Когда сторонники Матюшенко кинулись за оружием, капитан 1-го ранга Голиков крикнул в сторону батарейной палубы: «Кто не хочет участвовать с бунтовщиками, переходи ко мне!» Одновременно он распорядился дать сигнал общего сбора, а фельдфебелям вывести команду на ют.
В это время до продолжавших обед офицеров-механиков донесся громкий крик старшего офицера, вслед за этим послышался крик сотен голосов, всем стало очевидно, что произошло нечто из ряда вон выходящее. Теперь находящимся в кают-компании было уж не до обеда.
Из воспоминаний находившихся в кают-компании офицеров: «Нестройный крик толпы, походивший на «ура», и топот ног, бегущих в батарейную палубу, откуда лишь треск разбиваемых пирамид». После этого прибежавший вахтенный квартирмейстер прокричал, что командир требует всех офицеров на ют.
Впоследствии штурман Гурин объяснял, что не мог идти на ют без фуражки, за которой якобы и побежал. Когда же взял фуражку, идти на ют уже не решился, а отправился на один из сигнальных постов. Младший артиллерийский офицер мичман Бахтин и старший механик Цветков также побежали в свои каюты, где взяли сабли. Когда они вернулись в кают-компанию, там уже было пусто. Тогда Бахтин решил переждать ситуацию в каземате 6-дюймового орудия, а Цветков спустился в машинное отделение.
Остальные четыре офицера (минный механик Заушевич, приехавший из Питера лейтенант Григорьев, инженер Николаевского завода Харкевич и поручик Коваленко) спрятались в каюте Коваленко и закрылись на ключ.
Оба врача, которых Голиков отправил с юта опечатывать борщ на камбуз, поняв, что все зашло слишком далеко, разбежались.
Что касается обедавшего в одиночестве за обеденным столом в командирском салоне полковника Шульца, то он перешел в отведенный ему для проживания адмиральский салон в ожидании развязки.
Вооруженный браунингом, на ют прибыл только гидравлический механик поручик Назаров. Из воспоминаний Назарова: «Я с лестницы, ведущей на спардек… глянул вниз и увидел… сбившихся в кучу матросов возле опущенных стволов в сильнейшем возбуждении, громко кричащих. В дверях, ведущих из закрытой батареи на шканцы, стоял лейтенант Тон. Я слышал, как он громко и внятно спросил: “Чего же вы хотите?” На что ответили ему дружным криком “Свободы! Свободы!” Лейтенант Тон слегка усмехнулся и, как мне показалось, ответил словами: “Ну, этого не будет”. После этого шум и крики усилились…»
Следом за Назаровым на ют прибыли вахтенный начальник прапорщик Алексеев, вахтенный механик подпоручик Колюжнов, младший минный офицер прапорщик Ястребцов и ревизор мичман Макаров.
На юте уже находились Голиков, Гиляровский, вахтенный офицер Ливийцев, старший минный офицер Тон и старший артиллерийский офицер Неупокоев. Рядом с ними стоял вооруженный караул из 12 матросов. Чуть поодаль стояли несколько сотен матросов, которые не желали бунтовать.
Только тогда Голиков приказал караулу зарядить ружья, а находящимся на шканцах офицерам — пересчитать всю оставшуюся в строю команду. Одновременно он распорядился кондукторам и фельдфебелям идти по всему кораблю и вызывать матросов на ют. В принципе решение это было правильным, потому что только так можно было бы собрать вокруг себя подавляющее большинство команды и дать отпор бунтовщикам. Но Голиков, увы, опоздал с этим решением.
Теперь ситуация для командира, офицеров и поддерживающих их матросов сложилась критическая. После захвата обоих входов на батарейную палубу и господствовавшего над ютом спардека они оказались начисто отрезаны от всего корабля. При этом офицеры находились на открытом пространстве, тогда как мятежники — в укрытии. Впрочем, оставался еще один люк, ведший с юта в низы. Часть матросов кинулась туда, чтобы спрятаться, всего около полутора сотен человек.
В это время из батарейной палубы выбежал Матюшенко с криком «Что вы, братцы, неужели в своих стрелять будете?» Разбив о палубу винтовку и бросив ее в сторону командира, он, крикнув: «Смотри, Голиков, будешь завтра висеть на ноке», — снова скрылся в батарейную палубу. Голиков приказал старшему офицеру вместе с караулом спуститься и поймать Матюшенко.