Вместе с тем необходимо учитывать, что при ассимиляции этой культуры христианами действовал отбор. Никогда не принималось то, что откровенно не соответствовало основным христианским концепциям. Это относится и к высшим областям духовной жизни, и особенно к быту рядовых испанских христиан. Из других стран в Испанию тоже прибывали христианские ученые, чтобы познакомиться с живой традицией греческой философии в ее мусульманских одеждах, было пролито много чернил для доказательства того, что можно и чего нельзя вводить в христианскую традицию, но это уже не имеет отношения к истории Испании.
К началу XV в. наметились изменения в отношении испанских христиан к мусульманам. Частично это объясняется экономическим недовольством, поскольку большинство мудехаров было зажиточно. Определенное предубеждение против мусульман стало появляться в простом народе. С объединением Испании при Фердинанде и Изабелле эти предупреждения начали оказывать некоторое влияние на политику. Старой политикой религиозной терпимости еще руководствовались, когда населению Гранады были предложены великодушные условия сдачи в 1492 г., но в том же году был издан эдикт, принуждавший евреев во всех частях Испании либо креститься, либо покинуть страну. Ранее, в 1478 г., была «национализирована» инквизиция в Испании — в том смысле, что испанских инквизиторов теперь назначал не папа, а король и королева. В результате оказалось, что поощряется и даже насаждается не христианская ортодоксия simpliciter, но христианская ортодоксия, как ее представляли себе испанские лидеры.
Другая сторона новой политики проявилась в 1499 г., когда могущественный кардинал Хименес де Сиснерос посетил Гранаду и провел там дискуссию с законоведами. За ней последовало сожжение чисто мусульманских сочинений и насильственное обращение в христианство.
В результате здесь на следующий год вспыхнуло восстание, которое продолжалось более года. В качестве карательной меры мусульманам Гранады в 1502 г. был предложен выбор между крещением и высылкой. Многие предпочли креститься, однако убеждений своих не изменили. В 1525—1526 гг. сходные меры были приняты против мусульман других провинций. После этого в Испании официально не осталось мусульман, но еще почти целое столетие испанские правители сталкивались с проблемой морисков.
Для объяснения роста нетерпимости в Испании после столь долго сохранявшейся терпимости можно привести несколько причин. Некоторое время ожидали, что представители трех вероисповеданий могут быть сплочены в некое единство, но чем дальше, тем яснее становилось, что это невозможно. Политическое единство при Фердинанде и Изабелле было чревато разобщением и настоятельно требовало единства духа, чтобы предотвратить это разобщение. Непримиримая и вместе с тем оборонительная позиция Гранады в последние десятилетия ее существования несомненно подготовила решение Фердинанда и Изабеллы создать подлинное единство в мировоззрении. К 1525 г. Испания, выросшая уже в империю, сознавала, какую угрозу для Европы создавало мусульманское (турецкое) наступление на Вену (она была действительно осаждена в 1529 г.). Участие в действиях там — и по другую сторону Атлантического океана — требовало максимального использования испанских людских ресурсов, так что здравый смысл диктовал исключить самую возможность существования враждебных элементов внутри страны, пока такое количество надежных и боеспособных люден находится за ее пределами.
Как сообщают, подразумевалось, что мусульманам предоставлено сорок лет на исполнение постановлений, принятых в 1525—1526 гг. Неизвестно, было ли так на самом деле, однако к 1566 г. антимусульманское законодательство вновь оживилось — предшествующие меры оказались неэффективными. К тому же мусульманская религиозная практика в центральных землях ислама или в других местах часто разрешала и оправдывала такыйю — т.е. сокрытие своих истинных религиозных убеждений, когда проявлять их опасно для жизни. Очевидно, мориски получили официальное решение мусульманских законоведов за пределами страны, что в условиях Испании XVI в. разрешается подобная скрытая приверженность к исламу. Сохранились рукописи, известные под названием алхамиадос, которые написаны арабским алфавитом, но на испанском языке. Они содержат изложение мусульманской веры и религиозной практики морисков. Дополнительной причиной увеличения нетерпимости был ощущавшийся теперь факт более высокой рождаемости среди мусульман, за счет которой росла их численность. С другой стороны, существенный экономический и материальный вклад морисков в жизнь Испании способствовал тому, что их поддерживала значительная часть знати Арагона и Валенсии.