Это вызвало новую волну антисемитских настроений. В Египте, как и повсюду, уже шли разговоры о войне, которая задушила бы еврейское государство в зародыше. Среди населения участились случаи бесчинств по отношению к евреям. В Университете короля Фарука студенты и профессора открыто выступали с антисемитскими заявлениями.
Друзья советовали Эли подумать о своей безопасности и держаться в стороне. Он возражал: «Я такой же египтянин, как и другие. Я выходил на демонстрации против англичан». Эли не понимал, как это его соотечественники могли набрасываться на него. Был случай, когда друзья силой удержали Эли от стычки с группой студентов-мусульман, которые готовы были растерзать его. В другой раз Когену не повезло: его избили члены организации «Братья-мусульмане». Эта религиозная и националистическая группа активно призывала к применению насилия против евреев.
Но несмотря на все это, Эли оставался тем же патриотом-египтянином, каким был всегда. Летом 1947 года он попытался доказать свой патриотизм властям очень необычным способом.
В то время в Египте была введена, по крайней мере юридически, обязательная военная служба для всех молодых людей страны. Обычно если еврея призывали на службу, он пытался откупиться. Многие чиновники стремились собрать на призывные пункты как можно больше молодых евреев, так как были уверены в получении взятки. Но и в этом случае Эли поступил по-своему, попросив власти зачислить его добровольцем.
Его поступок внес большое смятение в ряды военных: где это слыхано, чтобы еврей вызвался добровольно служить в армии? Кончилось все тем, что ему отказали, так как его лояльность внушала подозрение.
Эли продолжал работать в туристическом агентстве «Грунберг», помогая сотням евреев выезжать из Египта. Сам он уезжать не собирался.
Коген остался в Египте и вел активную жизнь, насколько это было возможно для еврея. Он продолжал занятия в университете, правда, под угрозой физической расправы вынужден был заниматься дома. Весной 1948 года он и несколько других студентов-евреев сдавали экзамен в отдельной аудитории под охраной вооруженных полицейских. Эли получил самые высокие оценки в своей группе.
14 мая 1948 г., когда в музее Тель-Авива Давид Бен-Гурион стоя провозгласил создание независимого Государства Израиль, объединенные арабские армии начали обещанную войну против только что родившегося государства.
В Египте евреи подверглись новым испытаниям: многие были арестованы без всяких причин, их собственность конфисковывалась, вводились специальные налоги. Евреям стало почти невозможно устроиться на работу. Эли был вынужден оставить университет.
Евреев открыто убивали и грабили на улицах, а власти делали вид, что ничего не происходит. Более того, они требовали от еврейских общин доказательств их лояльности к Египту в виде добровольных пожертвований крупных сумм в военные фонды страны. Между тем преданность евреев Египту во многих случаях была гораздо выше, чем Израилю.
Война закончилась победой израильтян. Переговоры о перемирии начались в январе 1949 года, а к июлю наконец было подписано соглашение.
Однако, по иронии судьбы, победа Израиля принесла новые неприятности евреям в Египте. Египет первым подписал соглашение о перемирии, и Израиль разрешил ему вывести свои войска (в составе которых находился молодой офицер Абдель Насер). Тяжело переживая унижение, египтяне начали новую кампанию против еврейского населения. Десятки евреев были убиты, а их дома разграблены, что, в свою очередь, увеличило эмиграцию.
В 1950 году семья Эли выехала в Палестину. Он сам разработал план переезда и достал необходимые документы. Отказавшись выехать с семьей, Эли пообещал сделать это позже.
Однако Эли не увидел своих близких еще целых шесть лет.
Преодолев сопротивление и враждебность университетских властей, Эли вновь поступил в Университет короля Фарука с твердым намерением завершить обучение. Студентом он пробыл недолго: его исключили на сей раз окончательно, и он перебивался случайными заработками, посвятив себя целиком оказанию помощи своим соотечественникам-евреям в выезде в Палестину.
Из 300 тысяч евреев, живших в Египте к началу войны 1948 года, к 1951 году осталось менее одной трети.
В том же году в Египет приехал еще один крупный израильский агент для руководства шпионской деятельностью и эмиграцией евреев. Этим агентом был Абрам Дар, работавший под именем Джона Дарлинга. Одной из основных задач Дара являлась вербовка молодых египетских евреев для выполнения шпионской работы.
Эли Коген, естественно, стал одним из первых завербованных. Другим была двадцатичетырехлетняя спортсменка Марсель Ниньо. Она дружила со многими египетскими армейскими офицерами, с которыми встречалась на приемах, устраиваемых ее высокопоставленными и богатыми друзьями. Марсель и Абрам Дар стали любовниками, и она помогала ему в поисках кандидатов на вербовку.
Пятеро из завербованных, включая Эли Когена, были посланы в Израиль для прохождения интенсивного курса по основам разведывательной работы и диверсионной деятельности. Они обучались там три месяца, общаясь только со своими инструкторами, а затем были направлены обратно в Египет. Здесь они попали под командование опытного агента капитана Макса Беннета. Он родился в Кёльне и был очень похож на арийца. Он даже не подвергался обряду обрезания. Его родители перебрались в Палестину, когда ему не было еще и двадцати лет, но он сразу же вступил в ряды «Хаганы». Обучившись шпионскому ремеслу, Макс получил задание в Ираке, где некоторое время руководил операциями по эмиграции. Когда иракская контрразведка раскрыла его деятельность, он едва избежал смерти.
Затем Беннета направили в Египет под именем Эмиля Витбейна, торговца протезами конечностей. Он продал большое количество своего товара египетской армии и установил дружеские отношения со многими высокопоставленными офицерами, которые были тронуты его заботой о раненых ветеранах. Им и в голову не приходило, что их друг передавал все услышанное непосредственно в Моссад.
В силу ряда причин Беннету пришлось сменить работу и ко времени возвращения молодых египтян из центра подготовки в Израиле он работал консультантом египетского отделения компании «Форд мотор».
Вначале Беннет горько жаловался на то, что ему приходится посылать «любителей» на выполнение сложных и опасных заданий. Но эти любители работали хорошо. Поток информации в Моссад превзошел все ожидания, а в результате операции «Гошен» тысячи евреев переправились в Палестину.
Эли Коген прошел подготовку радиста разведгруппы и отлично выполнял свои обязанности. Он прекрасно работал на передатчике. Из Моссад часто шли благодарности ему и его товарищам по группе.
В это время в Египте происходили политические перемены, которые косвенно явились причиной краха их подпольной организации. В июле 1952 года генерал Мохаммед Нагиб возглавил переворот, который привел к свержению короля Фарука. В Египте было сформировано республиканское правительство. Почти сразу же новое правительство стало проводить антиизраильскую политику. Оно усилило блокаду Суэцкого канала для кораблей, идущих в Израиль или из него. Участились нападения террористов на население еврейского государства.
Одновременно развитие событий на международной арене стало вызывать тревогу у израильтян. После свержения генерала Нагиба подполковником Гамалем Абдель Насером зимой 1954 года отношения между американским и английским правительствами и Египтом стали улучшаться. Англичане дали согласие на вывод своих войск из зоны Суэцкого канала, что означало полную и безоговорочную блокаду израильского судоходства, и на оснащение египетских ВВС новыми самолетами. В Соединенных Штатах государственный секретарь Дж. Даллес склонял президента Эйзенхауэра к проведению проарабской политики.
Военную разведку Израиля возглавлял тогда полковник Бенджамин Гибли, который был одним из членов трибунала, судившего Меира Тобианского в 1948 году. Гибли был убежден, что развитие отношений между Египтом и странами Запада представляет смертельную опасность для Израиля. Он счел обычную дипломатию неэффективным средством для борьбы с этой угрозой и разработал свой собственный план прямых действий.