К общей скорби жителей Кронштадта, во второй период своей жизни, период своей всероссийской славы, о. Иоанн должен был оставить преподавание Закона Божия в Кронштадтском городском училище и в Кронштадтской классической гимназии, где он преподавал свыше двадцати пяти лет. А был он замечательным педагогом-законоучителем. Он никогда не прибегал к тем приемам преподавания, которые часто имели место тогда в наших учебных заведениях, то есть ни к чрезмерной строгости, ни к нравственному принижению неспособных. У о. Иоанна мерами поощрения не служили отметки, ни мерами устрашения — наказания. Успехи рождало теплое, задушевное отношение его как к самому делу преподавания, так и к ученикам. Поэтому у него не было «неспособных». На его уроках все без исключения жадно вслушивались в каждое его слово. Урока его ждали. Уроки его были скорее удовольствием, отдыхом для учащихся, чем тяжелой обязанностью, трудом. Это была живая беседа, увлекательная речь, интересный, захватывающий внимание рассказ. И эти живые беседы пастыря-отца со своими детьми на всю жизнь глубоко запечатлевались в памяти учащихся. Такой способ преподавания он в своих речах, обращаемых к педагогам перед началом учебного года, объяснял необходимостью дать отечеству прежде всего человека и христианина, отодвигая вопрос о науках на второй план. Нередко бывали случаи, когда о. Иоанн, заступившись за какого-нибудь ленивого ученика, приговоренного к исключению, сам принимался за его исправление. Проходило несколько лет, и из ребенка, не подававшего, казалось, никаких надежд, вырабатывался полезный член общества. Особенное значение о. Иоанн придавал чтению житий святых и всегда приносил на уроки отдельные жития, которые раздавал учащимся для чтения на дому. Характер такого преподавания Закона Божия о. Иоанном ярко запечатлен в адресе, поднесенном ему по случаю 25-летия его законоучительства в Кронштадтской гимназии: «Не сухую схоластику ты детям преподавал, не мертвую формулу — тексты и изречения — ты им излагал, не заученных только на память уроков ты требовал от них; на светлых, восприимчивых душах ты сеял семена вечного и животворящего Глагола Божия».
Но этот славный подвиг плодотворного законоучительства о. Иоанн должен был оставить ради еще более плодотворного и широкого подвига своего всероссийского душепопечения.
Надо только представить себе, как проходил день у о. Иоанна, чтобы понять и прочувствовать всю тяжесть и величие этого его безпримерного подвига. Вставал о. Иоанн ежедневно в 3 часа ночи и готовился к служению Божественной литургии. Около 4 часов он отправлялся в собор к утрени. Здесь его уже встречали толпы паломников, жаждавших получить от него хотя бы благословение. Тут же было и множество нищих, которым о. Иоанн раздавал милостыню. Заутреней о. Иоанн непременно сам всегда читал канон, придавая этому чтению большое значение. Перед началом литургии была исповедь. Исповедь, из-за громадного количества желавших исповедоваться у о. Иоанна, была им введена, по необходимости, общая. Производила она — эта общая исповедь — на всех участников и очевидцев потрясающее впечатление: многие каялись вслух, громко выкрикивая, не стыдясь и не стесняясь, свои грехи. Андреевский собор, вмещавший до 5000 человек, всегда бывал полон, а потому очень долго шло причащение и литургия раньше полудня не оканчивалась. По свидетельству очевидцев и сослуживших о. Иоанну, совершение о. Иоанном Божественной литургии не поддается описанию. Ласковый взор, то умилительный, то скорбный, в лице сияние благорасположенного духа, молитвенные вздохи, источники слез, источаемых внутренне, порывистые движения, огонь благодати священнической, проникающий его мощные возгласы, пламенная молитва — вот некоторые черты о. Иоанна при богослужении. Служба о. Иоанна представляла собою непрерывный горячий молитвенный порыв к Богу. Во время службы он был воистину посредником между Богом и людьми, ходатаем за грехи их, был живым звеном, соединявшим Церковь земную, за которую он предстательствовал, и Церковь небесную, среди членов которой он витал в те минуты духом. Чтение о. Иоанна на клиросе — это было не простое чтение, а живая восторженная беседа с Богом и Его святыми: читал он громко, отчетливо, проникновенно, и голос его проникал в самую душу молящихся. А за Божественной литургией все возгласы и молитвы произносились им так, как будто своими просветленными очами лицом к лицу видел он пред собою Господа и разговаривал с Ним. Слезы умиления лились из его глаз, но он не замечал их. Видно было, что о. Иоанн во время Божественной литургии переживал всю историю нашего спасения, чувствовал глубоко и сильно всю любовь к нам Господа, чувствовал Его страдания. Такое служение необычайно действовало на всех присутствующих. Не все шли к нему с твердой верой: некоторые с сомнением, другие с недоверием, а третьи из любопытства. Но здесь все перерождались и чувствовали, как лед сомнения и неверия постепенно таял и заменялся теплотою веры. Причащающихся после общей исповеди бывало всегда так много, что на святом престоле стояло иногда несколько больших чаш, из которых несколько священников приобщали верующих одновременно. И такое причащение продолжалось нередко более двух часов.