Пирогов принадлежал к людям, дорожащим своей научной пользой, он не принимал участия в разгуле и дуэлях, но, сравнивая грубые нравы московского студенчества поры его учения с дерптскими студенческими обычаями, он последним отдавал предпочтение. В старости Николай Иванович с удовольствием вспоминал свое пребывание в Дерпте: «Верно, нигде в России того времени не жилось так привольно, как в Дерпте. Главным начальством города был ректор университета. Старик-полицеймейстер Яссенский с десятком оборванных казаков на тощих лошаденках, которых студенты, при нарушении общественного порядка, удерживали на месте, цепляясь за хвосты, — полицеймейстер этот держал себя как подчиненный перед ректором; жандармский полковник встречался только за карточным столом. Университет, профессора и студенты господствовали».
Учившийся в Дерпте одновременно с Пироговым москвич И. Ф. Золотарев писал своему приятелю о привлекательных сторонах этого города: «Здесь все учатся. И для сего есть способы. Здесь все дышит любовью к просвещению. Профессора и студенты — главный класс в городе».
В научном отношении университет Прибалтийского края стоял неизмеримо выше всех тогдашних русских университетов, и по своему культурному значению Дерпт назывался ливонскими Афинами. «Дерптский университет в это время достиг небывалой еще научной высоты, — говорит Пирогов, — тогда как другие русские университеты, падали со дня на день все ниже и ниже благодаря обскурантизму и отсталости разных попечителей. Большая часть кафедр была замещена отличными людьми с знаменитым ректором Эверсом (историк) во главе: Струве (астроном), Ледебур (ботаник), Паррот (физиолог, сын академика), Ратке (физиолог), Клоссиус (юрист), Эшшольд (зоолог).; между медиками отличались необыкновенною начитанностью и ученостью проф. Эрдман (терапевт), прежде бывший в Казани, но изгнанный оттуда вместе с профессором математики Бартельсом».
Благодаря особенностям своего положения Дерптский университет поддерживал самую живую связь с культурной жизнью Запада, главным образом Германии. Кроме профессоров он выписывал оттуда книги, научные пособия, журналы и газеты, имел там своих специальных литературных корреспондентов, сообщавших сведения о новейших открытиях и изобретениях, и знакомивших дерптское общество с новейшими западноевропейскими умственными и политическими течениями.
В первый состав профессорского института, вместе с Пироговым, вошли известные впоследствии ученые и общественные деятели Д. Л. Крюков (от Казани), Ф. И. Иноземцев (от Харькова), М. С. Куторга, П. Д. Калмыков, А. И. Чивилев (от Петербурга), П. Г. Редкин (от Москвы), М. М. Лунин (от Дерпта). Правительство отпускало на содержащие каждого кандидата по 1 200 руб. в год. В первое время материальная обстановка жизни Пирогова в Дерпте была не слишком приятна. Говоря в письме к Лукутиным про красоту Дерпта и его окрестностей, Николай Иванович сообщал им, что квартира, где ему приходилось заниматься, «низкая, покрытая черепицею землянка, в которой, кроме изломанного стола с разбросанными книгами, двух стульев и кровати, ничего не представится любопытному взору зрителей». «Но перо в руках, и я малым доволен», — пишет Пирогов, добавляя, что он ложится в 12 часов ночи, а встает в 6 часов утра, посвящая «часы вечернего досуга мечтам прошедшим и будущим».
Скоро условия жизни Пирогова в Дерпте изменились к лучшему. «Вообразите, — писал он в Москву, — судьба перевела меня из тесной и скудной землянки в хорошее отделение, состоящее из трех комнат, порядочно меблированных. Как это случилось? — вы спросите. Совсем неожиданно: добрый профессор Мойер, коему я посвящен, предложил мне жить в здешней университетской больнице, дабы можно было наблюдать за больными; но квартира там еще не отделывается, а моей уже вышел срок, и так он велел мне перебраться к нему, дал особое отделеньице, мебель, стол и, словом сказать, все. Добродетельная его теща, если вы слыхали, г-жа Протасова — мне совершенно доказывает, что и в немецком Дерпте есть русские люди». Так подселился Пирогов и почти 5 лет провел в доме Мойера, теща которого — Е. А. Протасова — взяла его под свое материнское покровительство.