На экстренном заседании 12 апреля Исполком постановил: «В виду выраженного желания представителями от волостных совдепов, присутствовавших при вскрытии мощей… вскрытые мощи держать открытыми для обозрения граждан… гробницу закрыть стеклянной крышкой, которую опечатать». Очевидец вспоминает: «Вскрытие произвело колоссальное впечатление на сторонников православной религии. Архимандрит Кронид всенародно заявил, что таких результатов он не ожидал». Как отмечал в своем послании патриарх Тихон «…при вскрытии не было обнаружено никаких подделок… и как следовало ожидать, оскорбление мощей преподобного Сергия вызвало великий религиозный порыв, выразившийся в усиленном паломничестве к его целебоносной раке».
О ходе и результатах вскрытия мощей председатель Сергиевского Совдепа лично доложил председателю Совнаркома В.И. Ленину. Он «остался доволен результатами акции, отметив, что с юридической точки зрения, всё сделано правильно» и «выразил удовольствие, что при вскрытии не было затронуто религиозное чувство верующих, что и предотвратило всякого рода эксцессы». Этот опыт был положен в основу постановления Совнаркома от 14 августа 1919 г об организации вскрытия мощей, а через год (август 1920 г.) – о ликвидации мощей во всероссийском масштабе. К осени 1920 года по всей России были вскрыты 63 раки со святыми мощами.
Но монахи остаются в Лавре, их около 700 человек. С их подачи, по городу и окрестностям ползут слухи, создаются различные мифы: что, мол, преп. Сергий ушёл, что рака была пуста, что Сергий вообще превратился по своей святости в кости и т. д. Поэтому «Исполком, получив задание от партии (большевиков. – В. Б. ) ликвидировать монастырь, немедленно начал проводить директиву… в жизнь. Ночью на 1-е июля 1919 года в 9 часов вечера были мобилизованы все члены исполкома и члены партии, были разбиты на тройки. Каждой тройке дали конкретные задачи. С 9 часов вечера до 4-х часов утра у монахов был произведён внезапный обыск, при чем нашли массу денег, кредиток царских…. Все отбиралось, заносилось в протокол, копия давалась монаху, ему – же давались 2 пары белья, камилавка… и его выводили на двор, где курсанты под моим (С. Бакатина. – В. Б. ) руководством строили их в шеренгу». Свои воспоминания С. Бакатин заканчивал словами: «Пала одна из величайших твердынь религии. Падут и другие». Однако в этот раз «монахов, если и не совсем выжили, то всё же крепко сжали, оставив им на долю, возможность молиться…», вспоминает другой очевидец.
В ноябре 1919 года Сергиевский Совдеп вновь вернулся к вопросу о ликвидации Лавры как монастыря и об обыске в помещениях монахов. На основании принятого Совдепом постановления 162 монаха Лавры были переведены в гостиницу Черниговского скита, где был организован «концентрационный лагерь для принудительно заключенных» (термин тех лет. – В. Б. ), а Лавра закрыта. С протестом против произвола советской власти 12, 19 и 26 ноября на Красногорской площади у Лавры произошли массовые митинги жителей Сергиева. В ответ на это последовал приказ арестовать инициаторов протеста, активистов церковно-общественного движения. Все церкви и Троицкий собор, канцелярия Духовного собора и архив были опечатаны Комиссией по охране Лавры. Вход в неё разрешался только по пропускам, выданным Советом.
Окончательно Лавру закрыли 7 мая 1920 года. К окончанию Гражданской войны из 1254 монастырей, имевшихся на то время в России, 771 были закрыты. Но безбожников это не устраивало. Комиссар Электрошколы Томский М.П. (в последующем председатель ВЦСПС. – В. Б. ) в газете «Трудовая неделя» в феврале 1920 г. призывал «… уничтожать всё прошлое, где морочили голову несчастному народу сказками о рае на небе…» Участь притеснения, затем гонения, потом ссылки и заключения в лагеря, постигла и монахов Спасо-Вифанского монастыря (1783), Гефсиманского скита (1844) с пещерным Черниговским отделением (1847), Боголюбской Киновии (1852), пустыни Святого Духа Параклита (1860), подведомственных Лавре, и находившиеся от неё в непосредственной близости.
Важную роль в антирелигиозной пропаганде играли уездные газеты; «Плуг и Молот» – её активный участник. Она продолжила начатое богоборчество ещё ревкомовской «Трудовой неделей». Изменился лишь тон публикуемых антирелигиозных материалов. Раньше он был агрессивно-наступательным, теперь, в середине 20-х годов – обращён к рассудительности и расчётливости людей. Зачем праздновать церковные праздники, когда в поле разгар сельскохозяйственных работ; эти праздники всегда заканчиваются всеобщей пьянкой, мордобоем, часто пожарами, а иногда и убийством. Зачем платить служителям культа большие деньги, когда сами бедны, а налоги не уплачены. Не лучше ли на деньги, потраченные на церковь, купить так нужные в своем хозяйстве машины. Попы живут в хоромах, ничего полезного не делая, а вам, крестьянам, и собраться негде, чтобы обсудить насущные повседневные дела. Любые их негативные поступки газета тут же делала достоянием гласности, публикуя по этому поводу «разоблачительные» материалы, перенося их на всю Церковь. По Конституции 1918 г. священнослужители лишались права выборов. В нем они могли быть восстановлены, если публично попросят об этом, отказавшись от веры. Но, несмотря на всевозможные притеснения и запреты: собирать прихожан церковным звоном, появляться в рясе в общественных местах, брать деньги за проведение церковных обрядов, налог на имущество, как живущих на нетрудовые доходы, до 1926 г. такой возможностью воспользовались только трое: монах-портной Черниговского скита и два приходских священника.