Причины низкой укомплектованности войск объяснялись следующими обстоятельствами:
Примитивной системой призыва путем вылавливания случайных людей. Скрытие призывников в территориальных частях. Невыполнение приказа о передаче в регулярные войска солдат, прослуживших в территориальных и племенных частях более одного года. Боевые, санитарные потери (болезни) и особенно дезертирство.
За 11 месяцев 1989 года потери составили 67 тыс. человек (погибло 5033 чел., пропало без вести 7,5 тыс. чел., дезертировало 38,6 тыс. чел., уволено 15,8 тыс.). Особенно большой рост дезертирства был в армии: в 1988 г. — 25 422, за 11 месяцев 1989 г. — 27,8 тыс. чел. (кроме того, пропали без вести — те же дезертиры — 5,6 тыс. чел.).
Низкая укомплектованность войск объяснялась плохой организацией призыва и массовым дезертирством. Отрицательно влияло на призыв отсутствие в военкоматах достоверного учета граждан мужского пола призывных возрастов, что исключало планомерный их призыв на военную службу и в условиях заметного снижения зоны влияния государственной власти приводило к принудительному отлову людей. Отрицательное влияние оказывало и то, что дети большинства руководящих работников всех рангов под различными предлогами в армии не служили.
Из-за плохой организации подготовки младших специалистов постоянно не хватало экипажей танков, расчетов орудий и других специалистов. Укомплектованность танкистами и специалистами боевых машин пехоты составляла 35–45 %, артиллерии — 28 %, водителей автомашин — 37 %. Возможности учебных центров по подготовке специалистов в полной мере не использовались. Сложилось такое положение, что в афганских войсках не стало сержантов, так как когда-то было установлено правило, что через 3 года службы сержанты становились офицерами. Было немало подразделений, где были одни офицеры и солдаты.
Несмотря на некоторые принятые меры, не удавалось ликвидировать перепутанность подразделений в районах боевых действий, надерганных из разных соединений и частей различных ведомств. Подразделениям, которые при обострении обстановки направлялись в Хост, Джелалабад, вост. Суруби, Саланг, как правило, давалось обещание, что посылаются они туда на несколько недель. Но по условиям обстановки снять их оттуда было невозможно, а оставление в районах боевых действий вызывало недовольство и все более частые случаи дезертирства.
Многие трудности в комплектовании войск и вообще в организации военной службы возникали вследствие того, что афганское государство находясь в состоянии войны, многие военные задачи решались по законам мирного времени. Это относилось к системе призыва и увольнения, срокам службы, мобилизации всех ресурсов для ведения войны и др. Однако руководство Республики Афганистан не считало возможным полностью переводить страну на военное положение, опасаясь вызвать этим еще большее недовольство населения.
Вообще афганские вооруженные силы во многих отношениях находились в довольно странном положении. С подачи наших советников даже система боевой готовности была установлена примерно такой, какой она была в Советской Армии для условий мирного времени, а не для боевой обстановки. При нахождении в Афганистане советских войск может быть все это и не имело особого значения. Но когда вооруженные силы остались наедине с грозным противником, то многое выглядело абсурдным.
В частности, установленная система боевой готовности не отражала в полной мере реальные условия и специфику, в которых вооруженные силы выполняли свои задачи. Например, при объявлении полной боевой готовности соединения, части должны подниматься по боевой тревоге и выходить в районы сосредоточения. Но этого не нужно было делать дивизиям, находящимся в обороне или находящимся на охране дорог. Они должны были продолжать занимать свои позиции и усиливать оборону. Куда, например, было уходить 25 пехотной дивизии в Хосте? Учитывая все это, с нашей помощью был подготовлен приказ Верховного Главнокомандующего, которым для всех военных ведомств уточнялось содержание степеней боевой готовности и характер выполняемых мероприятий. Необходимость издания нового приказа по боевой готовности вызывалась также тем, что многие прежние документы по боевой готовности оказались раскрытыми противнику (например, в бывшей 8-й пехотной дивизии) и было нужно их обновить. В новом приказе предусматривались различные мероприятия, которые должны выполняться в соединениях, частях, находящихся в обороне, в непосредственном соприкосновении с противником, а также в частях, военных учреждениях, военно-учебных заведениях, находящихся во вторых эшелонах, резервах, в глубине расположения своих войск с учетом особенностей их предназначения и выполняемых задач. Особенности военного времени не учитывались и в материальном обеспечении военнослужащих.