Но анкарское правительство медлило и готово было к компромиссам, ибо в отсталой стране широким массам еще не была ясна позиция обоих лагерей. В октябре 1919 г. два правительства договорились о проведении всеобщих выборов и созыве новой палаты депутатов. Великий визирь и его чиновники развернули пропагандистскую кампанию за падишаха, халифа, ислам и шариат. Были спровоцированы столкновения с христианами, партизанами, членами «Обществ защиты прав». Кемалисты не остались в долгу и в ряде мест просто назначили депутатами парламента своих сторонников либо изолировали несогласных.
12 января 1920 г. меджлис IV созыва начал работу в Стамбуле. Из 173 его депутатов 116 оказались сторонниками освободительного движения. Тем не менее, почти все они тут же выразили верноподданнические чувства падишаху и отказались от организации собственной фракции и предъявления ультиматума относительно вывода оккупационных войск из Турции. Лишь под резким давлением Представительного комитета депутаты националистов создали фракцию и приняли «Национальный обет» — декларацию независимости, повторявшую основные положения главной резолюции Сивасского съезда. Деятельность меджлиса обеспокоила английское командование. В ночь на 16 марта 1920 г. Стамбул был оккупирован английской морской пехотой. Была разогнана палата депутатов, объявлено военное положение, проведены массовые аресты революционно настроенных политических деятелей[12].
В ответ на это 19 марта Представительный комитет объявил о созыве нового меджлиса в составе бежавших из Стамбула или вновь избранных либо назначенных депутатов. 23 апреля в Анкаре новый меджлис начал работу под руководством Кемаля. Стало известно, что султан якобы сочувствует национальному движению, но в условиях оккупации столицы лишен возможности предпринять что-либо. Депутаты заявили, что должно быть образовано иное правительство и только меджлис, названный «Тюркие бююк миллет меджлиси» (Великое национальное собрание Турции) (ВНСТ), выражая волю народа, обладает высшим законодательным правом; Турция должна стать республикой; ее президент избирается ВНСТ. Это были давние идеи Кемаля.
Султанское правительство совместно с оккупантами усилило борьбу с кемалистами и начало создавать «Халифат ордусу» (Халифатскую армию), возглавленную офицерами, преданными султану. Она захватила ряд городов в Северо-Западной Анатолии, реально угрожала Анкаре и могла соединиться с оккупационными частями. Шейх-уль-ислам издал фетву для всех мусульман «Бунт против халифа», объявив кемалистов отступниками от веры, подлежащими по воле Аллаха истреблению. 11 мая правительственным постановлением «мятежник Мустафа Кемаль» приговаривался к смертной казни, приговор был утвержден султаном.
Кемаль предпринял энергичные контрмеры. Анкарский муфтий и 79 улемов (богословов) Анатолии обнародовали контрфетву, дезавуировав решение шейх-уль-ислама, и объявили священной борьбу за освобождение родины и против несогласных. 17 мая ВНСТ выпустило обращение к народу, призывая его сплотиться вокруг кемалистов. Развернувшаяся гражданская война приняла ожесточенный характер. К Халифатской армии присоединились повстанцы, руководимые черкесскими и абазинскими феодалами, бежавшими в Турцию еще во время Кавказской войны XIX в., а также некоторые дивизии регулярной армии. Но вследствие повсеместного сопротивления партизан поход Халифатской армии провалился. К тому же ряд халифатских частей перешел на сторону ВНСТ. Тогда в июне англичане и греки начали наступление в Западной Турции и захватили Бурсу, Ушак и др. Одновременно вспыхнули восстания против кемалистов в Центральной Анатолии. В июле греки оккупировали Восточную Фракию.
В этих условиях Кемаль сумел преобразовать большинство партизанских отрядов в регулярные воинские части, сместил или ликвидировал многих прежних командиров и заменил их кадровыми офицерами. Не подчинившиеся ВНСТ партизанские соединения были разгромлены, в их числе — Зеленая армия Эдхем-бея и отряд Демирджи Мехмед-эфенди. Кемаль в те отчаянные дни представлял собой сгусток воли, исключительной энергии и необычайной оперативности, железной рукою ломавший противников. В сентябре ВНСТ приняло закон о создании судов независимости, которые жестко карали дезертиров и бандитов. С той же целью были созданы летучие жандармские отряды, деятельно использовавшиеся для утверждения единовластного господства националистов, причем в способах подавления инакомыслящих не стеснялись. Кемаль с окружением ликвидировали также оппозиционную группу депутатов в ВНСТ и оппозиционную печать, включая левую, а в январе 1921 г. было уничтожено руководство Коммунистической партии Турции во главе с М. Субхи и 15-ю его товарищами.