Леонардо использовал экспериментальный метод нанесения красок на стену, поэтому фреска «Тайная вечеря» начала портиться почти сразу же после ее создания. Художник неудачно выбрал смеси и растворы, и яркие детали вскоре потускнели и поблекли. Рассказы о шедевре Леонардо распространились по всей Европе, и множество его современников совершали паломничество, только чтобы увидеть фреску. К счастью, они скопировали ее для потомков. По всем этим репродукциям искусствоведам удалось достаточно точно восстановить изначальный вид творения Леонардо.
В тот период Леонардо не только завершал свои великолепные полотна, но и занимался различными, работами в области архитектуры и общественной гигиены, а также всесторонними научными исследованиями. Изучая его записные книжки, можно убедиться, что одним из его честолюбивых замыслов, который он пронес через всю жизнь, так и не реализовав, было желание стать первым умеющим летать человеком. Леонардо так и не опубликовал свои записи. Число его картин ограничено, и большинство из них остались незаконченными или пострадали от времени. Но судьба, постигшая памятник отцу Сфорцы — крупнейший проект Леонардо за 16 лет, проведенных им в Милане, — стала для него самым горьким разочарованием.
С первых дней жизни в Милане Леонардо был поглощен мыслями и планами внешнего вида и технических деталей отливки огромной конной бронзовой статуи. Он изучил в деталях анатомию лошадей и сделал подробнейшие зарисовки. Наконец, изготовил глиняную модель статуи, которую установили на одной из площадей. К ней отовсюду приходили люди, чтобы полюбоваться величественным произведением.
Создание конной статуи заняло бы все свободное время у обыкновенного человека, но Леонардо, живя в Милане, находил возможности посещать и соседние города. Там он познакомился с некоторыми ведущими учеными того времени. Он сдружился с математиком Лукой Пачоли, Леонардо был впечатлен точностью математической науки и даже выполнил иллюстрации для книги Пачоли о геометрических фигурах. Кроме того, Леонардо увлекался всеми аспектами инженерии. Его записные книжки полны великолепных изображений зубчатых механизмов.
В Милане Леонардо интересовался не только инженерным делом, архитектурой и математикой. Среди прочего он изучал еще геологию, гидрологию, ботанику и сравнительную анатомию. Он сделал наиболее полные для того времени наблюдения за полетом птиц. Он занимался оптическими исследованиями и эффектами света и тени. Стал самым пытливым анатомом, а надо заметить, что в те времена человечество еще не открыло консервирующие свойства формалина. Приходилось в тесном закрытом помещении быстро препарировать трупы, пока они не начнут гнить.
На каждое из этих дел могла потребоваться целая жизнь, но Леонардо успевал еще и писать. Он написал трактат о живописи, книги притч, басен, загадок, словесных игр, составил сборник предсказаний, описывал путешествия по местам, в которых никогда не бывал.
Несмотря на все его выдающиеся достижения, судьба Леонардо была тесно связана с бесчестным правителем Милана, что оказалось губительным для художника. Плетя военные интриги против Флоренции, Неаполя и Папской области, герцог сам оказался в опасной ситуации. Он решил позвать на помощь французского короля Людовика XII. Во время своего визита в Милан король не мог не заметить богатств города. Вернувшись в Париж, он очень удачно вспомнил об исторических территориальных притязаниях французов на Милан и окружающую его Ломбардию. План герцога обернулся против него самого в 1499 году, когда французы вернулись в Милан, но уже с враждебными намерениями. Они захватили город, пленили герцога и отвезли его во Францию, где он и умер в заключении через несколько лет.
Войско герцога исчезло, когда сильно превосходящие французские войска подошли к Милану. Горожане бежали. Войдя в город, французские наемники разрушили глиняную модель конной статуи. Леонардо понял, что не может больше находиться в городе, в который вложил столько сил и времени. Покинув Милан, он отправился сначала в Мантую, а затем в Венецию. В то время Венеция противостояла своему заклятому врагу — Османской империи. Войска султана уже захватили Константинополь в 1453 году, и его армия двигалась вдоль восточного побережья Адриатического моря, оказавшись напротив Апеннинского полуострова. Над Венецией нависла угроза турецкого завоевания, как раз когда приехал Леонардо.