Тем не менее почти половина присутствовавших на его похоронах были членами КСИРа. Гроб Мохаммади несли офицеры КСИРа. Последующие расследования в итоге подтвердили, что Мохаммади действительно был глубоко вовлечен в реализацию ядерных амбиций Ирана.
В январе 2007 года доктор Ардешир Хоссейнпур, по неподтвержденным данным, был убит агентами Моссада с помощью радиоактивного яда. Новости о его убийстве появились в лондонской Sunday Times со ссылкой на информацию расположенного в Техасе разведывательно-аналитического центра Stratfor. Иранские чиновники высмеяли это сообщение, заявив, что Моссад никогда не смог бы провести подобную операцию внутри Ирана и что «профессор Хоссейнпур задохнулся от дыма во время пожара в его доме». Они также настаивали, что 44-летний профессор был только известным специалистом в области электромагнитного поля и никоим образом не участвовал в иранской ядерной программе.
Но оказалось, что Хоссейнпур работал на секретном объекте в Исфахане, где необогащенный уран превращался в газ. Этот газ затем использовался для обогащения урана с помощью серии («каскадов») центрифуг на расположенном в городе Нетензе укрепленном подземном комплексе. В 2006 году Хоссейнпур получил высшую иранскую награду в области науки и техники; двумя годами позже удостоился высшего государственного отличия за достижения в области военных исследований.
Убийства иранских ученых-ядерщиков стали только одним из фронтов в гораздо более масштабной войне. Как сообщает лондонское издание Daily Telegraph, Моссад под руководством Дагана развернул ударные группы, состоявшие из двойных агентов, групп ликвидаторов, специалистов по диверсиям, подставных компаний, и использовал эти силы для проводившихся в течение многих лет тайных операций против иранской ядерной программы.
По словам директора аналитического отдела американской разведывательно-аналитической компании Stratfor Ревы Бхаллы, «тайные израильские операции, осуществлявшиеся при поддержке Соединенных Штатов, сконцентрировались на уничтожении основных человеческих ресурсов, используемых в ядерной программе, и на подрыве иранской системы поставок». Она отмечает, что Израиль использовал аналогичную тактику против Ирака в начале 1980-х, когда Моссад ликвидировал трех иракских ученых-ядерщиков, таким образом помешав завершению строительства ядерного реактора «Осирак», располагавшегося недалеко от Багдада.
Своей необъявленной войной против иранской ядерной программы Моссад под руководством Дагана успешно оттягивал создание иранской атомной бомбы на максимально возможный срок, тем самым предотвращая наиболее серьезную угрозу для существования Израиля со времен его создания — угрозу уничтожения со стороны Ахмадинежада.
Однако эти маленькие победы не могли исправить главный провал в истории Моссада — его неспособность раскрыть секретный ядерный проект Ирана в самом начале. Иран наращивал свою ядерную мощь в течение нескольких лет, а Израиль даже не подозревал об этом. Иран вкладывал в этот проект огромные суммы, нанимал ученых, строил секретные базы, проводил тщательно организованные испытания — а в Израиле об этом не имели никакого понятия. С того времени, как возглавляемый Хомейни Иран решил стать ядерной державой, он использовал обман, уловки и хитрости, которые сбивали с толку западные спецслужбы, в том числе и Моссад.
Иранский шах Реза Пехлеви начал строительство двух ядерных реакторов одновременно для мирных и военных целей. Этот проект, начатый в 1970-е, не вызвал никакой тревоги в Израиле; Израиль в это время был ближайшим союзником Ирана. В 1977 году генерал Эзер Вейцман, министр обороны Израиля, принимал в Министерстве обороны в Тель-Авиве генерала Хасана Туфаниана, руководившего модернизацией иранской армии — будучи союзником Ирана, Израиль поставлял ему современную военную технику. Согласно протоколу их конфиденциальной встречи, Вейцман предложил поставить Ирану новейшие ракеты класса «земля — земля». Сильное впечатление на Туфаниана произвели слова начальника Главного управления министерства, доктора Пинхаса Зусмана, который сказал, что израильские ракеты могут быть приспособлены для того, чтобы нести ядерные боеголовки. Прежде чем чиновники начали воплощать в жизнь свои планы, иранская революция радикально изменила ирано-израильские отношения. Революционное исламское правительство уничтожило сторонников шаха и разорвало отношения с Израилем. Тяжелобольной шах бежал из страны, оказавшейся под властью аятоллы Хомейни и верных ему мулл.