Почти одинаковой высоты с Успенским собором, увенчанная таким же, как собор, пятиглавием, церковь Двенадцати апостолов (первоначально она была посвящена памяти одного апостола — Филиппа) вызвала сильнейшие нарекания на гордыню Никона и его нескрываемое желание поставить свою власть выше власти царской, за что ему и пришлось в конце концов поплатиться потерей патриаршего престола. Южный, обращенный к Соборной площади фасад церкви решается по аналогии с примыкающим к нему фасадом собственно Патриарших палат. Аркатурный поясок на тонких колонках делит стену на этажи. Северный, в прошлом дворовый, фасад расчленен по высоте простыми тягами. Внутренние стены здания отмечены вертикальными рустованными лопатками. Окна обработаны характерными для XVII в. кокошниками. Советские реставраторы восстановили в их первоначальном виде северное крыльцо и проемы окон.
В 1680—1681 гг. в церкви Двенадцати апостолов были произведены значительные переделки — настлан пол из «угольчатого» муравленого кирпича, поновлена роспись стен, установлен резной иконостас (находящийся в настоящее время в церкви иконостас перенесен сюда из собора кремлевского, ныне снесенного Воскресенского монастыря). В 1691 г. над третьим этажом палат возводится Петровская палата, а между ней и закомарами закладывается характерный для кремлевского обихода тех лет «верховой» сад, уничтоженный впоследствии пожаром.
В настоящем своем виде покои Патриарших палат могут дать лишь самое общее представление о характере жилых помещений XVII в., отличавшихся, по свидетельству современников, исключительной роскошью. Павел Алеппский оставил описание новоселья здесь Никона, на котором присутствовали и царь Алексей Михайлович, и антиохийский патриарх Макарий: «Зал [Крестовая палата] поражает своей необыкновенной величиной, длиной и шириной; особенно удивителен ее обширный свод без подпор посередине. По периметру палаты сделаны ступеньки, и пол в ней вышел наподобие бассейна, которому недостает только воды. Она выстлана чудесными разноцветными изразцами. Огромные окна ее выходят на собор, в них вставлены оконницы из чудесной слюды, убранной разными цветами, как будто настоящими... Словом, это здание поражает ум удивлением, так что может быть нет подобного ему в царском дворце...»
Остальные, сравнительно небольшие по размерам покои были обставлены мебелью общеевропейского образца, отдельные предметы которой вошли в нынешнюю музейную экспозицию. Но несомненно, наибольший интерес представляла именно Крестовая палата, предназначавшаяся, подобно Грановитой, для торжественных церемоний, приемов высоких гостей, церковных соборов.
Обращенный к Успенскому собору фасад Крестовой палаты еще носит следы громадного портала, некогда оформлявшего один из ее входов — парадной лестницы, выходившей на резное белокаменное крыльцо. Толщина стен достигает 2,35 метра. Вытянутая в плане (14x20 метров), Крестовая палата перекрыта сомкнутым сводом с распалубками.
Высокая и просторная, палата казалась особенно нарядной из-за многокрасочных расписанных слюдяных окон. «Расписанные красками по слюде окончины» — своеобразная интерпретация западноевропейских витражей и живописи на стекле — пользовались в Москве второй половины XVII в. особенным успехом. Роспись по слюде и стеклу сочеталась с использованием цветных стекол, вставлявшихся в различных комбинациях в окна и в специальные наборные потолки. И.Б. Салтанов расписывал, например, оконницы в хоромах маленького царевича Петра. Отапливалось громадное помещение палаты горячим воздухом, подававшимся из размещенных в подклетном этаже печей, — система, сохраняющаяся и в первых московских публичных театрах: рассчитанной на 400 мест Комедийной хоромине (1701—1702) и даже в выстроенном В. Растрелли театре на Красной площади у Никольских ворот на 3 тысячи мест (1731— 1732).
После смерти в 1701 г. патриарха Адриана Петр I не дал согласия на поставление нового патриарха. В 1721 г. последовал указ об учреждении Синода, в ведение которого и поступает Патриарший кремлевский дворец. В течение XVIII—XIX вв. здание неоднократно перестраивается в соответствии с потребностями работавшего в нем Синодального управления. В 1763 г. в Крестовой палате устанавливается печь для варения необходимого при совершении наиболее важных церковных обрядов благовонного масла — миро. Над печью сооружается деревянная резная сень, а самая палата получает название Мироваренная. В этом своем виде Крестовая палата и дошла до наших дней.