Внутри дворца каждый этаж имел свое особое назначение. Помещение подклета продолжало служить кладовыми и погребами, главным образом для самых разнообразных напитков.
Некоторое время здесь располагались палаты Сытного дворца. Второй этаж в течение XVI—XVII вв. неизменно занимала Мастерская палата. На третьем находились служебные помещения и, как можно предположить, временные покои царицы и царских детей, потому что основным местом пребывания семьи служил деревянный дворец. Деревянное жилье в Москве по-прежнему предпочитали каменному из соображений здоровья и тепла. Здесь же помещалась и маленькая царская банька-мыленка, откуда винтовая лестница вела непосредственно в спальню царя, расположенную, как и все его личные покои, на четвертом этаже.
Личных царских горниц всего несколько — небольших, каждая в три окна, почти одинаковых по размерам и одинаково обращенных на юг. Первыми идут Проходные сени, затем Крестовая палата, или гостиная, где происходило «сидение царя с бояры», дальше Престольная, или кабинет. В Престольной царь выслушивал доклады бояр, выносил решения по спорным делам. Здесь принимались и отдельные решения особой государственной важности, как, например, в 1660 г. об отрешении Никона от патриаршества, для чего в Престольной собрался духовный собор.
Москва хорошо знала среднее окно Престольной. Отсюда на специальном приспособлении спускался к подножию теремов ящик для челобитных на царское имя — «долгий ящик», как называли его в народе: слишком долго и далеко не всегда в пользу справедливых истцов решались подававшиеся жалобы.
За Престольной располагались Опочивальня и крохотная молельня. Строгой анфиладности в расположении горниц нет. Все они перекрыты пологими сомкнутыми сводами с распалубками, которые много позже, в XIX в., были украшены лепными гуртами.
Теремной дворец. Царская опочивальня
Теремной дворец. Фрагмент интерьера
С северной стороны к личным горницам примыкают еще меньшие по размерам подсобные помещения и тянется узкий длинный коридор. С ним предание связывает смотрины царских невест. Будто бы здесь их выстраивали для осмотра царем и царь, трижды пройдя мимо девушек, вручал рушник своей избраннице.
Попасть на последний этаж, в Верхний Теремок, можно было прямо из Престольной — через небольшие, примыкающие к ней сени и узкую витую лестницу. Определенного назначения Теремок не имел. Здесь могли решаться государственные дела, могли и просто играть царевичи. Как и царские горницы, Теремок перекрыт коробовым сводом с распалубками над окнами. Единственное его украшение — две большие изразцовые печи. Обстановка — тянущиеся вдоль двух стен скамьи. Роспись стен относится к 1840-м гг., когда по рисункам Ф. Солнцева было выполнено все внутреннее убранство. Руководство работами осуществлял архитектор Ф.Ф. Рихтер.
Внутренняя отделка Теремного дворца в первоначальном ее виде отличалась разнообразием и богатством цветовых сочетаний: расписные слюдяные оконницы (русская слюда славилась на всю Европу своей чистотой и мало уступавшей стеклу прозрачностью), затянутые алым или зеленым сукном полы, изразчатые печи, расписанные стены и рядом с модной во всей Европе мебелью лавки с яркими полавочниками — покрытыми сукном мягкими тюфячками.
Включенный во внутренний двор Большого Кремлевского дворца Теремной дворец просматривается теперь только частями. Его композицию замыкает с восточной стороны группа дворцовых церквей — их купола видны с Соборной площади, с запада — церковь Рождества Богородицы, одинокую главку которой можно заметить от Оружейной палаты. Фасады Теремного дворца открываются только из обращенных во внутренний двор окон Большого Кремлевского дворца или от Дворца съездов. И несомненно, самые существенные изменения в положении и внешнем виде Теремов произошли в связи со строительством в XIX в. Большого Кремлевского дворца.
С южной стороны Теремов к ним примыкала простиравшаяся до Грановитой палаты Боярская площадка — ее занял Владимирский зал. С середины Боярской площадки шла лестница на Верхоспасскую площадку, иначе — Переднее Золотое крыльцо, перекрытое в 1670 г. Золотой решеткой. Согласно преданию, решетка эта сделана из медных денег, изъятых из обращения после Медного бунта. В действительности же она выкована из железа, расписана и вызолочена. Переднее крыльцо было перекрыто потолком и вошло в состав внутренних дворцовых помещений.