В последующем предусматривалось, что важнейшие оборонные вопросы должны решаться Лойя Джиргой (Высшим Советом авторитетов). Но все эти органы существовали лишь формально и собирались периодически.
В действительности решения по наиболее важным военно-политическим вопросам принимались на Политическом бюро ЦК НДПА и на пленумах ЦК НДПА. Практически, повседневные вопросы руководства оборонными делами и вооруженными силами решались Ставкой Верховного Главного командования вооруженными силами Республики Афганистан. Председателем Ставки и Верховным Главнокомандующим вооруженными силами был Наджибулла.
В состав Ставки Верховного Главнокомандования, кроме председателя, входили: первый заместитель Мухаммед Рафи, министр обороны Шах Наваз Танай, министр внутренних дел Мухаммед Аслам Ватанджар, министр госбезопасности Гулям Фарук Якуби, секретарь ЦК НДПА, госсекретарь Мир Сахеб Карваль, начальнлк Генерального штаба Мухаммед Асаф Делавар, командующий обороны Кабула А. Лудин (в 1990 г. — генерал Азими), командующий ВВС и ПВО генерал Кадыр Ака, заведующий военным отделом ЦК НДПА Абдул Хак Олюми.
Кроме того, на заседания Ставки приглашались другие должностные лица, необходимые для обсуждения вопросов, выносимых на заседание Ставки.
С Советской стороны обычно присутствовали советник президента Верховного Главнокомандующего по военным вопросам, главный военный советник, работавший при Министерстве обороны, советники при МГБ и МВД.
На заседаниях Ставки обсуждались в основном текущие оперативные вопросы и периодически коренные проблемы военного строительства и боевого применения вооруженных сил. С тем, чтобы фундаментальные вопросы военного строительства заблаговременно с предвидением разрабатывались, а не рассматривались лишь тогда, когда уже они подпирают, мы предложили президенту составить перспективный план рассмотрения наиболее важных вопросов (организация призыва, организационно-штатных вопросов, создания резервных формирований, идеологической работы в вооруженных силах и др.). Наджибулла в принципе согласился. Проект такого плана был подготовлен, но реализовать его в полной мере не удавалось. То оказывалось, что соответствующий вопрос не проработан и не согласован между различными ведомствами, то президенту он представлялся недостаточно срочным и назревшим. В последующем это приводило к тому, что эти вопросы все равно приходилось рассматривать, но с опозданием и в недостаточно подготовленном виде. Жизнь еще раз подтверждала истину: кто берется решать частные вопросы, не решив общих, тот затем вынужден на каждом шагу спотыкаться об эти общие вопросы.
В 1989 г. заседания Ставки проводились ежедневно и начинались в 8 часов утра продолжительностью 1–1,5 часа, иногда больше. Заседание начиналось с доклада начальника Генштаба или его заместителя — начальника оперативного управления. Он обычно докладывал изменения в оперативной обстановке за истекшие сроки, об итогах проведенных боевых действий, подвозе грузов с материальными средствами и ходе призыва. Доклады эти, как правило, слабо отражали реальное положение дел, были расплывчатыми и не содержали какого-либо анализа и выводов из сложившейся обстановки. Более собранными и четкими были доклады, когда их делал заместитель начальника оперативного управления генерал Исмаил. Доклады Генерального штаба в основном отражали положение дел в армии, т. е. в войсках Министерства обороны. Поэтому после первого сообщения заслушивались доклады министров госбезопасности, внутренних дел, напильника Кабульского гарнизона и по мере необходимости других должностных лиц. Иногда на заседания Ставки вызывались и заслушивались командиры корпусов из Кандагара, Джелалабада, Мазари-Шарифа и командиры из других районов. Частенько бывал командир 53 пехотной дивизии Дустум.