Вскоре наверху остались в основном подручные Матюшенко и офицеры, после чего и началась расправа над последними. В это время со спардека также раздались ружейные выстрелы. Это подручные Матюшенко прицельными выстрелами убили лейтенанта Неупокоева и часового у кормового флага Мятеж начался! Находившиеся на шканцах матросы в панике бросились к люку адмиральского помещения, куда спустился командир Голиков.
Любопытные показания оставил кочегарный квартирмейстер Евтихий Рубан, показав, что в начале мятежа спросил кочегара Валобуева, зачем ему оружие, на что тот ответил, что оружие раздается по приказу судовой комиссии «надежной команде с тем, что если кто будет сопротивляться комиссии, то чтобы убить его».
О какой судовой комиссии рассказывает Е. Рубан, совершенно непонятно, ведь известная судовая комиссия «Потемкина» была создана лишь после захвата власти на корабле, а здесь речь идет о комиссии, которая готовила мятеж и им руководила Заметим, что больше об этой таинственной комиссии никто никогда больше не проговаривался. Наличие данной руководящей структуры у мятежников разом отметает все утверждения о стихийности событий на «Потемкине». И такое свидетельство не единично.
Из показания помощника кока Самочкина следует, что в начале мятежа на камбуз зашел помощник кока Рыженков с винтовкой, который сказал, что «винтовку ему дали и приказали стрелять, но он не стрелял, а только ходил с винтовкой».
По юту метались сотни людей, пытаясь найти спасение от выстрелов, которые раздавались все чаще и чаще. При этом матюшенковцы кричали «Убит! Убит!», чем еще больше увеличивали панику. По воспоминаниям поручика Назарова матросы бросались в командирский люк, так что образовали пробку, через которую невозможно было пробиться. Другая часть матросов метнулась к флагштоку. Оказавшийся в этой толпе мичман Макаров был ее напором сброшен за борт.
Вместе с остальными поддавшись всеобщей панике, разбежался и караул. Мятежники между тем вырвались на верхнюю палубу, причем весьма организованно — сразу из двух дверей батарейной палубы, с криком: «Бей тех, у кого нет винтовки!» Это значило, что они были готовы убивать не только офицеров, но и не поддержавших их матросов. Первыми выбежали на шканцы с оружием комендор Иван Задорожный, минный машинист Тихон Мартьянов, матросы Александр Заулошнов, Сергей Гузь и Федор Гуцаев.
Есть сведения, что по людям в воде в азарте стреляли даже из 47-мм пушки. Правда, совершенно непонятно, откуда у орудия оказались патроны.
Что касается капитана 2-го ранга Гиляровского, то он так и остался стоять за кормовой башней. Недалеко от него держались и три последних матроса караула. Матюшенко, крича: «Довольно они нас вешали, будем их вешать!», бросился за кормовую артиллерийскую башню. Последние караульные, увидев Матюшенко с винтовкой, разбежались.
Кто и когда «вешал» Матюшенко, об этом история умалчивает, но то, что сам Матюшенко будет вешать, в этом можно было не сомневаться!
Далее описания событий, происшедших за кормовой артиллерийской башней, разнятся. По одной из версий, в это время капитан 2-го ранга Гиляровский, спасаясь от пуль, с тремя оставшимися рядом с ним матросами караула попытался уйти под прикрытие башни. Но из батарейной палубы якобы выскочил матрос Вакуленчук с винтовкой в руках. Заметив целившегося в него Вакуленчука, Гиляровский будто бы выхватил из рук караульного винтовку и выстрелил в матроса. Раненый Вакуленчук отбежал к борту и, потеряв равновесие, упал в воду. В это время со спардека раздался новый залп, которым был убит Гиляровский. По другой версии, в Гиляровского стрелял Матюшенко. Есть свидетельства, что, уже будучи раненным и лежа на палубе, Гиляровский кричал Матюшенко: «Я с тобой, мерзавец, еще посчитаюсь!» Подбежавшие к нему подручные Матюшенко добили старшего офицера несколькими выстрелами в упор и выбросили за борт.
Как бы то ни было, но почему-то одновременно за кормовой артбашней оказались сразу трое — старший офицер корабля капитан 2-го ранга Гиляровский, Вакуленчук и Матюшенко. Тому, что там произошло дальше, у нас будет посвящена отдельная глава. Пока же скажем, что в результате происшедшего за артбашней был убит Гиляровский, смертельно ранен Вакуленчук, Матюшенко же нисколько не пострадал.
В это время мятежники заполнили ют, сгоняя в кучу остальных матросов. Запасшись пачками патронов, они разделились на группы и начали поиски разбежавшихся офицеров. Часть отправилась в офицерский коридор, проверить офицерские каюты. Прятавшиеся там офицеры, поняв, что пришел их черед, попытались спастись вплавь.