Казнив Уэнтворта, парламент вытребовал себе и судьям постоянные полномочия. Карл помирился с шотландцами, он даже распевал с ними пресвитерианские гимны. Но в Англии росло недовольство пуританами. В какой-то момент показалось, что парламентская оппозиция слабеет, кое-кто из фанатичных ее членов, вроде малоизвестного пока депутата от Кембриджа Оливера Кромвеля (1599–1658), хотел бежать за океан. Очередную «Ремонстрацию» приняли с огромным трудом, и тут король вновь совершил ошибку. Не заручившись поддержкой армии и симпатизировавших ему пэров, он попытался арестовать пуританских главарей — Пима, Хемпдена и др. Те скрылись и сразу же подняли против короля Лондон. Карл не успел оглянуться, как очутился в Йорке, откуда стал взывать к своим сторонникам.
Присланные королю «Девятнадцать предложений», фактически лишающих его верховной власти, ознаменовали начало Гражданской войны. Считается, что в поддержку Карла выступили север и запад страны, но даже в таких сплошь протестантских графствах, как Кембриджшир, многие замки и укрепленные усадьбы выдержали осаду войск «круглоголовых» (так называли солдат парламента за их стрижку). Объяснялось это не только роялистскими симпатиями крупных землевладельцев, но и склонностью к грабежу, которую питали простолюдины, составлявшие основу парламентской армии. Разорению подверглись даже некоторые поместья, принадлежащие парламентариям. Вопреки устоявшемуся мнению, поддержку королю оказали университеты. В Оксфорде расплавили драгоценную утварь, пущенную на нужды роялистской армии, а подобное намерение Кембриджа (!) Кромвель предотвратил силой.
В то же время симпатии горожан, за редким исключением (Йорк, Бристоль), были отданы парламенту, а в городах оседала львиная доля национальных богатств, поэтому парламентская армия оказалась более многочисленной и лучше снаряженной. Даже после битвы при Эджхилле (23 октября 1642 г.), чуть было не завершившейся победой Карла, королевской армии преградила путь на Лондон в два раза превосходившая ее группировка противника. Города в итоге и решили исход кампании 1642–1643 гг. Глостер, Плимут, Гулль — эти очаги парламентаризма в тылу королевской армии истощили ее силы. Англичане еще в Столетнюю войну разучились осаждать города, а их воинская доблесть оставляла желать лучшего с эпохи противостояния Ланкастеров и Йорков.
Умирающий Пим вторично предал свою родину, подписав договор с шотландцами, и в январе 1644 г. многочисленная шотландская армия вновь пересекла реку Твид. А Карл продолжал действовать «по закону». Когда шотландцы маршировали по английской земле, он вместо мобилизации и подготовки войск созывал «контрпарламент» в Оксфорде. В этих обстоятельствах верх взяли самые стойкие — индепенденты с их лидером Кромвелем. При Марстон-Мур (2 июля 1644 г.) «железнобокие» одолели кавалерию принца Руперта Рейнского в тот момент, когда их союзники — шотландцы бежали с поля боя. После победы Кромвель занялся не поиском компромисса, а формированием новой армии — той, которой не хватало Карлу. При Нейзби (14 июня 1645 г.) судьба престола была решена «горсткой бедных, невежественных людей», как лицемерно охарактеризовал Кромвель своих солдат, великолепно экипированных и вдвое превосходящих противника численностью.
Отныне помазанник Божий становился разменной картой в игре двух протестантских группировок — английских индепендентов и шотландских пресвитериан. Шотландцы, которым отдался Карл, оставили мысль о британском Ковенанте, точнее, продали ее за немалую сумму вместе с королем. Напуганный фанатизмом индепендентов, парламент теперь не прочь был примириться с пленником, пользовавшимся к тому же симпатиями народа, как всякий неправедно обиженный и страдающий. Как ни странно, генералы Кромвель и Томас Ферфакс, видя, что армия перестает им подчиняться, тоже захотели договориться с Карлом. И лишь «железнобокие» не желали мира, справедливо опасаясь, что именно их сочтут козлами отпущения.
В этот момент подобно паразитам на теле больного в армейские круги просочились левеллеры, вещающие, что «самый бедный человек в Англии должен жить так же, как и самый великий». Заразившиеся «социалистическими» идеями солдаты становились неуправляемыми, но Кромвель своей железной волей сумел остановить сползание страны в революционный хаос. Протрезвевшие «железнобокие» отбросили нелепые мечты о всеобщем равенстве и вновь сплотились вокруг своих командиров. Немногочисленное королевское войско потерпело поражение при Колчестере, а шотландцев и валлийцев, как всегда, легко поколотили. Карл, безвольно пересидевший все эти события в замке Карисбрук, отправился оттуда на плаху.