Но вскоре к гетману стали приходить известия из городов и сел, что посланные им урядники и помощники оскорблены и изгнаны, а многих поляки и убили, и что польские войска собираются в Черкассы и в Белую Церковь в полном вооружении. Стало ясно, что в планах поляков предусмотрено покончить с независимостью русского народа, лишить его своей веры и ополячить. Поэтому Наливайко вынужден был собрать свое войско в Чигирине и стал обозом над рекой Тясмин, где, укрепив свой лагерь окопами и артиллерий, стал ждать действий поляков. Они вскоре явились большим числом под руководством Коронного гетмана Жолкевского. Наливайко сперва выставил против них на возвышении три белых хоругви, т. е. знамена с крестами, с вышитым на них девизом: «Мир христианству, а на виновника – Бог и его крест». Поляки же напротив знамен, которые призывали к миру, выставили на виселице трех малороссийских урядников – Богуна, Войновича и Сутыгу, которых гетман послал в город. На их телах виднелась надпись: «Смерть бунтовщикам!»
Поляки начали атаку на казацкий лагерь. Наливайко заранее устроил в потайном месте за табором сильную засаду из отборного войска, выстроенного фалангой. Когда началась с обеих сторон сильная стрельба из пушек и мушкетов, он вывел свою фалангу из засады и ударил неожиданно по самому центру польской армии. Одновременно двинулись казаки из табора и, поставив поляков между двух огней, смешали их, нанеся им жестокое поражение. Убийство и сеча продолжались более семи часов. Казаки, имея перед глазами бесчестно замордованных своих товарищей, так ожесточились против поляков, что и слышать не хотели о согласии или извинениях. Раненых и поваленных на землю добивали, тех, кто бросался в реку, и утопающих вытягивали арканами и резали. Словом, спаслись бегством только те, которые имели быстрых коней, а остальные погибли. При разборе трупов подсчитано, что поляков погибло 17 330 человек. Мертвых поляков собрали вокруг виселицы, на которой висели товарищи казаков, и там зарыли, а своих товарищей торжественно погребли в Чигиринской церкви Преображения Господнего.
Гетман Наливайко после первой битвы с поляками, которая завершилась так удачно, разделил свои войска на две части, одну он отправил в заднепровские и задеснянские города с приказом изгонять оттуда поляков и духовенство, зараженное Унией, а сам с другой частью войска пошел той стороной, что между Днепром и Днестром. Проходя эти территории, войска имели много стычек и боев с поляками, которые находились в городах Малороссии или приходили на помощь из Польши, но каждый раз их разбивали и разгоняли, а добычей казаков были их обозы и оружие. Очищая Малороссию от поляков и Унии, гетман был вынужден два свои города, Могилев над Днестром и Слуцк над Случью, в которых были сильные польские гарнизоны и многие униаты там скрывались, делая сильные вылазки, добывать штурмом. Эти города были полностью сожжены и разрушены, а поляки убиты до последнего. И все эти походы и битвы продолжались в течение трех с половиной месяцев. Наконец сошлись гетман и полковник Лобода над рекой Сулой. Здесь они атаковали обоз с войсками двух гетманов – Коронного польского и Литовского, окружили его и уже часть даже захватили, но прибыли в это время посланцы из Варшавы от короля и остановили битву. Король писал всем трем гетманам, чтобы военные действия они прекратили немедленно и подписали с русским гетманом трактат о вечном мире с утверждением прав и свобод русского народа и скрепили его присягой. Король со всеми своими чинами и Сеймом дарит войску и русскому народу полную амнистию, забыв навеки все прошлое, подтвердив их права и привилегии на вечные времена. Таким образом, первая война с поляками закончилась, трактат подписан и присягою с обеих сторон утвержден. Войска, внешне проявляя приязнь, но косо поглядывая друг на друга, разошлись по домам.
Распустив войска и вернувшись в Чигирин, гетман Наливайко занялся восстановлением быта городов и сел, разрушенного войной, и очищением церкви от духовенства, зараженного Унией. Некоторые священники искренне отреклись от той заразы, а другие прикидывались такими, но на самом деле они жалели о потерянной власти над народом, данной им поляками в виде пятнадцати домов с прихожанами, превращенными в их рабов. Каждый прихожанин должен был договариваться с попами о плате им за христианские требы, в том числе Сорокоуст, субботники на мертвых и венчание молодых. В этих случаях были долгие и убеждающие просьбы прихожан перед попами, называлось это «еднать попа», и попы, обсчитав достаток просителя, требовали как можно большую плату, а те – о снижении, с земными поклонами, а часто и со слезами. Даже поговорка тогда родилась: «Жениться не страшно, а страшно попа еднать».