Генерал Али Реза Асгари, бывший заместитель министра обороны Ирана, исчез в феврале 2007 года во время путешествия в Стамбул. Он был глубоко вовлечен в ядерный проект. Иранские секретные службы безуспешно искали его по всему миру. Почти четыре года спустя, в январе 2011 года, министр обороны Ирана Али Акбар Салехи обратился к Генеральному секретарю ООН и обвинил Моссад, что он похитил министра и держит его в заключении в Израиле.
Но, по информации лондонской Sunday Telegraph, Асгари бежал на Запад; Моссад спланировал его побег и обеспечил ему защиту в Турции. Другие источники утверждают, что позже он был опрошен ЦРУ и предоставил ему ценную информацию о ядерной программе Ирана.
Спустя месяц после исчезновения Асгари, в марте 2007 года, пропал еще один старший иранский офицер. Амир Ширази служил в «Аль-Кудс», элитном соединении КСИРа, занимающемся секретными операциями за пределами Ирана. Иранский источник сообщил лондонской Times, что, помимо исчезновения Асгари и Ширази, пропал еще один высокопоставленный офицер: командир КСИРа в Персидском заливе Мохаммед Солтани.
В июле 2009 года ученый-ядерщик Шахрам Амири, работавший в Куме, исчез в Саудовской Аравии во время паломничества в Мекку. Иранцы потребовали от саудитов выяснить, что с ним произошло. Амири объявился несколькими месяцами позже в Соединенных Штатах, он был всесторонне опрошен, получил 5 миллионов долларов, новые документы и дом в Аризоне. Источники в ЦРУ раскрыли, что он был информатором западных спецслужб на протяжении многих лет и снабжал их «уникальными и очень важными» разведданными. Амири сообщил, что Технологический университет Малек-Аштар, где он преподавал, служил академическим прикрытием для исследовательского подразделения, разрабатывающего боеголовки для иранских ракет дальнего радиуса действия. Руководителем этого университета был Фахризаде.
После года пребывания в Америке Амири передумал и решил вернуться в Иран. Вероятно, в новой жизненной ситуации он не мог справиться со стрессом. В снятом им видео, выложенном в интернете, он утверждал, что был похищен ЦРУ; через несколько часов он выложил еще одно видео, опровергающее первое, а затем снял третье видео, опровергающее второе. Он установил контакты с посольством Пакистана, представляющем иранские интересы в США, и попросил отправить его обратно в Иран. Пакистанцы помогли ему; в июле 2010 года Амири приземлился в Тегеране. Он выступил на пресс-конференции, обвинив ЦРУ в похищении и жестоком обращении с ним, — и исчез. Обозреватели обвиняли ЦРУ в провале, но представитель ЦРУ язвительно возразил: «Мы получили важную информацию, а иранцы получили Амири. Ну и чья сделка выгодней?»
Но иранцы были не лишены возможностей противодействовать Моссаду. В декабре 2004 года Иран арестовал десять подозреваемых в шпионаже в пользу Израиля и Соединенных Штатов; трое из них работали на ядерных объектах. В 2008 году иранцы объявили, что они ликвидировали еще одну ячейку Моссада: троих граждан Ирана, которых Моссад обучил пользоваться сложным коммуникационным оборудованием, оружием и взрывчаткой. В ноябре 2008 года был повешен Али Аштари, признанный виновным в шпионаже в пользу Израиля. В ходе судебного разбирательства он подтвердил, что встречался в Европе с тремя агентами Моссада, передавшими ему деньги и электронное оборудование. «Люди из Моссада хотели, чтобы я продал иранским спецслужбам маркированные партии компьютеров и электронного оборудования и установил подслушивающие устройства в средства связи, которые я продавал», — сообщил Аштари.
28 декабря 2010 года, в темном внутреннем дворике тюрьмы Эвин в Тегеране, иранские офицеры повесили еще одного шпиона, Али-Акбара Сиадата, признанного виновным в том, что работал на Моссад и снабжал его информацией о военных возможностях Ирана и ракетной программе, осуществляемой КСИРом. Предыдущие шесть лет Сиадат встречался с израильскими агентами в Турции, Таиланде и Нидерландах, получая от трех до семи тысяч долларов за каждую встречу. Иранские чиновники пообещали, что последуют дальнейшие аресты и казни.