«Нужно любить всякого человека и в грехе его и в позоре его, — говорил о. Иоанн. — Не нужно смешивать человека — этот образ Божий — со злом, которое в нем». С таким сознанием он и шел к людям, всех побеждая и возрождая силою своей истинно пастырской состраждущей любви.
Скоро открылся в о. Иоанне и дивный дар чудотворения, который прославил его на всю Россию и даже далеко за пределами ее. Нет никакой возможности перечислить все чудеса, совершенные о. Иоанном. Наша неверующая интеллигенция и ее печать намеренно замалчивали эти безчисленные явления силы Божией. Но все же очень много чудес записано и сохранено в памяти. Сохранилась точная запись рассказа самого о. Иоанна о первом его чуде своим сопастырем-священником. Глубоким смирением дышит этот рассказ. «Кто-то в Кронштадте заболел, — так рассказывал об этом о. Иоанн. — Просили моей молитвенной помощи. У меня и тогда уже была такая привычка: никому в просьбе не отказывать. Я стал молиться, предавая болящего в руки Божии, прося у Господа исполнения над болящим Его святой воли. Но неожиданно приходит ко мне одна старушка, которую я давно знал. Она была богобоязненная, глубоко верующая женщина, проведшая свою жизнь по-христиански и в страхе Божием кончившая свое земное странствование. Приходит она ко мне и настойчиво требует от меня, чтобы я молился о болящем не иначе, как о его выздоровлении. Помню, тогда я почти испугался: как я могу — думал я — иметь такое дерзновение? Однако эта старушка твердо верила в силу моей молитвы и стояла на своем. Тогда я исповедал пред Господом свое ничтожество и свою греховность, увидел волю Божию во всем этом деле и стал просить для болящего исцеления. И Господь послал ему милость Свою — он выздоровел. Я же благодарил Господа за эту милость. В другой раз по моей молитве исцеление повторилось. Я тогда в этих двух случаях прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога — молиться за тех, кто будет этого просить».
По молитве о. Иоанна действительно совершалось и теперь, по его блаженной кончине, продолжает совершаться множество дивных чудес. Излечивались молитвою и возложением рук о. Иоанна самые тяжкие болезни, когда медицина терялась в своей безпомощности. Исцеления совершались как наедине, так и при большом стечении народа, а весьма часто и заочно. Достаточно было иногда написать письмо о. Иоанну или послать телеграмму, чтобы чудо исцеления совершилось. Особенно замечательно происшедшее на глазах у всех чудо в селе Кончанском (Суворовском), описанное случайно находившейся тогда там суворовской комиссией профессоров военной академии (в 1901 г.). Женщина, много лет страдавшая беснованием и приведенная к о. Иоанну в безчувственном состоянии, через несколько мгновений была им совершенно исцелена и приведена в нормальное состояние вполне здорового человека. По молитве о. Иоанна прозревали слепые. Художником Животовским описано чудесное пролитие дождя в местности, страдавшей засухой и угрожаемой лесным пожаром, после того как о. Иоанн вознес там свою молитву. О. Иоанн исцелял силою своей молитвы не только русских православных людей, но и мусульман, и евреев, и обращавшихся к нему из-за границы иностранцев. Этот великий дар чудотворения естественно был наградой о. Иоанну за его великие подвиги — молитвенные труды, пост и самоотверженные дела любви к Богу и ближним.
И вот скоро вся верующая Россия потекла к великому и дивному чудотворцу. Наступил второй период его славной жизни, его подвигов. Вначале он сам шел к народу в пределах одного своего города, а теперь народ сам отовсюду, со всех концов России, устремился к нему. Тысячи людей ежедневно приезжали в Кронштадт, желая видеть о. Иоанна и получить от него ту или иную помощь. Еще большее число писем и телеграмм получал он: кронштадтская почта для его переписки должна была открыть особое отделение. Вместе с письмами и телеграммами текли к о. Иоанну и огромные суммы денег на благотворительность. О размерах их можно судить только приблизительно, ибо, получая деньги, о. Иоанн тотчас же все раздавал. По самому минимальному подсчету, чрез его руки проходило в год не менее одного миллиона рублей (сумма по тому времени громадная!). На эти деньги о. Иоанн ежедневно кормил тысячу нищих, устроил в Кронштадте замечательное учреждение — «Дом Трудолюбия» со школой, церковью, мастерскими и приютом, основал в своем родном селе женский монастырь и воздвиг большой каменный храм, а в Санкт-Петербурге построил женский монастырь на Карповке, в котором и был по кончине своей погребен.