1909 ознаменован для Шиле уходом из Академии и основанием «Новой художественной группы» вместе с другими студентами, несогласными с академической системой преподавания.
В этот же год Климт снова способствовал участию работ Шиле в большой выставке, подразумевавшей смотр новейших достижений изобразительного искусства. Картины живописца были продемонстрированы наряду с произведениями таких мастеров, как Винсент Ван Гог (1853–1890), Ян Тороп (1858–1928), Эдвард Мунк (1863–1944).
Покинув стены Академии, Шиле не только начал по-новому изучать анатомию человеческого тела, он открыл для себя его сексуальность. В 1911 художник встретил Валли Ноциль, которая стала моделью для его наиболее выразительных холстов этого периода. Вместе они отправились в Нойленгбах, где в 1912 Шиле арестовали по обвинению в растлении малолетних — при обыске полиция нашла в его мастерской более сотни рисунков, они были сочтены порнографией. В общей сложности живописец провел в заключении немногим более 20 дней. Тогда на свет появилась серия из 12 работ, их главной темой было сложное состояние, в котором находится запертый в камере человек.
«Композиция с тремя обнаженными» позволяет изучить творческий метод Шиле. Изображая фигуры в вычурных позах, художник предварительно выверял положение всех частей тела, выстраивая схему из пересекающихся векторов. Далее на эту схему Шиле наращивал плоть. Стараясь найти верное соотношение масс, покрывающих скелет из направленных отрезков, Шиле мог сделать несколько набросков фигур на основе единой композиционной структуры.
В 1915, через несколько дней после свадьбы, Шиле был призван для прохождения службы в армии — шла Первая мировая война. Он не участвовал в боевых действиях, но ему вменялась работа в лагере для военнопленных, не мешавшая развитию творчества мастера. Там появилась серия графических портретов, изображавших заключенных русских офицеров и солдат.
В 1918 Шиле стал участником 49-й выставки Сецессиона, на которую было отобрано 50 работ художника. Они имели громкий успех, повысивший спрос и цену на его искусство. Не менее успешными были выставки в Праге, Цюрихе и Дрездене.
После смерти Климта весной 1918 высокий интерес к творчеству Шиле должен был сделать его главной фигурой в искусстве Австрии, но этого не случилось. Осенью того же года пандемия испанского гриппа унесла жизни всех членов семьи мастера — Эгона, Эдит и их нерожденного шестимесячного младенца. Художник умер через три дня после смерти супруги, успев за это время сделать несколько набросков с ее изображением. Последней картиной стало пронзительное полотно «Семья» (1918, галерея Бельведер, Вена), на котором он представил себя, жену и маленького ребенка.
Сложные отношения Шиле с матерью, смерть троих братьев в младенчестве стали лейтмотивом серии работ, появившихся в 1908–1915. Эти произведения, наполненные мистицизмом, противопоставлением жизни и смерти, вполне отвечают программе символизма.
Композиция картины «Мертвая мать I» тяготеет к построению образов Мадонны старых мастеров: представлена женщина, нежно обнимающая младенца. Тем не менее здесь нет ни тени умиления сценой — мать мертва, она не дарит жизнь, а забирает ее. Пока живой ребенок скоро последует за ней в царство теней.
Колористическое решение и идея работы обнаруживают также связь с творчеством Мунка, трактовавшего тему материнства с точки зрения боли и страданий. В палитре преобладают темный колорит, землистые оттенки черного. Ребенок, изображенный в центре композиции, является самым ярким цветовым пятном. Он все еще жив, но его судьба предрешена. Своеобразный черный кокон, в котором находится дитя, прильнувшая к нему фигура матери создают впечатление, что вскоре мгла сомкнется и так недавно начавшуюся жизнь полностью поглотит небытие.
В последний раз Шиле затронул тему материнства в картине «Мать с двумя детьми II». Композиционное строение полотна более сложно, чем в ранних произведениях серии. Здесь можно говорить о наложении друг на друга двух иконографических типов Мадонны и их новой трактовке. На картине изображена сидящая женская фигура, укутанная в бесформенное одеяние. Один из детей лежит у нее на коленях. Эта композиция полностью соответствует иконографии Пьеты, к которой обращались такие мастера, как Микеланджело, Тициан и многие другие художники. Второго ребенка женщина обнимает и льнет к нему. В этом случае Шиле снова обращается к иконографии Мадонны с младенцем.