В апреле 1918 года образуется Бакинский Совет народных комиссаров, куда вошли в основном большевики и несколько левых эсеров. Председателем Совнаркома стал Шаумян, народными комиссарами — Джапаридзе, Нариманов, Корганов, Фиолетов, Колесникова и другие. Азизбекова назначили бакинским губернским комиссаром. Микоян в Совнарком не вошел и комиссаром не был (он являлся пропагандистом и членом Бакинского комитета партии большевиков).
Правительство Грузии дало разрешение на ввод немецких войск на свою территорию и их проход в Баку. Вскоре то же сделали армянские и азербайджанские сепаратисты, объявившие о создании своих независимых государств.
В июне 1918 года турецкие войска, вторгшиеся на Кавказ, начали наступление на Баку. Анастас Микоян ушел на фронт комиссаром 3-й бригады Красной Армии.
В Баку состоялись массовые митинги, на которых поднимался вопрос о приглашении британских войск из-за Каспия в связи с турецкой угрозой. Многие надеялись, что британские войска придут на помощь своим «братьям-союзникам» против турок и спасут город.
29 июля 1918 года турки прорвали фронт. В Баку произошел переворот, 31 июля власть захватили меньшевики, эсеры и дашнаки, образовав «Диктатуру Центрокаспия». Они пригласили для защиты от турок британские экспедиционные войска из Ирана и послали за ними в персидский порт Энзели корабли Каспийской военной флотилии.
4 августа корабли с британскими войсками стали подходить к пристаням Бакинского порта. На созванной Рабочей конференции Шаумян предложил эвакуировать войска Красной Армии в Россию, так как удержать власть в борьбе с турками и одновременно с английскими войсками не удастся. На помощь Советской России рассчитывать не приходилось из-за крайне тяжелого военного положения большевиков на Волге. Микоян был в числе голосовавших против такого решения конференции и решил остаться в Баку для подпольной работы.
На пароходы погрузились красноармейцы отряда Петрова, члены Совнаркома («бакинские комиссары») и другие руководящие работники. Они отплыли в Астрахань, но вскоре их окружили в море корабли военной флотилии «Диктатуры Центрокаспия» и силой возвратили в Баку. Красноармейцев обезоружили и отпустили на этих пароходах в Астрахань, а 30 человек, в том числе бакинских комиссаров и других ответственных работников во главе с Шаумяном, арестовали.
Меньшевики и эсеры провели выборы нового состава Бакинского Совета, но, несмотря на чинимые преграды, были избраны 28 большевиков, в том числе девять из числа арестованных, а также Анастас Микоян и Георгий Стуруа.
14 сентября 1918 года турецкие войска вплотную подошли к Баку, меньшевики и эсеры стали покидать город, возникла угроза расправы турок над арестованными. Микоян организовал депутацию членов Бакинского Совета к руководителям «Центрокаспия» с требованием спасти арестованных от расправы, для чего или освободить их, или отправить в Астрахань. Договорились с капитаном советского парохода «Севан», прибывшего из Астрахани, об отправке на нем освобожденных из тюрьмы. Пароход должен был перейти к причалу недалеко от Баиловской тюрьмы, где сидели комиссары.
Микоян пришел в «Центрокаспий» и застал там члена «Диктатуры» Велунца, который, боясь ответственности за возможную расправу над заключенными, согласился выпустить их из тюрьмы для эвакуации. Мой отец получил письменное распоряжение, взял солдат конвоя, и они подошли к тюрьме. Начальник тюрьмы обрадовался возможности в этой сложной ситуации избавиться от заключенных. Они уходили от тюрьмы уже под пулями турок.
Англичане, не имея достаточных сил, не смогли противостоять туркам и покинули Баку на пароходах. 15 сентября турки заняли Баку. Командующий турецкими войсками Нури-паша на три дня отдал город на растерзание аскерам (солдатам). Началась резня, массовые убийства, грабежи, поджоги, изнасилования, особенно в отношении армян. Их было вырезано около 30 тысяч человек. (Турки ушли из Баку в ноябре 1918 года, когда Германия и Турция подписали перемирие с Антантой. Их место заняли англичане.)
Парохода «Севан» на условленном месте не оказалось, и большевикам пришлось эвакуироваться на пароходе «Туркмен», который уже был полон беженцами и вооруженными солдатами. Поднялись на пароход также сыновья Шаумяна, Сурен и Левой (Лева), жена Джапаридзе и жены других руководителей, а также руководитель партизан Татевос Амиров.
«Севан» шел в Петровск (ныне — Махачкала), куда перебралось правительство «Центрокаспия». Шаумяну удалось уговорить капитана идти в Астрахань. Под покровом ночи «Туркмен» отделился от каравана, взяв курс на Астрахань. Но судовой комитет, состоявший из эсеров, узнав о перемене курса, принял решение идти в оккупированный англичанами Красноводск, где, по мнению матросов, не было так голодно, как в Астрахани. К вечеру 16 сентября пароход подошел к Красноводску, но ему не дали подойти к причалу. На прибывший к пароходу баркас сошли также плывшие на «Туркмене» два британских офицера и какой-то армянин с Георгиевским крестом.