Не оставляли шведы без внимания и устье Невы. Еще в 1300 г., в ходе одного из военных столкновений Новгорода со Швецией, шведы поставили крепость Ландскрону на Охтинском мысе, при впадении реки Охты в Неву, в трех днях пути от ближайших новгородских крепостей Копорья, Ладоги и Корелы. В Новгородской летописи говорится: «придоша из замория свей в силе велице в Неву, приведоша из своей земли мастеры, из великого Рима от папы мастер приведоша нарочит, поставиша город над Невою на усть Охты рекы, и утвердиша твердостию несказанною, поставиша в нем порокы, похвалившеся оканьнии, нарекоша его Венець земли». Ландскрона, гарнизон которой состоял из 300 человек, почти вдвое крупнее Выборгской крепости, была окружена двумя рвами и имела восемь башен. Но просуществовала она совсем недолго и была сожжена 18 мая 1301 г. новгородскими войсками во главе с великим князем Андреем, сыном Александра Невского. Летописец сообщает: «град взят бысть, овых избиша и исекоша, а иных извязавше поведоша с города, а град запалиша и розгребоша». Тем и закончилась первая попытка шведов отрезать своих соперников, новгородцев, от побережья Балтийского моря.
Новгородцы не стали возводить свою крепость на месте поверженной Ландскроны, но там основали поселение, в начале XVI в. превратившееся в небольшой город Невское устье с церковью Михаила Архангела, пристанью, таможней и гостиным двором. По-видимому, Невское устье быстро стало бойким торговым местом, сюда прибывали корабли из Выборга, Ивангорода, Ладоги, Нарвы, Новгорода, Норчепинга, Ревеля и Стокгольма.
С началом Смутного времени шведы снова стали проявлять интерес к этой территории. Крепость назвали Нюенсканс, что в переводе со шведского означало «Невское укрепление», но позже в литературе закрепился немецкий вариант ее названия — Ниеншанц. Ее построили на том же месте, что и Ландскрону, в 1611 г. Во время Русско-шведской войны 1656–1661 гг. Ниеншанц был взят и разрушен русскими войсками. Однако после войны он и окружающие территории остались за Швецией. На правом берегу Охты под защитой крепости вырос город Ниенштадт, который в основном заселили выходцы из Финляндии. Постепенно его обнесли внешним кольцом укреплений — люнетами с батареями и рвами — от берега Невы и до берега Охты. Город и крепость соединял мост, переброшенный через Охту. Город и крепость просуществовали 85 лет.
Ниенштадт (город на Неве), или попросту Ниен, подчинялся Нотеборгу, но был гораздо крупнее и богаче его. В нем находилось более четырехсот податных дворов, ратуша, две лютеранские кирхи — для шведов и финнов, школа, и его населяли около 2000 человек: шведы, немцы, русские и финны. На берегу был оживленный порт, рядом располагалась торговая площадь.
За городской чертой находились госпиталь, кирпичные заводы и предприятия, связанные с судостроением. На противоположном берегу Невы, в районе современного Смольного монастыря, было русское и ижорское поселение — Спасское село с православной церковью. В XVII в. постройка моста через Неву была проектом, требующим технологий и ресурсов, недоступных для жителей Ниена, поэтому город и предместья сообщались с помощью паромной переправы.
Первая археологическая разведка в том месте, где стояли прежде город Ниен и крепость Ниеншанц проведена в 1992 г. При раскопках, проводившихся в начале XXI в. на Охтинском мысу в районе современной Красногвардейской площади обнаружили валы и рвы Ниеншанца, а при дальнейших исследованиях — укрепления Ландскроны. В 2000 г. здесь установлен гранитный памятный знак «Крепость Ниеншанц». Экспозицию, посвященную двум этим крепостям, можно увидеть в музее истории Санкт-Петербурга в Петропавловской крепости. В 2003 г. на Английской набережной, 6, открыли музей «Ландскрона, Невское устье, Ниеншанц».
Осенью 1702 г. Северная война была в самом разгаре, но в Лифляндии, Эстляндии и Ингерманландии наступило затишье. Карл XII считал, что покончил с русской армией под Нарвой и отправился громить войска союзника Петра — саксонского курфюрста и польского короля Августа II.
Воспользовавшись этой передышкой, Петр смог собрать новую армию и осадил Нотебург. Осада с непрерывным артиллерийским обстрелом длилась несколько дней, сам же штурм продолжался 13 часов и стоил жизни многим русским солдатам. В штурме отличилась Семеновский и Преображенский полки, князь Михаил Голицын и Александр Данилович Меншиков. Переправившись на лодках под огнем неприятеля, русские поднялись на стены крепости и захватили ее. Легенда гласит, что Петр, видя отчаянное положение штурмовавших, дал приказ об отступлении, но князь Голицын ответил вестовому: «Скажи Государю, что теперь я принадлежу не Петру, а Богу», — и приказал оттолкнуть лодки от берега, чтобы солдаты не помышляли о бегстве. Так или иначе, а Нотебург был взят и получил новое название — Шлиссельбург, т. е. Город-ключ, так как теперь последние «ворота» на пути к Ниену были открыты. После взятия русскими войсками Нотебурга шведское командование в октябре 1702 г. эвакуировало население Ниена, а город сожгли.