Постепенно отношения студентов к Пирогову делались все более дружественными и скоро превратились в товарищеские. Каждую субботу, вечером, студенты собирались у профессора к чаю. Разговоры были всегда очень оживленные, научные и не научные, веселые и остроумные. В этих беседах Пирогов рассказывал о своей заграничной жизни, о встрече с знаменитыми хирургами, об их достоинствах и слабостях. Все это рассказывалось оживленно, с юношеским энтузиазмом, подкупавшим студентов.
Хирургическая практика Пирогова увеличивалась с поразительной быстротой, тем более, что была бесплатной: он не только не брал денег с больных, но в поисках интересных случаев платил больным из своего кармана. Начались паломничества в Дерпт больных из всех городов и местечек Прибалтийского края, а затем Пирогов с ассистентами и учениками стал совершать свои «чингисхановы» нашествия на все эти города и села, производя операции, делая вскрытия трупов в госпиталях и читая частные курсы по отдельным вопросам хирургии и анатомии.
Несмотря на свой громадный преподавательский успех, на свою обширную медицинскую практику, на приобретенную им в короткое время славу, Пирогов считал, что он должен еще многому учиться. Его тянуло в Париж. Франция была тогда в политическом отношении спокойна, сам Пирогов был в глазах правительства солидным ученым, а не легкомысленным кандидатом, как в 1833 году, и царь, «взяв в соображение благородную страсть профессора Пирогова к своей науке и желание его через усовершенствование самого себя еще более принести пользы учащимся», — разрешил поездку. В Париж Пирогов прибыл в январе 1838 года после утомительного 13-дневного путешествия.
При посещении знаменитого французского хирурга Вельпо наш молодой ученый имел случай убедиться в правильности избранного им научного пути. Когда 27-летний Пирогов пришел к Вельпо и глухо отрекомендовался ему как русский врач, французский ученый читал первые выпуски «Хирургической анатомии артерий и фасций» Николая Ивановича и с живостью спросил гостя, знаком ли он с дерптским профессором Пироговым. Услышав, что посетитель и есть автор «Хирургической анатомии», Вельпо стал расхваливать направление Николая Ивановича в хирургии и его исследовании фасций.
В Париже Николай Иванович наряду с посещением госпиталей и клиник много занимался вивисекциями над больными животными, особенно на бойнях. Посещал он также лекции и практические занятия некоторых профессоров, но впоследствии пожалел о напрасно затраченном времени и выброшенных деньгах. Лекции эти заключались, по словам Пирогова, в одном говорении или нелепых упражнениях на каком-нибудь импровизированном фантоме, например, на сухом бычачьем пузыре, со вложенным в него куском мела. Николай Иванович не имел терпения выдержать более половины назначенных лекций.
По приглашению знаменитого парижского хирурга Амюсса русский ученый посещал его домашние хирургические беседы. «Они были весьма интересны, — пишет Пирогов, — но на французский лад, как все курсы в Париже: привлекательны, но фразисты и нередко пустопорожни». Услыхав на этих беседах, что Амюсса все еще поддерживает свое ложное мнение о совершенно прямом направлении мочевого канала (у мужчин), Николай Иванович заявил ему о результате своего исследования, совершенно противоречащего мнению француза. После горячего опора Николай Иванович предложил ему состязание на следующей лекции. «Я притащил на следующую лекцию разрезы таза, которыми я доказывал Амюсса нелепость его воззрений на отношение мочевого канала к предстательной железе», — пишет Пирогов и добавляет: «Конечно, Амюсса, несмотря на всю наглядность моих доказательств, не соглашался. Люди, а особливо ученые и еще особливее тщеславные французы с предвзятым мнением, никогда не сознаются в ошибках и заблуждениях. Но для меня довольно было и того, что я видел, как нов был для Амюсса мой способ исследования. Я доволен был еще и тем, что остальная часть присутствовавших на этом состязании молодых врачей не была на старшие Амюсса».
Вернувшись в конце года в Дерпт, Пирогов продолжал свои университетские занятия, читал также общедоступные публичные лекции, по-прежнему совершал хирургические поездки по краю.