За два года работы Пирогова в клиниках и лабораториях Берлина и Геттингена он, углубил свои знания в анатомии, усовершенствовал свою хирургическую технику и расширил объем своих научных исследований в области применения анатомии к хирургии.
Все время своего пребывания в Германии Пирогов отдавал исключительно научным занятиям. Ни в каких студенческих организациях он не участвовал — ни в спортивно-товарищеских типа дерптских землячеств, ни в политических, имевших тогда значительное распространение в Германии в связи с западноевропейским буржуазно-революционным движением, хотя, судя по его записям, он прекрасно понимал всю иллюзорность относительной политической свободы, которой пользовалась в ту пору Германия и которая по сравнению с николаевскими порядками многим из русских казалась политическим раем.
В начале 1835 года русские стипендиаты в Берлине получили из министерства запрос о том, в каком университете каждый из них хотел бы занять профессорскую кафедру. Запрос, собственно, был лишний, так как при отправлении кандидатов в Дерпт каждый из них предназначался в профессора того университета, воспитанником и избранником которого он был. Пирогов ответил, что желает занять свободную кафедру хирургии в Москве. Уверенный в успехе своего дела Николай Иванович поспешил сообщить матери, что, наконец-то, он сумеет отплатить ей и сестрам за их заботы о нем, сумеет устроить их материальную жизнь. Но Пирогова ждало на родине жестокое разочарование.
Стремясь лишить русские университеты даже той ничтожной самостоятельности, которой они пользовались при министре Ливене, Уваров представил царю доклад, в котором просил в виду ожидаемого возвращения из-за границы молодых профессоров предоставить ему право назначить их на свободные кафедры по своему усмотрению. Хотя, как признавал министр, «университеты имеют право сами избирать на вакантные кафедры ученых, — но в настоящем случае допустить их воспользоваться сим правом было бы чрезвычайно неудобно».
Николая Павловича не надо было долго убеждать нарушить чьи-либо права. Царь одобрил проект Уварова, и министр назначил на московскую кафедру Ф. И. Иноземцева. На этом настаивал попечитель Московского университета граф С. Г. Строганов, которого просили за Иноземцева высокие покровители красивого и представительного доктора.
Вершины творчества
В мае 1835 года Пирогов и его товарищ по институту Котельников в почтовом прусском дилижансе отправились из Берлина на Кенигсберг и Мемель, чтобы оттуда через Прибалтийский край добраться до Петербурга.
Дня за два до отъезда из Берлина Николай Иванович почувствовал себя не совсем здоровым, но так как поездки всегда хорошо влияли на его самочувствие, то он и отправился без всяких опасений. Спертый воздух и духота в дилижансе вконец расстроили его. Пришлось на другой день высадиться на какой-то станции в маленьком немецком городке. Отдых подкрепил Николая Ивановича, и через сутки кандидаты продолжали путь до Мемеля, откуда наняли извозчика к русской границе.
В Риге Пирогов совсем свалился. Надо было жить в чужом городе, лечиться, а денег для этого у обоих ученых путешественников не было. В печальном положении Николая Ивановича принял участие рижский генерал-губернатор и попечитель Дерптского учебного округа барон М. И. Пален, которому Пирогов «с отчаяния», как он вспоминал впоследствии, отправил «очень забористое» письмо. Генерал-губернатор немедленно прислал к больному медицинского инспектора Леви с приказанием заботиться о молодом профессорском кандидате. У больного обнаружен был сыпной тиф, его перевезли в большой загородный военный госпиталь и поместили в исключительную по уходу обстановку. Только благодаря этому Николай Иванович выздоровел, но все-таки пролежал в госпитале два месяца.
Выйдя из больницы, Пирогов был еще настолько слаб, что не мог выехать в Петербург, и остался до полного выздоровления в Риге, где развил обширную практическую и научную деятельность. Первой операцией, сделанной им в Риге, было восстановление носа по способу Диффенбаха. У пациента был гладкий лоб, из которого Пирогов выкроил прекрасный нос. Случай этот сделался известным в городе, и вскоре к Николаю Ивановичу стали приходить больные десятками.
За операцией носа последовала литотомия (извлечение камня из мочевого пузыря), затем вырезывание опухолей и т. п.
В военном госпитале, где лежал Николай Иванович, также не было оператора. Среди больных имелось два интересных случая: одни с камнем мочевого пузыря, а другой, требовавший отнятия бедра в верхней трети. В обоих случаях никто не решался в госпитале делать операции. Пирогов провел обе операции очень удачно.