Карлъ V сдѣлалъ выговоръ колоніальному вѣдомству и велѣлъ экспедиціи отправляться въ путь. Магелланъ спѣшилъ отъѣздомъ, сознавая однако, что его предпріятіе начиналось при самыхъ неблагопріятныхъ признакахъ. Такъ, ему пришлось, подчиняясь волѣ короля, допустить въ своемъ экипажѣ присутствіе человѣка, власть котораго почти равнялась его собственной. Этотъ человѣкъ былъ Хуанъ де Картагена, облеченный званіемъ генералъ-инспектора и командующаго третьимъ кораблемъ флота Хуанъ де Картагена, креатура одного могущественнаго прелата, ненавидѣлъ Магеллана. Великій мореплаватель кромѣ того долженъ былъ терпѣть пребываніе на бортѣ еще другого, самого непримиримаго своего врага Эстевама Гомеца. До прибытія въ Испанію новаго адмирала, этотъ Гомецъ разсчитывалъ на полученіе начальства надъ одною экспедиціею, почти въ такой же степени важною. Магелланъ, собираясь плыть вокругъ земного шара, былъ такимъ образомъ окруженъ не преданными друзьями и надежными сотрудниками, но соперниками, питавшими противъ него глухую ненависть.
Какъ только флотъ распустилъ паруса, 20 сентября 1520 года, Хуанъ де Картагена началъ посягать на власть начальника. Встрѣчаясь съ Магелланомъ, онъ фамильярно разговаривалъ съ нимъ и старался обращаться съ нимъ, какъ съ равнымъ. Магелланъ съ энергіей требовалъ уваженія къ себѣ, какъ къ главному капитану флота. Картагена, не обращая вниманія на это, становился все болѣе и болѣе задорнымъ. Однажды, во время спора, происходившаго въ присутствіи нѣсколькихъ матросовъ, онъ возвысилъ голосъ съ угрожающимъ видомъ. Магелланъ понялъ, что надо дѣйствовать. Онъ бросился на Хуана де Картагену и съ страшною силою схватилъ его за грудь. «Капитанъ, крикнулъ онъ, я тебя арестую». Эта сцена произвела спасительное впечатлѣніе. Напрасно Картагена взывалъ къ помощи другихъ офицеровъ — Магелланъ приказалъ заковать его, какъ простаго матроса.
Событіе, о которомъ идетъ рѣчь, случилось у береговъ Гвинеи. Затѣмъ Магелланъ переѣхалъ черезъ Атлантическій океанъ, направился къ Бразиліи и въ декабрѣ 1520 года проникъ въ бухту Ріо де-Жанейро. Онъ плылъ вдоль береговъ Америки въ надеждѣ найти проходъ, который, по его предположенію, долженъ былъ находиться на югѣ и которому позднѣе навсегда было дано его имя[22]. Приближалась зима. Магелланъ хотѣлъ бросить якорь въ портѣ Санъ-Жюльянъ, но тутъ не замедлило обнаружиться недовольство его экипажа. Эти пустынныя, печальныя и холодныя страны навѣяли страхъ на матросовъ. Подстрекаемые своими ближайшими начальниками, они требовали возвращенія въ Испанію. Магелланъ былъ непоколебимъ. Ни просьбы, ни угрозы не могли склонить его къ уступкамъ. Онъ объявилъ, что скорѣе умретъ, чѣмъ возвратится въ Севилью, покрытый позоромъ. Его энергія и величіе души заставили мятежниковъ проникнуться къ нему уваженіемъ.
Ропотъ прекратился. Но пламя заговора, не перестававшее трепетать въ тѣни, вскорѣ вспыхнуло, благодаря двумъ офицерамъ — Луису де Мендозѣ и Гаспару де Квезадѣ. Тогда разыгралась плачевная и кровавая драма. Магелланъ, предоставленный своимъ собственнымъ силамъ, увидѣлъ, что ему остается одно изъ двухъ — или пасть, или самому нанести первый ударъ. Смѣлый морякъ предпочелъ второе. Онъ послалъ къ Луису де Мендозѣ преданнаго и надежнаго человѣка, Гонзало Гинеза де Эспинозу. Этотъ послѣдній вручилъ мятежному офицеру бумагу, въ которой генералъ-капитанъ приказывалъ ему возвратиться на свой корабль. Мендоза съ презрительной улыбкой отказался исполнить предъявленное ему требованіе. Тогда Эспиноза бросился на него и вонзилъ въ него кинжалъ. Мендоза упалъ мертвый.
Магелланъ продолжалъ дѣйствовать все съ такой же энергіей, ловкостью и смѣлостью. Мятежные матросы кораблей «Викторіи» и «Тринидада» выказали повиновеніе. Гаспаръ де Квезада былъ обезглавленъ. Тѣла казненныхъ снесли на берегъ, въ присутствіи всего экипажа, и тамъ одинъ офицеръ произнесъ торжественное слово, понося измѣнниковъ.
Исполнивши этотъ актъ суроваго и, конечно, необходимаго правосудія — хотя было-бы лучше, если бы на имени великаго мореплавателя не тяготѣли кровавыя воспоминанія — Магелланъ покинулъ портъ Санъ-Жюльянъ. Но послѣ борьбы съ людьми, онъ долженъ былъ выдержать борьбу со стихіями. Страшная буря налетѣла на его флотъ, едва избѣжавшій гибели. Преодолѣвая тысячи препятствій, устраняя тысячи опасностей, Магелланъ достигнулъ Огненной Земли и, наконецъ, открылъ, у крайней точки Южной Америки, проходъ, о существованіи котораго онъ догадывался уже раньше. Экспедиція вышла изъ Магелланова пролива 27-го ноября 1520 года и направилась къ сѣверо-западу, плывя по обширному океану, такому спокойному и безмятежному, что ему дали названіе Тихаго. На этомъ долгомъ пути Магелланъ открылъ Маріанскіе острова и затѣмъ присталъ къ острову Зебу, чтобы починить на немъ свои корабли.