оный престол стоял к одной стороне».
Климентовская церковь к этому времени не меньше нуждалась в ремонте, тем более что была много старше Знаменской и службы в ней не производились — стояла она «без пения». Но приход по своей скудости не мог позаботиться об обеих церквах, и выбор, естественно, пал на требовавшую меньших затрат Знаменскую церковь, в которой и был произведен частичный ремонт. Климентовский приход в это время к числу состоятельных не принадлежал. Приписано было к нему всего 35 дворов и оклад его оставался одним из самых низких в Замоскворечье: кругом причты платили до десяти алтын, с Климента полагалось всего три алтына две деньги. Поэтому и в торжественном церемониале погребения царевны Прасковьи Иоанновны в начале 1730-х гг. климентовским попу с дьяконом было отведено самое последнее место среди священнослужителей их сорока.
Лишних денег в приходе не водилось. Не стало в 1729 г. у Климента дьякона, возвели на его место собственного дьячка, а нового младшего причетника взяли из числа сельских: дешевле обходились, меньше требовали. Сыскался такой «Московского уезда, вотчины князь Львова от церкви Покрова, что в селе Покровском». Хлопотали о назначении поп Симеон Васильев с прихожанами, и тот же Симеон в 1743 г. кланялся о назначении церковным старостой посадского человека Николая Дмитриева Левина. Старостой каждая церковь хотела иметь одного из самых состоятельных прихожан, климентовский приход лучшей кандидатурой не располагал. Тем удивительнее было появление здесь дошедшего до наших дней богатейшего и принадлежащего выдающемуся зодчему храма.
Его необычную историю содержал в себе помеченный 1754 г. рукописный сборник, обнаруженный сто лет спустя в городе Верхнеуральске Оренбургской губернии. По обычаю тех лет, сборник содержал пеструю смесь занимательных рассказов в духе итальянских фацеций, сведений о лекарствах, планетах, травах, минералах, стихов, и в заключение обстоятельное «Сказание о церкви Преображения Господня между Пятницкой и Ордынкой, паки рекомой Климентовской». С публикацией «Сказания» в «Московских ведомостях» выступил подрегент синодального хора в кремлевском Успенском соборе Руф Игнатьев, известный специалист по археологии, археографии и этнографии.