До сих пор не удалось полностью восстановить архитектуру церкви. Неумолимое время наложило отпечаток на здание.
Как известно из летописи монастыря, начатой через 142 года после постройки церкви, в 1786 году «на стены прежних папертей наложено было в вышину по аршину каменной кладки и сделан карниз; вместо дверей сделаны две круглые перемычки; пробито пять окон, пробита еще снаружи папертей дверь для входа в церковь на место прежней, обращенной в арку; прикладен вновь каменный рундук, а от двери теплой церкви пристроен простенок. В алтаре Троицкой церкви старые окна прибавлены в вышину и ширину и поверх крыши в церковном квадрате сделано вновь 4 окна… а над входным рундуком старый шатер починен».
За один только сезон в памятнике произошли существенные изменения, большинство которых в настоящее время не 1гредставляется возможным устранить.
При ремонтно-реставрационных работах в 1961 - 1962 гг. удалось лишь восстановить первоначальный вид окон в алтаре с деталями наличников.
Троицкий собор. Шатровое крыльцо
Троицкий собор. Алтарная часть
В 1810 г. был перестроен Трехсвятительскии придел XVII века, расположенный с северной стороны Троицкой церкви, а в 1885 г. - надстроен второй этаж с храмом Пантелеймона, разобранные в 30-х годах нашего века.
Восстановление придела, построенного одновременно с основным зданием, не представляется возможным из-за отсутствия необходимых материалов. В то же время поднятые на несколько рядов фундаменты его при реставрации 1961 года напоминают о существовании северного придела.
Нельзя не обратить внимания на остатки еще одной пристройки в высоту всего здания, включая первый ярус кокошников с западной стороны. Ни в одном из имеющихся документов не упоминается ни о строительстве, ни о разборке какой-либо части здания. По всей видимости, это могла быть колокольня. В западной стене галереи в 1961 году найдены остатки узкой лестницы, ведущей наверх. И это наводит на мысль, чтв одновременно с церковью была выстроена и колокольня, разобранная после постройки колокольни надвратной Казанской церкви в 1652 году.
Центральная глава Троицкой церкви отличается от угловых тем, что она покоится на восьмигранном барабане с четырьмя щелевидными окнами и 16 висячими полуколонками, соединенными арочками на вогнутой кровле.
Эта деталь не бросается в глаза, но такой прием значительно обогащает композицию и говорит об опытности зодчего, его разносторонних знаниях и уменье свободно варьировать имеющимися в запасе приемами композиции.
Стены алтаря, очень низкого по сравнению с основным объемом, декорированы висячими полуколонками, соединенными арочками из лекального кирпича, по осям абсид устроены щелевидные окна, однако в 1786 году они были растесаны, и только при ремонтно-реставрационных работах в 1961 - 1962 гг., выполненных Владимирской специальной проектно-реставрационной мастерской, был восстановлен их первоначальный вид.
Сверху абсиды проходит широкий карниз с богатым поясом изразцов.
Казанская Надвратная церковь
С южной стороны Троицкой церкви в середине XVII в. располагались бобыльские дворы, которые Богдан Цветной перенес на посад. На освободившемся месте в 1648 году выстроена каменная Казанская надвратная церковь. На южной стороне церкви над окнами в клеймах сделаны надписи, говорящие о дате строительства и называющие строителя церкви: «7156 (1648) года создана сия церковь», «а строенье торгового человека Тарасия, Борисова сына, по рекому Богдана Цветнова».
Казанская надвратная церковь выстроена спустя 5 лет после Троицкой. Это одно из великолепнейших зданий, вошедшее в ансамбль Троицкого монастыря.
Размеры церкви миниатюрные. В плане она в два раза меньше, чем Троицкая церковь. Наружный размер, включая и алтарную часть, составляет всего 2, 5 сажени.
Однако благодаря тому, что церковь приподнята над «вратами», выполняющими роль парадного входа в монастырь, а также благодаря необычной для этого времени шатровой композиции, Казанская надвратная церковь не уступает Троицкой.
Богдан Цветной, по всей вероятности, решил сделать храм таким, подобного которому еще не было ни на его родине в Муроме, ни в Москве, где он был одним из богатых купцов гостиной сотни.
Приглашенный им зодчий проявил большой вкус и такт по отношению к основному зданию монастыря - Троицкой церкви, показав глубокое понимание русского зодчества, умело применив в церкви и висячие колонки, характерные для владимиро-суздальской архитектуры, и детали шатровых храмов XVI века.