Бадаеву и Шальневу не простили то обстоятельство, что они, несмотря на давление со стороны, предпочли честно исполнить свой профессиональный долг, что в конечном счете и позволило органам правопорядка покончить с деятельностью опаснейшей преступной группировки. По прямому распоряжению министра в отношении этих двух людей было произведено внутреннее расследование. Комиссии удалось без особого труда выявить в их действиях элементы самоуправства и злостного нарушения целого ряда ведомственных инструкций, а Бадаеву вдобавок еще припомнили и его прежние «грешки». Последовали оргвыводы: оба были сняты со своих должностей, понижены в звании. Бадаева отправили служить старшим опером в ОВД Южное Тушино с трехмесячным испытательным сроком. Шальнев же уволился из органов и работает теперь консультантом в одной из частных фирм. Следователя Парфенова вычистили из Генпрокуратуры в Хамовническую райпрокуратуру. Впрочем, обещали вернуть сразу же, как только утихнет шум.
Полковник Мелентьев был помещен в одиночную камеру Лефортовской тюрьмы. Ему и некоторым другим сотрудникам службы было предъявлено обвинение по широкому спектру статей Уголовного кодекса, по большей части расстрельных. Среди обвинений фигурировало и такое – сознательное сотрудничество с разведслужбой иностранного государства, а также подготовка и осуществление террористических актов на территории Российской Федерации.
Судьба Мелентьева известна – он повесился в своей камере спустя неделю после задержания. Каким образом ему удалось это осуществить и откуда в тщательно охраняемой одиночке взялась веревка, выяснить не удалось. Судьба его коллег неизвестна: однажды ночью их вывезли из Лефортова в неизвестном направлении, и больше они сюда не возвращались. Знающие люди утверждали, что их разбили на мелкие группы и перебросили в следственные изоляторы Владимира и Ярославля, подальше от Москвы, где их могут достать даже в Лефортове. Но более трезвые головы помалкивали, понимая, что их скорее всего попросту ликвидировали.
Директор ФСБ генерал-полковник Коновалов и его первый зам Переверзев сохранили свои посты, хотя оба получили взыскания от первого лица государства с формулировкой: «предупреждены о неполном служебном соответствии».
Дмитрий Щербаков весь июль и половину августа находился под следствием. Команда «Шторм» приказом директора ФСБ была расформирована, но людей всех сохранили, переведя их в кадровый резерв УСО ФСБ. 15 августа дело, заведенное на командира спецгруппы, было закрыто. Его также вывели в кадровый резерв ФСБ, попутно изыскали возможность предоставить ему месячный отпуск. Но догулять его ему не дали, уже 2 сентября он получил приказ явиться на прием к директору ФСБ. Из кабинета Коновалова Щербаков вышел полковником и с новым предписанием: он был назначен заместителем начальника Управления специальных операций ФСБ.
Сергей Алексеевич временно отошел от дел, его обязанности в фонде исполняет Лианозов. В июле Щербаков дважды общался в Барвихе с главой государства, но содержание их бесед осталось тайной. Они планировали новые встречи, но в этот момент здоровье президента резко ухудшилось. Специалисты утверждали, что требуется провести операцию на сердце, и такая операция была запланирована на октябрь.
У Щербакова было немало недоброжелателей, но после известных событий и его самого, и созданную им организацию на время оставили в покое. Возможно, сыграло свою роль то обстоятельство, что недомогающий президент во время одного из августовских визитов в Завидово главы правительства обронил в разговоре две-три фразы, касающиеся Щербакова. Примерно в то же время в коридорах власти получил распространение слух: Щербаков в большой силе. Сам же генерал, когда ему поведали об этих слухах, лишь недоверчиво улыбнулся, заметив при этом, что сезон охоты еще не закончен.