По требованию потемкинцев командир миноноски лейтенант П.М. Клодт фон Юргенсбург развернул ее кормой к броненосцу, а затем на лодке отправился на «Потемкин».
Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспеченного командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны, избили и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: дескать, команда миноносца, увидев происходящее на броненосце, сама примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен под прицелом направленных на него орудий броненосца.
После этого с броненосца на миноноску перешли два машиниста, два кочегара, рулевой и еще около десяти вооруженных винтовками матросов. Караул арестовал офицеров и вернулся на броненосец. Но потемкинские машинисты, кочегары и рулевой в дальнейшем почти постоянно находились на борту миноноски, заменив соответствующих специалистов. Вероятно, потемкинцы не доверяли команде миноноски и поэтому держали на ней своих людей, которые не только стояли вахты и наблюдали за настроением команды, но также вели революционную агитацию.
Историк Б.И. Гаврилов пишет. «Восставшие заняли важнейшие посты на корабле в соответствии с заранее намеченным планом (значит, план все же был и мятеж не являлся стихийным!. — В.Ш.). В то время как революционные моряки бросились за оружием, часть команды, более 200 человек, преимущественно новобранцы, в растерянности металась по палубе. Их пытался хоть как-то организовать член одной из революционных групп Я.А. Горбунов. Командир Е.Н. Голиков, еще на что-то надеясь, приказал офицерам Д.П. Алексееву, Н.Я. Лизинцеву, А.Н. Макарову и Н.С. Ястребцову переписать фамилии не желающих бунтовать новобранцев, которых пытался поднять Горбунов. На миноноску он распорядился передать приказ подойти к “Потемкину”. Но, едва фельдфебель В.И. Михайленко начал передавать это распоряжение, послышался крик: “Кто семафорит, тот будет, как гадина, выброшен за борт!” Б.Н. Голиков рассчитывал бежать на миноноске вместе с офицерами. Но было поздно. Офицеры стали бросаться за борт. За ними последовала часть несознательных матросов.
Пока наверху команда расправлялась с офицерами, кочегары и машинисты под руководством С.А. Денисенко и Е.К. Резниченко, выполняя план восстания, готовили корабль к походу. Машинные кондукторы не оказали восставшим никакого сопротивления. Специально выделенные матросы периодически информировали кочегаров и машинистов о ходе вооруженной борьбы на верхней палубе. Машинисты собирали разобранные накануне машины.
А тем временем старший инженер-механик броненосца подполковник корпуса инженер-механиков флота Н.Я. Цветков пробрался в кочегарку. Он приказал хозяину трюмных отсеков К. Давиденко затопить пороховые погреба, так как по всему кораблю прошел слух о готовящемся взрыве броненосца. С.А. Денисенко, появившийся в кочегарке вслед за Н.Я. Цветковым, сообщил кочегарам о ходе восстания, убедил их в ложности слуха о взрыве и велел разводить пары. Надежные матросы встали на караульные посты у всех клапанов затопления».
Позднее мятежники пустят слух, будто бы это пытался взорвать броненосец его командир капитан 1-го ранга Голиков, чтобы разом покончить со всеми. Скорее всего, эта «утка» произрастает именно из попытки механика Цветкова затопить водой артпогреба.
После того как власть на корабле окончательно перешла в руки мятежников, Матюшенко велел собрать «авторитетов», чтобы выслушать их предложения о дальнейших действиях. Некоторые предлагали тут же взорвать броненосец, другие — уходить в иностранный порт, третьи — идти с повинной в Севастополь. Затем слово взял сам Матюшенко и объявил, что броненосец пойдет в Одессу, где его уже ждут восставшие рабочие. После этого на верхней палубе был собран митинг, где Матюшенко снова объявил о походе в Одессу, там же для руководства всеми делами была избрана корабельная комиссия, возглавил которую, разумеется, сам же Матюшенко.
Историк Гаврилов пишет: «Членов комиссии выбрали из наиболее авторитетных, технически грамотных и преданных общему делу товарищей. Кандидатуры для утверждения по списку, составленному социал-демократами, предлагал команде В.П. Кулик Точный состав комиссии неизвестен. Все писавшие мемуары называют совершенно разное число ее членов. А.П. Березовский определял число ее членов в 22—25 человек, К.И. Фельдман — в 32, С.Ф. Найда и некоторые другие — в 15, а П.П. Гришин считал, что состав комиссии доходил до 36 человек. Столь значительное расхождение вызывается тем, что на заседаниях комиссии обычно присутствовали не только ее постоянные члены, но и многие другие политически активные матросы, формально не входившие в состав комиссии».