Вместе с тем Республика Афганистан отдавала себе отчет в том, что мир и национальное примирение зависят не только от нее. И до тех пор, пока непримиримые силы оппозиции и их иностранные вдохновители не отказались от своих авантюристических планов свержения существующего строя, продолжения военных действий и угроз расправы со всеми, кто поддерживает Республику Афганистан, у нее нет другого выхода, как продолжать защищать свою Родину, свои города, кишлаки, дома и свои семьи. Наджибулла отметил также, что на пути революционных преобразований было допущено немало ошибок, негативных явлений. Но принципиальные идеи освобождения народа и развития его по пути прогрессивных преобразований мы будем продолжать отстаивать и защищать, в том числе и вооруженным путем. Политическая сторона военной доктрины предусматривала также, что защита Отечества является задачей не только Вооруженных Сил, но и делом всей партии, всего народа, всего общества. Поэтому с учетом чрезвычайного положения в стране требовались дополнительные меры по мобилизации для решения оборонных задач всей экономики страны и транспорта.
Говоря о военно-технической стороне военной доктрины, президент Наджибулла отметил, что стратегическая обстановка в стране продолжает определяться двумя важнейшими обстоятельствами. С одной стороны, более решительными военно-политическими и стратегическими целями контрреволюционных сил, связанных со свержением существующего строя и захватом власти в Афганистане, а не только с партизанскими действиями по дестабилизации обстановки в стране, как это было в прошлом. В связи с расширением социально-экономической базы оппозиции в стране и военной помощи со стороны США, Пакистана и Саудовской Аравии возрастают ее экономические и военные возможности, что приводит к увеличению размаха военных действий.
С другой стороны, после вывода советских войск с территории Афганистана ВС РА приходилось самостоятельно решать более сложные, чем прежде, оборонные задачи при существенном сокращении военных сил, противостоящих оппозиции. Вместе с тем, по мнению президента, вывод советских войск и открытое вмешательство Пакистана ослабили политические позиции контрреволюции, ибо была выбита почва из-под идеологии «джихада» (священной войны против «неверных»), что одновременно способствовало повышению авторитета афганского правительства, консолидации патриотических сил, вынужденных бороться не только с внутренней оппозицией, но и с иностранной агрессией.
В создавшихся условиях основным и наиболее целесообразным способом действий правительственных вооруженных сил могла быть стратегическая оборона с решительным сосредоточением основных усилий для решения главных задач по разгрому наиболее угрожающих группировок противника по частям. Особое внимание уделялось прочному удержанию районов Джелалабада, Хоста, Гардеза, Газни и Кандагара путем ведения активной обороны.
Одна из важнейших задач состояла в отказе от пассивных действий, активизации боевых действий войск.
Для успешного противодействия оппозиции требовалось продолжать совершенствовать строительство вооруженных сил и управление ими.
С учетом условий военного времени были необходимы дополнительные меры по повышению боевой готовности войск, их боевого настроя и бдительности, улучшению призыва и подготовки пополнения. Президент признал, что одним из самых слабых мест организации вооруженных сил является их разделение на три ведомства: армия (войска Министерства обороны, войска МГБ (в т. ч. гвардия) и войска МВД («Царандой»). Но президент был вынужден сохранять все эти структуры в качестве противовеса их друг другу главным образом по внутриполитическим соображениям.
С учетом всего этого президент требовал совершенствовать систему управления военными структурами.
Во-первых, больше проявлять заботы об интересах дела в целом. Преодолевать узковедомственный подход.
Во-вторых, поднимать роль генштаба как органа управления не только Министерства обороны, но и Ставки ВГК. Он должен был координировать действия войск всех ведомств при ведении ими боевых действий.
Было выдвинуто требование, чтобы соединения и части всех ведомств в районах боевых действий полностью подчинялись командирам соответствующих корпусов и дивизий, которые по отношению ко всем войскам должны были выступать как представители Ставки Верховного Главнокомандования в зонах своей ответственности.