Так случилось, что Иван III и в самом деле выстроил себе усыпальницу. Его не стало через 5 месяцев после начала строительства Архангельского собора. Погребение князя в храме состоялось до окончания строительства. А когда собор был возведен до сводов, 3 октября 1508 г., в него перенесли гробы всех великих князей, начиная с Ивана Калиты. Сейчас в нем находится 46 гробниц — не только московских, но и удельных князей, их соратников и сородичей. Некоторые гробницы заключают в себе по два-три захоронения. Все погребения находятся под полом. Внутри же собора помещены выполненные в 1636—1637 гг. резные белокаменные надгробия. В 1903 г. их закрыли бронзовыми остекленными футлярами.
Архангельский собор Московского Кремля
Получив первым титул царя, Иван Грозный захотел отметить его и особой царской усыпальницей, для которой было выделено место в южном предалтарии за иконостасом. В 1581 г. здесь был похоронен убитый им старший сын — царевич Иван Иванович, спустя три года сам Грозный, а в 1598 г. другой его сын — царь Федор Иоаннович.
В ходе реставрационных работ 1963 г. неглубоко под белокаменным полом XVI в. были раскрыты каменные гробы Грозного в монашеской одежде — перед смертью он успел принять схиму — и обоих его сыновей в длинных льняных рубахах с шитьем. В изголовье у каждого стоял стеклянный сосуд.
В том же приделе — Иоанна Предтечи — находится захоронение героя борьбы с польско-шведской интервенцией, талантливого полководца князя Михайлы Скопина-Шуйского и место могилы Бориса Годунова. Приказом Лжедмитрия останки Годунова были вынуты из погребения (для чего пришлось ломать стену собора), захоронены сначала в Варсонофьевском монастыре, около Лубянской площади, а при царе Василии Шуйском высланы и вовсе в Троице-Сергиеву лавру.
Есть в Архангельском соборе и еще одно интересное захоронение: находящаяся в подвалах могильная плита матери царевича Дмитрия. Последняя, седьмая, жена Ивана Грозного, Мария Нагая прожила полную бурных событий жизнь. Сразу после свадьбы стала «неугодной» мужу — царь Иван Васильевич задумал жениться на английской королеве или по крайней мере ее племяннице. Сосланная после смерти Грозного в Углич, по обвинению в «недосмотре» за убитым сыном, царица Марья была пострижена в монахини и заключена в глухой монастырь. С появлением Лжедмитрия Борис Годунов собирался, но не решился использовать опальную царицу для разоблачения Самозванца. Зато в июле 1605 г. Мария Нагая торжественно была привезена в Москву и всенародно признала Самозванца своим сыном. Она так же легко отреклась от Лжедмитрия после его гибели, а годом позже не менее торжественно встречала привезенные из Углича останки царевича. Сегодня единственной памятью о ней осталась плита с надписью: «Преставися (скончалась) раба божия царица Марья Федоровна всея Руси Ивана (супруга)...»
Вид Соборной площади. Фрагмент круговой панорамы XIX в.
Любопытную достопримечательность Архангельского собора представляют так называемые мерные иконы особого символического смысла. На доске в размер каждого новорожденного царевича писалось изображение святого, в честь которого он получал свое имя при крещении.
Высокие, грузные, под одинаковыми бронзовыми футлярами, тесно заполнившие внутреннее пространство собора, гробницы великокняжеской усыпальницы ничем не разнятся друг от друга. Между тем с каждой связана иная страница истории, события широко известные или те, которые лишь недавно удалось по-настоящему восстановить. Считанные годы назад под полом в сенях Архангельского собора была обнаружена верхняя часть могильной плиты с именем царевича Дмитрия: «убиен бысть (был) благоверны царевич князь Дмитрий Иванович Углицкий государь...»
Известно, что Борис Годунов отрицал факт убийства последнего сына Грозного, вместо которого сам вступил на престол.
Тем более опровергал это своим появлением Лжедмитрий. Поэтому, по всей вероятности, плита относится к недолгому правлению Василия Шуйского, когда в 1606 г. тело царевича с великими почестями было привезено в Москву, выставлено в Архангельском соборе в обитой золотым атласом раке (мощехранительнице), а сам Дмитрий объявлен чудотворцем. Начатое Шуйским продолжили вступившие на престол Романовы. В 1683 г. в соборе над гробницей царевича была сооружена белокаменная резная сень, литая бронзовая решетка и надгробная серебряная доска с изображением Дмитрия, выполненная чеканщиком Гаврилой Евдокимовым «с товарищи» в 1630 г. и в настоящее время хранящаяся в Оружейной палате.