Цари искали в Чудовом монастыре духовной опоры. Архимандрит Иоаким сумел такой опорой для Алексея Михайловича стать. Первые три года его правления обителью еще продолжается война с Польшей, только в 1667 г. приведшая к заключению Андрусовского мира. Кому как не былому рейтару было знать и ее неизбежность, и ее тяготы. В том же году заявляет о себе Степан Разин, а Алексей Михайлович наконец решается на строительство русского флота, первые суда которого закладываются на верфях в Дединове.
Вместе с перипетиями Андрусовского мира Алексей Михайлович проходит одно из самых тяжелых в его жизни испытаний — состоявшийся в 1666 г. окончательный суд над бывшим патриархом Никоном. Для царя это не просто вопрос отношений государства и церкви, — это еще и очень глубокая личная привязанность, восхищение личностью человека, годами остававшегося его другом и советником.
Когда в апреле 1652 г. не стало патриарха Иосифа, Алексей Михайлович не видел на патриаршьем столе никого другого, как Никона, посланного в это время в Соловки для перенесения мощей митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря в Москву. Конечно, могли воспротивиться церковники. Чтобы этого не случилось, мягкий и, на первый взгляд, постоянно колеблющийся царь берет инициативу в свои руки. Девятого июля празднуется торжество перенесения мощей, а спустя две недели Никон буквально назначается на патриарший стол «без жеребья». На глазах всего народа ему кланяются в ноги с просьбой принять власть Алексей Михайлович и все бояре. А Никон не соглашается и требует от царя собственноручной записи «еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять». Алексею Михайловичу остается согласиться, что отныне он не будет больше заниматься делами церкви и духовенства. Еще через три недели царь подносит новопоставленному патриарху на золотой мисе золотую корону-митру вместо обычной для того времени патриаршьей шапки, опушенной горностаем, и присоединяет к его кремлевским владениям огромный Царь-Борисов двор. С 1654 до 1658 гг., находясь постоянно в походах, Алексей Михайлович оставляет на попечении Никона и город Москву, и собственную семью.
Но все это в прошлом. Через шесть лет после своего такого необычного и пышного избрания Никон отказывается от сана, не добившись так манившего его слепого послушания царя. А в 1666 г. Иоаким оказывается рядом с царем, когда принимается решение лишить Никона сана и заточить в Белозерский Ферапонтов монастырь. Да и мало ли в эти годы непростых для Алексея Михайловича обстоятельств!
В 1669 г. не стало царицы Марьи Ильиничны Милославской, а в следующем объявленного народу наследника царевича Алексея Алексеевича — повод для нового появления Степана Разина, выдававшего себя за покойного. Здесь и увлечение красавицей Натальей Нарышкиной, и осужденная многими царская свадьба с новой царицей. Иоаким оказался в числе тех, кто спокойно принял развитие событий. Больше того. Он поставляется в митрополиты Новгородские при поддержке царя, а спустя каких-нибудь два года и в патриархи. 26 июля 1674 г. стало звездным часом Ивана Большого Петровича Савелова. Отныне для истории существовал только кир-Иоаким.
Гражданские историки не находили в девятом патриархе никаких сколько-нибудь примечательных качеств: один из многих и, само собой разумеется, ни в чем не сравнимый с колоритной фигурой властного, тщеславного, не знавшего компромиссов Никона. Та же формула использована и авторами отличавшегося достаточной объективностью энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона. Но как, по поговорке, успех говорящего зависит от уха слушающего, так и образ исторического деятеля оказывается в прямой зависимости от внутренней позиции и угла зрения исследователя.
Формально у шестого и девятого патриархов мало общего. Ни в происхождении — Никон из крестьянской семьи, Савелов из дворян, ни в характере прихода к власти. Но уже в своей новгородской епархии Иоаким наводит особый порядок. Он устанавливает единообразную и совершенно определенную церковную дань, сбор которой поручает исключительно церковным старостам. Посылавшиеся обычно из митрополичьего приказа для этой цели светские чиновники допускали, по его мнению, слишком большие и частые злоупотребления. Есть здесь и другая не сформулированная в словах сторона: начать избавляться от участия в церковных делах светских лиц.