Затем Голиков служил в гвардейском экипаже и несколько лет был флаг-офицером в плаваниях на императорских яхтах. Интеллигентный, грамотный и умный лейтенант пришелся по душе императору Александру III, и тот всегда с удовольствием брал его с собой в море. Именно тогда будущий командир «Потемкина» достаточно близко познакомился и с будущим императором Николаем, который относился к флаг-офицеру с большим уважением и запросто называл его Женей. В 1883 году Голиков был на коронации Александра III в Москве, что являлось большим доверием со стороны царствующей семьи. Однако придворная служба не удовлетворяла боевого офицера, и в 1885 году он переводится на Черноморский флот старшим офицером на канонерскую лодку «Уралец». Несмотря на расположение императора, делать карьеру настоящему моряку надо было все же на боевых кораблях. А затем началось многолетнее командование Голиковым различными кораблями и судами: транспорт «Псезуапе» и шхуна «Гонец», броненосец береговой обороны «Новгород» и судно «Эриклик», канонерская лодка «Уралец» и транспорт «Березань». При этом Голиков являлся признанным знатоком парусного спорта. В 1888 году Голиков стал инициатором создания яхт-клуба в Николаеве и первым его руководителем
В 1903 году Голиков получил назначение на достраивающийся эскадренный броненосец «Князь Потемкин-Таврический». С началом Русско-японской войны вице-адмирал Макаров запросил Морское министерство прислать Голикова к нему в Порт-Артур (кроме Голикова он просил прислать к нему капитана 1-го ранга Миклуху и нескольких других офицеров, которых лично знал по боевым делам в Турецкую войну). Однако капитан 1-го ранга Голиков был оставлен на Черном море. Дело в том, что никто тогда еще не знал, как пойдет война, и в министерстве имелся план посылки на Дальний Восток отряда черноморских кораблей, и в т.ч. и «Потемкина». Когда же этот поход был отменен, Голикову был поручен скорейший ввод сильнейшего броненосца Черноморского флота в боевой состав, чем, собственно, летом 1905 года он и занимался.
В воспоминаниях матюшенковца Н. Рыжего командир броненосца Голиков предстает таким: «…Выше среднего роста, борода с проседью в форме лопатки, тупое выражение лица, манеры аристократа». Насчет манер аристократа спорить сложно, но вот насчет «тупого выражения лица» имеются сомнения. На дошедшем до нас портрете Е. Голикова у него, наоборот, на редкость интеллигентное и приятное лицо. Впрочем, для матроса Н. Рыжего идеалом интеллектуала, видимо, был приблатненный корабельный «пахан» Матюшенко.
И.И. Пономарев в книге «Герои “Потемкина”» пишет. «Голиков… озверел. Он перестал, уезжать на ночь домой, оставался на броненосце и каждую ночь обходил кубрики. Голиков наполовину сократил команде время на обед и стирку белья. Матросы вынуждены были стирать по ночам. С утра до вечера матросов гоняли то на ученья, то на работы. По приказанию Голикова ввели ежедневное мытье палуб с протиркой песком Матросов избивали за самые малейшие проступки. Ухудшилось их питание».
О питании мы уже говорили. Командир, который в день мятежа договаривается с местными рыбаками о поставке на корабль большого количества свежей рыбы для улучшения матросского стола, — это, скажу я вам (как человек, прослуживший в российском ВМФ более 30 лет), очень и очень заботливый командир. А в чем же остальные зверства Голикова? В том, что мало сходил с корабля и все силы отдавал приведению корабля в нормальное боевое состояние? Командир обходил по ночам кубрики! Так это, кстати, вообще вменялось в обязанность офицерам на советском флоте! Голиков делал это по собственной инициативе, что тоже говорит о нем только как о трудолюбивом и ответственном командире. То, что с утра до вечера на корабле игрались учения и проводились работы, так для этого, собственно, матросы и служат, а не для того, чтобы валяться пузом кверху на палубе. О ежедневном мытье палубы я уже молчу! Корабль на то и корабль, чтобы на нем ежедневно проводилась приборка, причем несколько раз! Так происходит на всех кораблях нашего ВМФ и сегодня! Насчет избиений позволю себе вообще не согласиться с Пономаревым, так как даже при всей своей предвзятости ни один из реальных потемкинцев в своих мемуарах не привел ни одного акта избиения матроса офицерами броненосца. Увы, книга И. Пономарева «Герои “Потемкина”» — одно из многих историко-фантастических произведений на «потемкинскую» тему.
Отметим, что помимо командования кораблем Голиков серьезно занимался расчетами организации централизованной стрельбы отрядом кораблей в морском бою. Именно из-за отсутствия такой централизации в ведении огня в определенной мере было проиграно Цусимское сражение. После смерти Голикова его работу продолжит контр-адмирал Цывинский. Результаты этой деятельности будут потрясающими, и к началу Первой мировой войны российский флот стрелял точнее всех в мире. К 1905 году по возрасту, прохождению службы и заслугам капитан 1-го ранга Голиков был уже вполне достоин контр-адмиральских эполет. Скорее всего, все так бы и произошло, если бы не трагические события июля 1905 года.