Многие части ансамбля Теремного дворца имеют свою самостоятельную историю, но едва ли не самой сложной оказалась история церкви Рождества Богородицы — одной из древнейших построек Кремля и Москвы. В XIV в., как уже говорилось, место это занимала деревянная церковь Лазаря. Деревянный храм в 1393 г. уступил место белокаменному, переименованному во имя Рождества Богородицы, роспись которого, по свидетельству летописи, была поручена Феофану Греку «с товарищи». Однако новому зданию не посчастливилось. В конце XV в. церковь сгорела, а спустя несколько лет рухнули ее своды.
В 1514 г. Алевиз Фрязин получил распоряжение князя заняться перестройкой. Архитектор превратил белокаменную часть в подклет, с тем чтобы на уровне жилых помещений дворца вывести новый храм из кирпича. Эта часть была целиком перестроена в 1680-х гг. В ходе строительства Большого Кремлевского дворца в XIX в. замурованный подклет обнаружили и в переоборудованном его интерьере открыли, или, точнее, возобновили церковь Лазаря. В советские годы реставраторам удалось восстановить ныне существующие фрагменты белокаменной части: стены, круглые окна, двери с характерными перспективными порталами.
Группа домовых церквей восточной части Теремного дворца включает четыре церкви — Распятскую, Воскресения Словущего, Екатерины и Верхоспасский собор, иначе Спас «что наверху» или Спас «за Золотой решеткой». В 1635—1636 гг. строители Теремного дворца Б. Огурцов, Т. Шарутин, А. Константинов и Л. Ушаков одновременно с дворцом возводят Верхоспасский собор с приделом Иоанна Белогородского, точнее — надстраивают его над Золотой Царицыной палатой, на уровне Переднего каменного двора. Собор предназначался стать домовой церковью мужской части царской семьи. В 1663 г. Никита Шарутин пристроил к нему трапезную. В соборе сохранились фрагменты росписей 1670 г., две круглые муравленые печи конца XVII в. Резной иконостас с его закрытой на два яруса чеканным серебряным окладом средней частью относится ко второй половине XVIII в. Из находящихся в церкви икон особенно интересны работы царских жалованных иконописцев Леонтия Степанова и Сергея Костромитина (местная икона «Спас Нерукотворный с житийными клеймами») и Федора Зубова («Лонгин сотник» и «Федор Стратилат»).
Выстроенная английским зодчим Джоном Талером церковь Екатерины служила домовой церковью для женской половины царской семьи. В конце XVII в. она оказалась со всех сторон застроенной, а в середине XIX столетия был полностью переделан ее интерьер.
В 1680—1681 гг. над обеими этими церквами сооружаются церкви второго яруса: над приделом Иоанна Белогородского — церковь Воскресения Словущего, над церковью Екатерины — Распятская. Первая сохранила от XVII в. резной деревянный иконостас, резное ограждение хоров, от XVI в. — резную же липовую дверь, ведущую с хоров в Распятскую церковь. Висящая в ней серебряная люстра с часами — подарок шведского короля Карла XI царю Алексею Михайловичу.
Небольшая и скромная по отделке Распятская церковь вместе с примыкающей к ней темной молельней, где установлено резное распятие 1687 г., имеет единственный в своем роде ансамбль «тафтяных картин». Они выполнены в аппликативной технике (художник писал только лицо и руки, фон и одежды выклеивались из разных тканей) Иваном Безминым, Богданом Салтановым и Василием Познанским. В ансамбль входили помещенный за резным большим Распятием Деисус и фланкирующие его в виде двух самостоятельных композиций фигуры Богоматери и Иоанна Богослова, кроме того, на северной стене — «Положение во гроб» и «Вознесение», на южной — «Страшный суд», «Вознесение» и Богоматерь.
«Смотрительная башенка» Теремного дворца
«Опочивальня» Теремного дворца
С дворцовым ансамблем непосредственно был связан и Потешный дворец. Расположенный у кремлевской стены, между Троицкой, Комендантской и Конюшенной башнями, в первоначальном своем виде он представлял собой жилые каменные боярские палаты. Его владельцем, начиная с 1651 г., был отец первой жены царя Алексея Михайловича, родной дед царевны Софьи, И.Д. Милославский. С его смертью палаты отошли в казну, а в 70-х гг. того же века стали использоваться для всяческого рода придворных музыкальных и театральных увеселений — «потех», чем и объясняется его название. Старший брат Петра I, Федор Алексеевич, в 1679 г. значительно расширяет дворец, пристраивая к нему жилые хоромы для царевен-сестер, соединявшиеся с дворцом перекинутым через улицу переходом.