В 988 году великий князь Владимир отдал Муром младшему сыну Глебу.
После смерти Ярослава Мудрого (1054) Муромские земли вошли в состав владений Святослава Черниговского.
Вскоре за право управлять Муромскими землями развернулась ожесточенная борьба между сыном Владимира Мономаха Изяславом и черниговским князем Олегом, который в 1096 году одержал победу над Изяславом. Муромские горожане признали киязем сначала Олега, а затем его брата Ярослава Святославовича (1097 - 1129).
К началу XII столетия Муром стал центром независимого от Чернигова Муромо-Рязанского княжества, территория которого простиралась от Муромской округи на востоке до низовьев Москвы-реки на западе и обширных земель к югу от Оки.
На территории княжества находилось много городов, в том числе Рязань, Пронск, Рославль, Коломна. В этих городах велась торговля, процветали различные ремесла.
Приблизительно в то время началась и христианизация Муромского края. Однако жители города не сразу приняли христианство, поэтому муромский князь Глеб поселился вблизи города на территории будущего Спасского монастыря, где он сделал укрепления и выстроил двор.
По летописным источникам Спасский монастырь впервые упоминается под 1096 годом.
К сожалению, до нас не дошло ни одной постройки этого времени ни на территории «старого вышнего городища», ни на территории кремля, ни на территории Спасского монастыря. Часть из этих сооружений, как можно предполагать по найденным обломкам белокаменных колонн и капителей при реставрации Богородицкого собора в 1873 г., относится к XII веку.
На основании этого можно сделать вывод о том, что некоторые здания были белокаменными.
В середине XII века в итоге междоусобицы между Ярославичами Муромо-Рязанское княжество разделилось па два, в связи с чем Мурому пришлось искать сильных покровителей в лице владимирских князей.
В 1237 году из-за предательства великого князя владимирского Георгия Муром, а также Рязань, Пропек были разгромлены Батыем. Через два года Батый вновь подверг Муром разгрому. «Обеспамятствовавшие жители, - сообщает летопись, - не могли нигде найти безопасность: матери плакали о детях, перед их глазами растоптанных конями татарскими; живые завидовали спокойствию мертвых». После этого татары неоднократно подвергали опустошению Муром и окрестности.
Так, в 1257 году после разгрома города селения в окрестностях Мурома были отданы на откуп восточным купцам, отличавшимся корыстолюбием и жестокостью.
После погромов 1281, 1288 и 1293 гг. уцелевшие жители Мурома покинули сожженный и разрушенный город и поселились в районе так называемого Чаадаевского городка, к северу от Мурома по направлению к селу Борисоглебу.
Возобновление жизни на территории города связано с именем князя Юрия Ярославича, возвратившегося в Муром с боярами, купцами и посадскими людьми в 1351 году.
В 1355 году сподвижник муромского князя Юрия Ярославича князь Федор Глебович занял Муром и отправился в Орду за грамотой к хану Чанибеку, выдавшему Федору ярлык на княжение.
В результате раздоров между муромскими князьями, как отмечает Карамзин, «род оных пресекся и столица города Мурома, присоединенная к великому княжению, уже управлялась наместниками московскими».
Татаро-монгольское иго не убило в русском народе чувства национального достоинства.
В 1380 году войска Димитрия Донского разгромили татаро-монгольские орды в Куликовской битве. В этой битве муромская дружина во главе с последним муромским князем Андреем своим смертельным ударом в критический момент оказала решающее влияние на исход битвы и на победу русского войска. Как говорит летопись, «одних муромских бояр полегло до 20 человек».
В 1392 году Муромское княжество было присоединено к Московскому вместе с Нижегородским княжеством, Мещерой и Тарусой.
Это усилило стратегическое значение Мурома как форпоста на восточной границе русского государства, как одного из важнейших стратегических пунктов в борьбе с казанскими ханами.
В 1408 году татарское войско во главе с князем Эдигеем вновь разрушило Муром, Владимир, Переславль, Ростов. Церкви и монастыри были разграблены, большинство жителей истреблено. «Счастлив был тот, кто мог спастися бегством, - говорит летопись, - жители падали ниц на землю перед варварами и в этом положении не смели шевелиться, ждали судьбы своей, и монголы отсекали им головы или стреляли по них, как будто для забавы».
Великий князь Василий Васильевич (Василий Темный), к которому Муром перешел по духовному завещанию великого князя Василия Дмитриевича в 1425 году, возобновил крепость, сделав ее неприступной, но, как пишет Карамзин, при нападении казанского царя Улу Махмета в 1445 году «твердость дубовых стен ее уступила многочисленности неприятеля: царь взял приступом крепость и поселился в Муроме», хотя в том же году и был изгнан из города.