В 1763, когда после отмены патриаршества помещения Патриарших палат занимала Московская контора Священного синода, здесь была установлена мироваренная печь (с тех пор и палата стала называться Мироваренной). В печи путем добавления в оливковое масло различных благовонных веществ приготавливался душистый состав — миро. Затем он использовался во всех российских храмах для таинства миропомазания (вспомним выражение «Одним миром мазаны»), а также в Успенском соборе Московского Кремля во время церемонии коронации при помазании на царство.
Сегодня в Крестовой палате и других помещениях второго этажа Патриарших палат развернута экспозиция, созданная еще в 1987 (третья по счету) и посвященная быту людей, живших в XVII веке. На ней представлены различные по назначению художественные изделия того времени.
Среди помещений второго этажа Патриарших палат имеются две небольшие комнаты, первоначальное назначение которых неизвестно, но в них воссозданы интерьеры богатых жилых покоев XVII века. Условно помещения называются «кабинет» и «гостиная». При осмотре создается впечатление, что хозяева лишь недавно покинули их. Такое бывает лишь в мемориальных музеях, посвященных той или иной исторической личности. Созданию «эффекта присутствия» помогают и сохранившиеся старинные архитектурные формы, например сводчатый потолок и специально подобранные на основе документов подлинные вещи XVII века.
При входе, открыв тяжелую дубовую дверь, обитую сукном, нужно переступить высокий порог и постараться не удариться о низкую притолоку. Все это делалось для того, чтобы тепло не уходило из помещения. Взгляд сразу же притягивает икона в красном углу. А рядом — непривычные окна со слюдяными оконницами (сетка, образованная из нешироких металлических полос, формирует ячейки, в которые вставляются кусочки слюды). Налево от входа — изразцовая печь — непременный атрибут помещений того времени. Яркие полихромные изразцы печей в сочетании с полом, устланным цветным войлоком, стенами, обитыми окрашенным сукном, привозными драгоценными тканями и тисненной золотом кожей, расписными потолками («круг солнца, беги небесные с зодиями и планеты писаны живописью»), радужными оконницами с вызолоченными металлическими переплетами — все это придавало интерьеру пестрый, праздничный, нарядный вид.
На смену традиционным русским лавкам, скамьям и сундукам во второй половине XVII века приходили изысканные образцы европейской мебели, выполненной из драгоценных пород дерева. Стоящие в «гостиной» голландский двустворчатый шкаф из палисандра, комбинированного с черным деревом, созданный немецким мастером шкаф-буфет, украшенный ажурной резьбой с барочными причудливыми масками, и кипарисовый сундук итальянской работы — сами еще «гости» в богатом доме представителя русской знати или самого царя.
Находящиеся у окна деревянный на изогнутых ножках стол и стоящий за ним стул изготовлены русскими мастерами, но с оглядкой на европейские образцы. Стулья и кресла еще были в диковинку и рассматривались во вполне еще средневековом духе как подобие престола, трона, достойного того, чтобы на нем сидела только монаршая особа, представитель царского семейства или патриарх.
Поскольку своего иконостаса в домовом храме российских патриархов — церкви Двенадцати апостолов — не сохранилось, на его месте установлен иконостас из разрушенного в 1929 собора Вознесенского девичьего монастыря, располагавшегося у Спасских ворот Кремля и основанного в конце XIV века вдовой Дмитрия Донского княгиней Евдокией. Он был спасен благодаря стараниям известного реставратора и искусствоведа Н. Н. Померанцева, сумевшего обменять его на иконостас, созданный в середине XIX века.
Великолепная рама иконостаса Вознесенского собора и большинство икон созданы около 1679, в период правления царя Федора Алексеевича. Он состоял из шести рядов: местного, праздничного, деисусного, пророческого, праотеческого и страстного и завершался резным Распятием. Отличительной особенностью алтаря являются перемещение праздничного чина под деисусный и наличие особого страстного цикла, то есть икон, повествующих о последних днях земной жизни Иисуса Христа, Его жертвенной смерти и страданиях (страстях) на кресте. Резная рама выполнена в технике так называемой прорезной или флемской резьбы, пришедшей из Европы через посредство украинских и белорусских резчиков. Наиболее выразительным элементом являются колонки местного ряда, отделяющие иконы друг от друга. Каждая из них словно увита виноградной лозой — одним из символов, связанных с Евхаристией.