Новые хоромы были особенно примечательны богатейшими стенными росписями. В работе над ними участвовало 47 живописцев и живописных учеников под руководством И.Б. Салтанова. Для каждого помещения характер и содержание росписи определялись вкусами владельца. Но всегда это сюжетные многофигурные сцены, дополнявшиеся в виде обрамления орнаментальными мотивами. Такие же сюжеты использовались для живописи на потолке — «подволок».
В одной из комнат царевны Софьи композиция росписи стен была, например, такой: «На восточной стране от северной страны царь Давыд. На другой стороне царь Соломон. В том же окне на своде образ пресвятые Богородицы, а ниже того образа херувим. На другом окне на одной стороне царь Константин, в другой стороне великий князь Володимер. В том же окне на своде образ Знамения пресвятые Богородицы, а ниже того херувим. Меж окон как жила Богородица во церкви Соломонове. Над дверьми шпренги и со стороны дверей столбцы росписаны по золоту». У другой царевны на стенах были представлены все царствовавшие и царствующие члены ее семьи вплоть до маленького Петра и царевны Софьи.
Собственно в Потешном дворце помещалась церковь с алтарем на выносных, нависающих над улицей арках византийского типа. Над трапезной церкви была возведена кубообразная звонница на четырех пилонах, сохранившаяся и поныне. В 1806 г. дворец подвергся коренной перестройке по проекту И.В. Еготова, переделавшего его под дом коменданта города. Вместе с упразднением церкви были сняты выведенные на крышу главки, а дворец получил псевдоготический декор фасада.
При следующей перестройке в 1874—1875 гг. по проекту архитектора Н.А. Шохина готический декор исчез, но оказались разобранными и великолепные Львиные ворота, находившиеся при въезде в парадный двор, — с тремя висячими арками и подвешенными к ним резными белокаменными масками львов. Н.А. Шохин предложил новый стилизованный декор в духе русского XVII в. — покрытый мелкой декоративной резьбой портал главного входа и разработанные таким же образом наличники окон.
В настоящее время о первоначальном виде дворца можно судить по северному и южному фасадам, причем со стороны последнего сохранилось парадное крыльцо с рундуком на кувшинообразных колонках, ведшее непосредственно на второй этаж, галерея-балкон и резные оконные наличники.
Возникший в результате достроек ансамбль дворцовых церквей привел к изменению и фасадной части Теремного дворца. В 1681 г. церкви были подведены под одну крышу. С восточной стороны Верхоспасского собора выводится на широких пилонах арка и закрытая галерея, по которой мог совершаться крестный ход. Каменных дел подмастерье Осип Старцев проектирует единый карниз с майоликовым фризом. На крыше устанавливается 11 глав, барабаны которых также обильно украшаются цветной майоликой. Рисунки для фриза, украшений барабанов и прорези редких по красоте ажурных крестов глав принадлежали известному резчику старцу Ипполиту. До этого он работал на строительстве монастыря в Новом Иерусалиме, задуманном некогда патриархом Никоном как патриаршая резиденция.
Отношение власти княжеской к власти церковной в различные периоды московской истории складывалось по-разному, и это неизменно находило отражение в строительстве на Кремлевском холме. Для Ивана Калиты особое значение имело то, что митрополит — олицетворение церковной власти на русских землях — решает обосноваться в Москве. Поэтому митрополиты получают для своего двора почетное место у северо-западного угла Успенского собора. В 1354 г. на митрополичьем престоле оказывается и вовсе москвич — Алексей. В 1448 г. Москва полностью обособилась от византийской церкви, и митрополит Иона стал ставленником собора русских епископов. Это событие большого политического значения отмечается сооружением в 1450 г. первых каменных митрополичьих палат. В 1626 г. митрополичьи палаты сгорели. Каждый очередной патриарх возводит на их месте собственные покои, разбирая до основания покои предшественника. Наконец, огромное строительство развертывает Никон. В течение 1653—1656 гг. сооружается занявший часть территории дворца Бориса Годунова Патриарший дом. Его строителями были Давыд Охлебинин, Антипа Константинов, А. Макеев.
Огромный белокаменный куб словно замыкает перспективу Соборной площади. Жилые покои переходят в слитую с ними пятиглавую церковь Двенадцати апостолов, поднятую могучими арками над проездами в былой внутренний служебный двор. Здесь патриархи отправляли повседневную церковную службу все дни, кроме праздников. Внутри дворец состоит из палат и келий, связанных между собой, согласно принятому в древнерусском зодчестве принципу, сенями и внутристенными переходами. Традиционным было и распределение этажей: на первом — служебные помещения, на втором — парадные покои и церковь, на третьем — личные покои патриарха и его маленькая, собственно домовая церковь— Апостола Филиппа.