Закрывая двери университета перед представителями трудовой массы и стараясь удержать другие классы населения в их «прирожденном состоянии», дворянское правительство в первое время затрудняло также доступ к образованию детям духовенства, купцов, мещан и мелких чиновников. Однако, с развитием в России торгово-промышленных отношений, господствующий класс не только стал допускать в школы перечисленные группы лиц, образовавших среднее сословие, но даже поощрял его стремление к просвещению, стараясь использовать способности и знания нарождающейся буржуазии в своих экономических интересах и заставляя ее служить его политическим целям. Как ни противились закоренелые крепостники реформам Сперанского, экономика побеждала, и к концу двадцатых годов служилая бюрократия в значительной части пополняла свои ряды окончившими университет детьми духовенства и мелкого чиновничества.
Таким образом Пирогов довольно легко попал в рассадник «наук, счисляющихся между благороднейшими упражнениями человеческими». Конечно, в галерее профессоров Московского университета не все были подобны представленным выше ископаемым. Наряду с боявшимся тени Семирамиды профессором Черепановым был скептик и отрицатель М. Т. Каченовский, убогого Гаврилова сменял способный А. Ф. Мерзляков, клещевинному фармакологу Котелыницкому противостояли знаменитый зоолог Г. И. Фишер фон Вальдгейм и европейски образованный ботаник Г. Ф. Гофман, рядом с Ловецким и Мудровым преподавал на медицинском факультете друг великого Гете, ученейший анатом Юст-Христиан Лодер. Правда, и он взбирался на верхушку амфитеатра своей аудитории, чтобы проверить правильность надписи о руке божьей, создавшей человека, и он, обмолвясь на лекции заявлением о мудрейшей природе, спохватывался, поправляя свою ошибку прибавкой о мудрейшем творце природы. Но все-таки у Лодера занимался Пирогов с увлечением анатомией, которую профессор преподавал наглядным способом, сопровождая лекции демонстрациями. Большое значение имели также для Николая Ивановича постоянные напоминания Мудрова о необходимости учиться патологической анатомии, о пользе вскрытия трупов и знания общей анатомии.
Тем не менее ни Мудров, ни большинство других профессоров не применяли опытов на своих лекциях, и Пирогов, как он сам рассказывал, «во все время пребывания в университете ни разу не упражнялся на трупах в препаровочной, не отпрепарировал ни одного мускула и до вступления в Дерптский университет не чувствовал никакой потребности узнать что-нибудь из собственного опыта наглядно, довольствовался вполне тем, что изучил из книг, тетрадок, лекций».
Другая наука, с которой связано имя Николая Ивановича, — хирургия — также была для него в годы московского студенчества «вовсе неприглядною и непонятною»; из операций над живыми он видел несколько раз литотомию (рассечение мочевого пузыря) у детей и только однажды видел ампутацию голени. «Итак я окончил курс, — пишет Пирогов в «Дневнике старого врача», — не делая ни одной операции, не исключая кровопускания и выдергивания зубов, и не только на живом, но и на трупе не сделал ни одной операции… Ни одного химического препарата в натуре. Вся демонстрация состояла в черчении на доске. Только на последнем году курса, с вступлением в университет профессора Геймана, молодого, живого и практического еврея, я первый раз в жизни увидал в натуре оксиген и гидроген».
Такова была научная обстановка в Московском университете в то время, когда туда вступил Пирогов. И все-таки Николай Иванович вышел из университета с общим развитием, позволившим ему успешно заниматься настоящей наукой в Дерпте и Берлине, давшим ему основу подлинного научного мышления, приведшего к таким преобразованиям в анатомии и хирургии, которые навсегда связали его имя с этими областями медицины.
Чрезвычайно слабое научное влияние московских профессоров возмещалось влиянием большого идейного подъема двадцатых годов, в котором через тайные общества декабристов отразилось европейское революционное движение. Широко разветвленный заговор декабристов при посредстве своих демократически-настроенных представителей поддерживал связи с мелким чиновничеством и со студенческими кругами.
В частности в Москве перед восстанием декабристов возглавлял демократическое общественное движение «первый и бесценный друг» Пушкина — член московской палаты уголовного суда И. И. Пущин. Агитация декабристов нашла благодарную почву в среде той части студенчества, которая рекрутировалась из сыновей духовенства, преимущественно поступавших на медицинский факультет. Почти все они, по условиям своего семейного положения, помещались в общежитии, и между ними глубоко коренился дух землячества, являвший собою суррогат революционного товарищества.