Во-первых, крайне не совершенным было управление, когда ведущие совместные боевые действия войска трех военных ведомств не имели единого управления. У Ставки ВГК не было своего органа, способного осуществлять координацию их боевых действий. Попытки президента осуществлять управление через генштаб, подчиненный Министру обороны, в полной мере не достигали своей цели. Каждое ведомство самостоятельно снабжало свои войска всеми видами довольствия.
Министр обороны и генштаб в полном объеме вопросы управления не охватывали, а министры госбезопасности и внутренних дел, практически осуществляли лишь комплектование и снабжение своих войск, а боевым управлением вообще не занимались. Все это, а также слабый контроль и всеобщая низкая исполнительность тормозили реализацию принимаемых решений, отрицательно сказывалось на эффективности действий войск. Нетребовательность, стремление не обострять отношений, заигрывание со своими сторонниками приводило к тому, что за невыполнение приказов и даже оставление позиций никто никакой ответственности не нес. Принятые решения и отдельные распоряжения, как правило, удавалось выполнять только после многократных напоминаний и постоянного нажима.
В условиях ведения войны наиболее правильным было бы назначение министра обороны заместителем ВГК и осуществление Ставкой оперативного управления вооруженными силами (всех трех военных ведомств) через генштаб. Наджибулла в принципе с этим согласился, но пока воздержался от этого шага только с целью того, чтобы в существующей сложной обстановке не обострять внутрипартийных отношений.
Одним из самых слабых мест в системе управления и боевого обеспечения была разведка, что резко снижало эффективность применения авиации, ракет и артиллерии, вызывало повышенный расход боеприпасов. Нами совместно с афганским генштабом был проведен ряд инструктивных и показных занятий по организации и ведению разведки. Проведены тренировки со штабами Кабульского гарнизона и ряда соединений по управлению силами и средствами разведки, сборы с офицерами-корректировщиками, занятия с экипажами боевых разведывательных машин, осуществлен и ряд других мероприятий. Однако афганское командование и штабы все же слабо занимались вопросами организации разведки, далеко не полностью использовали имеющиеся средства. Многие разведывательные подразделения использовались не по назначению. Ощущался острый недостаток в технических средствах разведки.
В связи с этим, наряду с принятием мер по улучшению разведки в Афганистане, мной докладывалось в Москву о необходимости извлечения опыта и для Советской Армии и более объективной оценки эффективности средств разведки, особенно в горных условиях. На учениях, проводимых в советских войсках, самолеты-разведчики обычно вели воздушное фотографирование на малых высотах и получали сравнительно удовлетворительные снимки. Но в боевой обстановке (даже при ограниченных средствах ПВО у мятежников в Афганистане) вести разведку с таких высот было невозможно (самолеты немедленно сбивались). При ведении фоторазведки с больших высот, при масштабе 1:6000, огневые средства противника не выявлялись. Ограниченные возможности средств разведки в горных условиях были установлены еще в период нахождения здесь советских войск. Поэтому практически было нечем засекать реактивные снаряды и другие огневые средства противника. Сравнительно положительные результаты давала радиоразведка, но и она не охватывала все диапазоны частот, в которых работали радиосредства моджахедов. Мы обращались с просьбой прислать в Афганистан более современные средства разведки.
Но эти просьбы не были удовлетворены.
Во-вторых, с большими трудностями решались задачи комплектования вооруженных сил. По официальным данным их реальная укомплектованность относительно штатов составляла около 53 %. В действительности укомплектованность была ниже, так как многие командиры по финансовым соображениям, чтобы получать больше денег на содержание войск, представляли завышенные данные о численности своих частей. Причем боевые части были укомплектованы от 22 до 32 %, а тыловые до 50–60 %. По нашей рекомендации неоднократно проводились «чистки» с целью изъятия части личного состава из тыловых частей, штабов и усиления боевых подразделений. Однако через 2–3 месяца происходил обратный процесс и большая часть этих солдат и сержантов покидала боевые части и опять попадала в тыловые.
Проводимый призыв позволял с трудом компенсировать потери и поэтому длительное время сохранялся некомплект. В 1989 году было призвано 144 тыс. человек (73 % плана). В ряде случаев количество призванных носило фиктивный характер, ибо при проверке частей данные о призыве не подтверждались.