В ноябре 1919 года на тридцать седьмом году жизни скончалась жена Войно-Ясенецкого Анна. Муж воспринял эту трагедию как свою личную вину. Дело в том, что, принимая больных, он никогда не брал у них каких-либо подношений, хотя умирающая Анна неоднократно просила приносить в дом хоть какую-нибудь пищу для детей и для неё, тяжело уходившей из жизни. Но изменить своим принципам он был не способен. Нередко, задерживаясь до ночи в операционной, он и сам оставался голодным. Не способен он был отступиться и от другого своего принципа. К началу двадцатых годов советская власть в Средней Азии укрепилась и ужесточилась. В частности, "красные" стали всё более нетерпимы к церкви и верующим. В операционной городской больницы уже много лет висела икона Божьей Матери. Перед операцией хирург имел обыкновение, глядя на икону, осенять себя крестным знамением. Очередная ревизионная комиссия приказала икону из операционной убрать.
В ответ Войно заявил, что из больницы уходит и вернётся только после того, как икона снова займёт своё место. Вмешалось, однако, обстоятельство непредвиденное: крупный партиец привёз в больницу для неотложной операции свою жену. Женщина эта категорически заявила, что никакого другого врача, кроме Войно-Ясенецкого, не пожелает. Войно вызвали в приёмную, но он повторил, что, согласно своим религиозным убеждениям, в операционную не пойдёт, пока там не повесят икону. Доставивший больную поклялся, что икона завтра же будет возвращена на место. Врач поверил и оперировал женщину, которая в дальнейшем вполне поправилась. Партиец не обманул: икона на следующее же утро была возвращена.
То был первый эпизод в борьбе знаменитого хирурга за своё право на веру в Бога. За ним последовала целая эпопея подобных же конфликтов. Войно-Ясенецкий решительно отстаивал "идейную независимость" и долгое время оставался в этой войне победителем. Он открыто посещал церковь, на церковном съезде выступил с речью о положении в ташкентской епархии, а в 1921 году принял предложение местного епископа и стал священником. Так выразил он свой протест против бездушия и всеобщего повального аморализма, охватившего страну. Стать в эти годы священником значило бросить вызов тому всеобщему страху, в котором затаилась наиболее порядочная часть русской интеллигенции. "Войно не был философом идеологического направления или биологом-виталистом”, — вспоминает один из его учеников. Строго материалистической была и его диссертация "Регионарная анестезия", ничего мистического не было и в монографии "Очерки гнойной хирургии", выдержавшей три издания в 40-х — 50-х годах. Для него, как и для физиолога И. П. Павлова, наука и вера не конкурировали друг с другом. В основе его религиозных акций лежала прежде всего проблема нравственности. Он не принимал советского аморализма, приобретшего особенно жёсткие формы в Ташкенте двадцатых годов.
Общественное поведение Валентина Феликсовича в период между 1920 и 1923 годами представляется сплошным парадоксом. Он выступал в суде, где партийный босс номер один пытался засадить в тюрьму одного из ведущих врачей города, обвиняя медика во "вредительстве". Когда икону в операционной сняли вторично, Войно снова перестал ходить в больницу и в Университет, где читал лекции. Он вёл себя в полном соответствии с любимой пословицей В. Г. Короленко и Л. Н. Толстого: "Делай, что должен, и пусть будет, что будет".
На фоне массовых арестов и даже расстрелов деятелей церкви неуступчивый Войно согласился чтобы его рукоположили в епископы Туркестана. Обряд рукоположения состоялся тайно в маленьком городке Педжикенте, где отбывали ссылку два других православных епископа. Незадолго до того Войно, опять-таки в тайне, принял обет монашества, как монах он получил имя Лука. Разумеется, Валентин-Лука отлично знал, что подобных демонстраций коммунисты ему не простят. Весть о рукоположении немедленно разнеслась по городу и вызвала восторг верующей публики. Не дремали и тогдашние гебешники.
Ночью они вломились в квартиру профессора-епископа, учинили обыск (а что было искать-то?) и в "чёрном вороне" увезли его в тюрьму. Войно к этому был готов. За несколько часов до ареста он написал Завещание, обращенное к православным и верующим, призывая их игнорировать состоящую на службе у большевиков так называемую "живую церковь".