Иранцы были достаточно осторожны для того, чтобы не класть все яйца в одну корзину. Они рассредоточили объекты, связанные с ядерным проектом, по всей стране — военным базам, замаскированным лабораториям и удаленным объектам инфраструктуры. Некоторые из них были построены глубоко под землей и окружены батареями ракет класса «земля — воздух». Один завод находился в Исфахане, другой в Араке; наиболее важный — по производству центрифуг — был размещен в Нетензе и четвертый центр — в священном городе Кум. При малейшем намеке на то, что местоположение какого-либо из этих объектов может быть раскрыто, иранцы могли переместить производственные мощности, связанные с ядерным проектом, в другое место, удалив слои почвы, которая могла быть облучена радиоактивными веществами. Они также искусно сбивали с толку и вводили в заблуждение инспекторов Международного агентства по атомной энергии. Его председатель, египтянин Мохаммед эль-Барадеи, вел себя так, будто верил каждому утверждению иранцев, и публиковал благодушные отчеты, которые дали Ирану возможность продолжать реализацию своего смертоносного плана.
1 июня 1998 года американские власти впервые смогли оценить истинные масштабы работы иранцев. Пакистанский перебежчик оказался в Нью-Йорке перед следователями ФБР, попросив политического убежища. Он представился как доктор Ифтихар Хан Чоудри и раскрыл истинные масштабы секретного сотрудничества между Ираном и Пакистаном. Он рассказал о деятельности доктора Хана, описал встречи, в которых тот принимал участие, и перечислил пакистанских экспертов, которые участвовали в иранских проектах.
Факты и цифры, засвидетельствованные в показаниях Чоудри, были проверены ФБР и признаны соответствующими действительности. ФБР, разумеется, рекомендовало разрешить Чоудри остаться в США в качестве политического беженца, однако его поразительным сообщениям не было уделено достаточного внимания. Возможно, по чистой небрежности американские высокопоставленные должностные лица погребли стенограммы показаний Чоудри в своих архивах, не инициировали никаких действий и не предупредили Израиль. Должно было пройти еще четыре года, чтобы правда об иранской ядерной программе вышла на свет.
В августе 2002 года иранская подпольная оппозиционная организация «Моджахедин-э-Халк» (МЭХ) сообщила мировым СМИ о существовании двух ядерных объектов в Араке и Нетензе. В последующие годы МЭХ продолжала раскрывать новые факты об иранской ядерной программе, это заставляло подозревать, что информация поступает из внешних источников. ЦРУ все еще было настроено скептически и предполагало, что израильтяне и британцы пытаются вовлечь Соединенные Штаты в опасные операции. В частности, ЦРУ, похоже, полагало, что Моссад и МИ-6 снабжали МЭХ разведданными, полученными от иранской оппозиции, полагаясь на нее как на достоверный источник. Согласно израильским источникам, огромный комплекс центрифуг в Нетензе, расположенный в глубине пустыни, на самом деле обнаружил один бдительный офицер Моссада. В том же 2002 году иранское подполье передало ЦРУ ноутбук с отсканированными документами. Иранские оппозиционеры не сообщили, как заполучили этот ноутбук; скептически настроенные американцы подозревали, что документы только недавно были загружены в компьютер; они обвинили Моссад в том, что тот добавил к ним информацию, полученную из собственных источников — и затем передал ее лидерам МЭХ для того, чтобы те сообщили ее на Запад.
Но тем временем на столах американцев и европейцев собирались и другие свидетельства, которые в конце концов должны были открыть им глаза. Слухи о прибыльной и смертоносной торговле доктора Хана распространились по всему миру. В конце концов 4 февраля 2004 года чуть не плачущий доктор Хан появился на пакистанском телевидении и признался, что действительно продавал ноу-хау, специализированную информацию и центрифуги Ливии, Северной Корее и Ирану, заработав на этом миллионы. Пакистанское правительство поспешило даровать полное помилование «Доктору Смерть», «отцу» своей атомной бомбы.
Теперь Израиль стал основным источником информации об Иране. Меир Даган и возглавляемый им Моссад снабжали американскую разведку свежими данными о секретном производственном комплексе, построенном иранцами в Куме; по неподтвержденной информации, Израиль также был вовлечен в организацию побегов нескольких старших офицеров из состава КСИРа и участников ядерного проекта; Моссад предоставил нескольким странам актуальные факты, побудив их задержать в своих портах суда, перевозящие в Иран ядерное оборудование. Простого получения таких разведданных для Израиля было бы недостаточно. В то время как иранские фанатики открыто угрожали Израилю уничтожением, весь остальной мир категорически отказывался от любых энергичных действий. У Израиля не оставалось иного выбора, кроме как начать тотальную тайную войну против иранской ядерной программы.