Царский двор глаз с вдовой боярыни не спускал и вмешался сначала стороной: не успел Аввакум проделать путь из Сибири до столицы, как к концу лета 1664 г. был снова сослан — на Мезень. Ни покровительство, ни заступничество Федосьи не помогли. Надо бы боярыне испугаться, притихнуть. А она, наученная неистовым протопопом, пришла в ярость, начала сама, не скрываясь, проповедовать, мутила сестру, забрала в руки сына. Теперь уже к ней приступили с увещеванием, постарались приунять, утихомирить. И увещевателей нашли достойных ее сана, ее гордыни. Разговор с Федосьей Прокопьевной повели архимандрит Чудова монастыря в Кремле Иоаким и митрополит Петр Ключарь. Кто знает, как долго говорили с отступницей, только, видно, ничего добиться не смогли. За упорство к концу 1664 г. отняли — «отписали» у боярыни половину богатейших ее имений, но выдержать характер царю не удалось. Среди милостей, которыми была осыпана царица Марья Ильична по поводу рождения младшего сына, Иоанна Алексеевича (будущего соправителя Петра I), попросила она сама еще об одной — помиловать Федосью. Иоанн Алексеевич родился в августе, а 1 октября 1666 г. были направлены все бумаги на возврат Федосье Прокопьевне морозовских владений.
И снова поостеречься бы ей, не перетягивать струны, уйти с царских глаз. Но то, что очевидно для многих царедворцев, непонятно Федосье. Для нее нечаянная, вымоленная царицей милость — победа, и она хочет ее испытать до конца. Все в ее жизни возвращается к старому: странники на дворе, беглые попы, нераскаявшиеся раскольники. Федосья торжествует, не замечая, как меняются обстоятельства и время. Уходят из жизни последние ее покровители: в сентябре 1667 г. невестка — Анна Ильична Морозова-Милославская, в первых днях марта 1669 г. — сама царица. И надо же: богобоязненная, благочестивейшая, в мыслях своих не согрешившая против власти церкви, против разгула никонианской грозы, царица Марья Ильична не видела греха в «заблуждениях» Федосьи Морозовой. Ведь и сам царь Алексей Михайлович знакомился с Аввакумом, привечал его и на первых порах не прочь был обойтись с неистовым протопопом очень уважительно, лишь бы не посягал на каноны слитой с государством церкви.
Отбыв все испытания сибирской ссылки, Аввакум напишет о возвращении в Москву в своем «Житии». «Также к Москве приехал и, яко ангела Божия, прияша мя государь и бояря, — все мне ради (рады)... Государь меня тотчас к руки поставить велел и слова милостивые говорил: «Здорово ли-де, протопоп, живешь еще-де видатца Бог велел». И я оборотив руку ево поцеловал и пожал, а сам говорю: «Жив Господь, жива душа моя, царь-государь, а впредь что изволит Бог». Он же, миленький, вздохнул и пошел, куда надобе ему... Давали мне место, где бы я захотел, и в духовники звали, чтобы я с ними соединился в вере; аз (я) же вся сии яко уметы (грязь) вменил...»
Мог Аввакум и приукрасить, мог — и хотел — покрасоваться, но правда в его рассказах была. Ему отказ стоил ссылки на Мезень. Час Федосьи Морозовой наступил позже. И не стал ли главной ее виной гордый отказ пойти на свадьбу царя с новой женой — Натальей Кирилловной Нарышкиной?
Для Федосьи 2 года не срок, чтобы забыть царю о покойной царице Марье Ильичне. Против нового брака были все: и царские дети — родила Марья Ильична 13 дочерей и сыновей, и заполнившие дворец Милославские. Появление новой царицы означало появление новых родственников, новую раздачу мест и выгод. А решилась пренебречь царской волей одна Федосья Прокопьевна. Когда царский посланец приходит приглашать боярыню Морозову на царскую свадьбу, Федосья решается на неслыханный поступок — отказывается наотрез от приглашения и плюет на сапог гонца. Чаша терпения Алексея Михайловича была переполнена. Расчеты государственные перехлестнулись с делами личными. В ночь на 16 ноября того же 1671 г. строптивая боярыня навсегда простилась со свободой.
После прихода чудовского архимандрита Иоакима Морозову вместе с находившейся у нее в гостях сестрой, княгиней Урусовой, заключают в подклете морозовского дома. Федосья отказывается подчиниться приказу, и слугам приходится снести боярыню в назначенное архимандритом место на кресле. Это будет ее первая тюрьма.
Но, даже сделав первый шаг, Алексей Михайлович не сразу решается на следующий. Может, и не знает, каким этому шагу быть. Два дня колебаний, и митрополит Павел получает приказ допросить упрямую раскольницу. Допрос должен происходить в Чудовом монастыре. Но Федосья снова отказывается сделать хотя бы шаг по своей воле. Если она понадобилась тем, в чьих руках сила, пусть насильно несут ее куда хотят. И вот от морозовского двора по Тверской направляется в Кремль невиданная процессия: Федосью несут на сукне, рядом идет сестра Евдокия — только в тот единственный раз были они в дороге вместе.